Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 44 Aligned Residues 432 % Identity 24% Template c2taaA_ PDB info PDB header:hydrolase (o-glycosyl) Chain: A: PDB Molecule:taka-amylase a; PDBTitle: structure and possible catalytic residues of taka-amylase a Resolution 3.00 Å

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.													30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.								.	60	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	H	W	W	Q	N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	L	R	G	V	I	Q	H	L	D	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	.	.	.	.	.	.	.	P	Q	V	D	N	G	Y
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	A	D	W	R	S	Q	S	I	Y	F	L	L	T	D	R	F	A	R	T	D	G	S	T	T	A	T	C	N	T	A	D	Q	K	Y	C	G	G	T	W	Q	G	I	I	D	K	L	D	Y	I	Q	G	M	G	F	T	A	I	W	I	T	P	V	T	A	Q	L	P	Q	D	C	A	Y	G	D	A	Y	T	G	Y
Template Known Secondary structure		T	T	T	G	G	G	S							B	T	T	B			T	T			T	T					G	G	G		S						G	G	G	G	G	T																			S				S	S			T	T				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
		66	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	V	A	N	Y	T	A	I	D	P	T	Y	G	T	L	D	D	F	D	E	L	V	T	Q	A	K	S	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I	W	R	D	G	E	P	E	T	P	P	N	N	W	R	S	K	F
Query Conservation
Alig confidence																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	Q	T	D	I	Y	S	L	N	E	N	Y	G	T	A	D	D	L	K	A	L	S	S	A	L	H	E	R	G	M	Y	L	M	V	D	V	V	A	N	H	M	G	Y	D	G	A	G	S	S	V	D	Y	S	V	F	K	P	F	S	S	Q	D	Y	F	H	P	F	C	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S	S	S	S	S			S	S	S			T	T													S									T	T	B					S		G	G	G				S	S		T	T		S	S	S	T	T	B					B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190		.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.
Query SS confidence																																															.
Query Sequence		G	G	S	A	W	R	W	H	A	E	S	E	Q	Y	Y	L	H	L	F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	K	K	V	C	E	F	W	A	.	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L	I	S	K	D	P	R	F	P	E	D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T
Query Conservation																																															.
Alig confidence		.																																													.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	I	Q	N	Y	E	D	Q	T	Q	V	E	D	C	W	L	G	D	N	T	V	S	L	P	D	L	D	T	T	K	D	V	V	K	N	E	W	Y	D	W	V	G	S	L	V	S	N	Y	S	I	D	G	L	R	I	D	T	V	K	H	V	Q	K	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.			S	G	G	G		S	S	T	T	T	S	B				T	T					B	B			S	S	S															T	T	T			S					T	T		S	T	T		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
		225	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	G	P	R	A	H	E	F	L	H	E	M	N	R	D	V	F	T	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	L	S	M	T	F	N	F	H	H	L	K	V	D	Y	P	G	G	E	K	W	T	L	A	K	P	D	F	V	A	L	K	T	L	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.																								.	.	.	.																			.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.																								.	.	.	.																			.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	F	W	P	G	Y	N	K	A	A	.	.	.	.	G	V	Y	C	I	G	E	V	L	D	G	D	P	A	Y	T	C	P	Y	Q	N	V	M	.	.	.	.	D	G	V	L	N	Y	P	I	Y	Y	P	L	L	N	A	F	K	S	.	.	.	T	S	G	S	M	D	D	L	Y	N	M	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.									S	.	.	.	.		S															T	G	G	G	T	T	T	.	.	.	.	S	B														S	S	S	.	.	.	T	T			T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.																								.	.	.	.																			.	.	.
Template SS confidence
									215	.	.	.	.	220	.	.	.					.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.					.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.				.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
		305	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	H	W	Q	Q	G	M	H	N	V	A	W	N	A	L	F	W	C	N	H	D	Q	P	R	I	V	S	R	F	G	D	E	G	E	Y	R	V	P	A	A	K	M	L	A	M	V	L	H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y	Q	G	E	E	I	G	M	T	N	P	H	F	T	R	I	T	D	Y	R	D	V	E	S
Query Conservation
Alig confidence																																.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	T	V	K	S	D	C	P	D	S	T	L	L	G	T	F	V	E	N	H	D	N	P	R	F	A	S	Y	T	N	.	.	.	.	.	D	I	A	L	A	K	N	V	A	A	F	I	I	L	N	D	G	L	P	I	I	Y	A	G	Q	E	Q	H	Y	A	G	G	N	D	P	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								B			T	T						S	S		T	T	S			G	G	G	S			.	.	.	.	.															S	S	S						T	T	T	T	T	T					S	S	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.						.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
		385	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	N	M	F	A	E	L	R	N	D	G	R	D	A	D	E	L	L	A	I	L	A	S	K	S	R	D	N	S	R	T	P	M	Q	W	S	N	G	D	N	A	G	F	T	A	G	E	P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q	Q	I	N	V	E	A	A	L	A	D	D	S	S	V	F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	R	E	A	T	W	L	S	G	Y	P	T	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E	L	Y	K	L	I	A	S	A	N	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T				G	G	G	S	S			T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																														343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.
		465	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.			.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.		.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520							.	.	.	.	.	.	.	.	.			530	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.																							.																								.	.	.	.	.	.										.	.
Query SS confidence													.	.																							.																								.	.	.	.	.	.										.	.
Query Sequence		L	R	K	Q	E	A	I	L	T	W	G	.	.	N	Y	Q	D	L	L	P	N	S	P	V	L	W	C	Y	R	R	E	W	K	G	Q	.	T	L	L	V	I	A	N	L	S	R	E	I	Q	P	W	Q	A	G	Q	M	R	G	N	.	.	.	.	.	.	W	Q	L	V	M	H	N	Y	E	.	.	E	A	S	P
Query Conservation													.	.																							.																								.	.	.	.	.	.										.	.
Alig confidence													.	.																							.																								.	.	.	.	.	.										.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	R	N	Y	A	I	S	K	D	T	G	F	V	T	Y	K	N	P	Y	I	K	D	D	T	T	I	A	M	R	K	G	T	D	G	S	Q	I	V	T	I	L	S	N	K	G	A	S	G	D	S	Y	T	L	S	L	S	G	A	S	Y	T	A	G	Q	Q	L	T	E	V	I	G	C	T	T	V	T	V	G	S	D
Template Known Secondary structure										S			T	T	T	S								S	S	S								S	T	T											T	T									S	S					T	T						S	T	T								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		368	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.
		534	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	P	C	A	M	N	L	R	P	F	E	A	V	W	W	L	Q	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	N	V	P	V	P	M	A	G	G	L	P	R	V	L	Y	P	T
Template Known Secondary structure		T							S	S	S								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		448	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.