Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 30 Aligned Residues 432 % Identity 19% Template c2e8yA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:amyx protein; PDBTitle: crystal structure of pullulanase type i from bacillus subtilis str.2 168 Resolution 2.11 Å

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.				30	.	.	.	.	.	.	.	.												.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.										60	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	H	W	W	Q	N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	.	.	.	G	D	L	R	G	V	I	Q	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	V
Query Conservation																											.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	S	H	P	V	D	A	V	I	Y	E	T	H	L	R	D	F	S	I	H	E	N	S	G	M	I	N	K	G	K	Y	L	A	L	T	E	T	D	T	Q	T	A	N	G	S	S	S	G	L	A	Y	V	K	E	L	G	V	T	H	V	E	L	L	P	V	N	D	F	A	G	V	D	E	E	K	P	L	D	A	Y
Template Known Secondary structure			S		G	G	G														S	T	T	S			S	S	T	T	S	G	G	G	G	G		T	T		B		T	T	S		B										T		S					S						S	S	S		T	T	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		209	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
		62	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.									80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	N	G	Y	D	V	A	N	Y	T	A	I	D	P	T	Y	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	D	F	D	E	L	V	T	Q	A	K	S	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I	W	R	D	G	E
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.	.	.
Template Sequence		N	W	G	Y	N	P	L	H	F	F	A	P	E	G	S	Y	A	S	N	P	H	D	P	Q	T	R	K	T	E	L	K	Q	M	I	N	T	L	H	Q	H	G	L	R	V	I	L	D	V	V	F	N	H	V	Y	K	R	E	N	S	P	F	E	K	T	.	.	.	.	.	V	P	G	Y	F	F	R	H	D	E	C
Template Known Secondary structure						S									S	T	T	S	S		S	S	S																		T	T									T	T			S	S	G	G	G	S						.	.	.	.	.	S	T	T	T	S	B		B		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.
Template SS confidence
		289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.						.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
		134	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190		.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.
Query SS confidence																																																											.
Query Sequence		P	E	T	P	P	N	N	W	R	S	K	F	G	G	S	A	W	R	W	H	A	E	S	E	Q	Y	Y	L	H	L	F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	K	K	V	C	E	F	W	A	.	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L	I	S	K	D	P	R	F	P
Query Conservation																																																											.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.																		.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.
Template Sequence		G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	S	N	G	T	G	V	G	N	D	I	A	S	E	R	R	M	A	R	K	F	I	A	D	C	V	V	Y	W	L	E	E	Y	N	V	D	G	F	R	F	D	L	L	G	I	L	D	I	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	B			T	T	S	S	S			B		T	T	S																										T	T	G	G	G	S	B		.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.
Template SS confidence
		364																										.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
		213	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.		.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.																																															.	.	.
Query SS confidence																																.																																															.	.	.
Query Sequence		E	D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H	E	F	L	H	E	M	N	R	D	V	F	T	.	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	L	S	M	T	F	N	F	H	H	L	K	V	D	Y	P	G	G	E	.	.	.
Query Conservation																																.																																															.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.																																															.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	T	V	L	Y	M	K	E	K	A	T	K	A	K	P	G	I	L	L	F	G	E	G	W	D	L	A	T	P	L	P	H	E	Q	K	A	A	L	A	N	A	P	R	M	P	G	I	G	F	F	N	D	M	F	R	D	A	V	K	G	N	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														S	T	T													S	S		G	G	G	B			G	G	G	G	G	G		T	T																S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																				414	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.
									289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310							.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.						.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	K	W	T	L	A	K	P	D	F	V	A	L	K	T	L	F	R	H	W	Q	Q	G	.	.	.	.	.	.	M	H	N	V	A	W	N	A	L	F	W	C	N	H	D	Q	P	R	I	V	S	R	F	.	.	.	.	.	G	D	E	G	E	Y	R	V	P	A	A	K	M	L	A	M	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	H	L	K	A	T	G	F	A	L	G	N	G	E	S	A	Q	A	V	M	H	G	I	A	G	S	S	G	W	K	A	L	A	P	I	V	P	E	P	S	Q	S	I	N	Y	V	E	S	H	D	N	H	T	F	W	D	K	M	S	F	A	L	P	Q	E	N	D	S	R	K	R	S	R	Q	R	L	A	V	A	I
Template Known Secondary structure		S	S	T	T				G	G	G	T		G	G	G									B	T	T	S		B	T	T	B			S	S	S	S	G	G	G					S			S	S	S	S											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		476	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.
		351	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y	Q	G	E	E	I	G	M	T	N	P	H	F	T	R	I	T	D	Y	R	D	V	E	S	L	N	M	F	A	E	L	R	N	D	G	R	D	A	D	E	L	L	A	I	L	A	S	K	S	R	D	N	S	R	T	P	M	Q	W	S	N	G	D	N	A	G	F	T	A	G
Query Conservation
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	L	L	A	Q	G	V	P	F	I	H	S	G	Q	E	F	F	R	T	K	Q	G	V	E	N	S	Y	Q	S	S	D	S	I	N	Q	L	D	W	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				T	S	B	S						T	T	G	G	G	T				T	T		S			T	T							S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		556	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.
		431	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.							.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.						.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.
Query Sequence		E	P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q	Q	I	N	V	E	A	A	L	A	D	D	S	S	V	F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A	L	R	K	Q	E	A	I	L	T	W	G	N	Y	.	.	.	.	.	.	Q	D	L	L	P	N	S	P	V	L	W	C	Y	R	R	E	W	K	G	.	.	.	.	.	Q	T	L
Query Conservation																																																	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	R	E	T	F	K	E	D	V	H	Y	I	R	R	L	I	S	L	R	K	A	H	P	A	F	R	L	R	S	A	A	D	I	Q	R	H	L	E	C	L	T	L	K	E	H	L	I	A	Y	R	L	Y	D	L	D	E	V	D	E	W	K	D	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T																		G	G	G	G			S															S	S										T	T	T		S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																			595	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.
		500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.				.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.
Query Sequence		L	V	I	A	N	L	S	R	E	I	Q	P	W	Q	A	G	Q	M	R	G	N	W	Q	L	V	M	H	N	.	.	.	Y	E	E	A	S	P	Q	P	C	A	M	N	L	R	P	F	E	A	V	W	W
Query Conservation																														.	.	.
Alig confidence																			.											.	.	.
Template Conservation																			.
Template Sequence		I	V	I	H	H	A	S	P	D	S	V	E	W	R	L	P	N	.	D	I	P	Y	R	L	L	C	D	P	S	G	F	Q	E	D	P	T	E	I	K	K	T	V	A	V	N	G	I	G	T	V	I	L
Template Known Secondary structure								S	S	S							S	S	.		S								T	T											S						S	S
Template Predicted Secondary structure																			.
Template SS confidence
		658	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.		.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.