Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 46 Aligned Residues 394 % Identity 26% Template c2dh3A_ PDB info PDB header:transport protein, signaling protein Chain: A: PDB Molecule:4f2 cell-surface antigen heavy chain; PDBTitle: crystal structure of human ed-4f2hc Resolution 2.80 Å

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		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	W	W	Q	N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	G	D	L	R	G	V	I	Q	H	L	D	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	P	Q	V	D	N	G	Y	D	V	A	N	Y	T	A	I	D	P	T	Y	G	T	L	D	D	F	D	E
Query Conservation
Alig confidence																					.	.																																		.	.
Template Conservation																					.	.																																		.	.
Template Sequence		K	W	W	H	T	G	A	L	Y	R	I	G	D	L	Q	A	F	Q	G	.	.	H	G	A	G	N	L	A	G	L	K	G	R	L	D	Y	L	S	S	L	K	V	K	G	L	V	L	G	P	I	H	K	N	Q	.	.	K	D	D	V	A	Q	T	D	L	L	Q	I	D	P	N	F	G	S	K	E	D	F	D	S
Template Known Secondary structure			G	G	G	S	S														.	.	S	S			S					G	G	G						T	T	T														.	.	T	T		S	T	T								T	T	T
Template Predicted Secondary structure																					.	.																																		.	.
Template SS confidence
		116	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.			.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.			.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	V	T	Q	A	K	S	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I	W	R	D	G	E	P	E	T	P	P	N	N	W	R	S	K	F	G	G	S	A	W	R	W	H	A	E	S	E	Q	Y	Y	L	H	L	F	A
Query Conservation
Alig confidence																								.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	L	Q	S	A	K	K	K	S	I	R	V	I	L	D	L	T	P	N	Y	R	G	.	E	N	S	W	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									T	T									T	T	T	T	S	.	S	S	T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																								.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		192	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.		.	.	.	.	.
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.		.	.
Predicted Secondary structure																																																																															.
Query SS confidence																																																																															.
Query Sequence		P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	K	K	V	C	E	F	W	A	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L	I	S	K	D	P	R	F	P	E	D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H	E	F	L	H	E	M	N	R	D	V	F	T	.	P	R
Query Conservation																																																																															.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	S	T	Q	V	D	T	V	A	T	K	V	K	D	A	L	E	F	W	L	Q	A	G	V	D	G	F	Q	V	R	D	I	E	N	L	K	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	S	S	F	L	A	E	W	Q	N	I	T	K	G	F	S	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	S	S			T																T	T									G	G	G	S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								219	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	L	S	M	T	F	N	F	H	H	L	K	V	D	Y	P	G	G	E	K	W	T	L	A	K	P	D	F	V	A	L	K	T	L	F	R	H	W	Q	Q	G	M	H	N	V	A	W	N	A	L	F	W	C	N	H
Query Conservation
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Template Sequence		D	R	L	L	I	A	G	T	N	S	S	D	L	Q	Q	I	L	S	L	L	E	S	N	K	D	L	L	L	T	S	S	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	D	S	G	S	T	G	E	H	T	K	S	L	V	T	Q	Y	L	N	A	T	G	N	R	W	.	.	.	.	C	S	W	S	L
Template Known Secondary structure		S								S												T	S		T	T						S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T				S	S		T	T													T	T	S			.	.	.	.					S
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Template SS confidence
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.														.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.					330	.	.	.	.
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	Q	P	R	I	V	S	R	F	G	D	E	G	E	Y	R	V	P	A	A	K	M	L	A	M	V	L	H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y	Q	G	E	E	I	G	M	T	N	P	H	F	T	R	I	T	D	Y	R	D	V	E	S	L	N	M	F	A	E	L	R	N	D	G	R	D	A	D	E	L	L	A	I
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	Q	A	R	L	L	T	S	F	L	P	A	.	.	.	.	.	Q	L	L	R	L	Y	Q	L	M	L	F	T	L	P	G	T	P	V	F	S	Y	G	D	E	I	G	L	D	A	A	A	L	P	G	Q	P	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S	S	S		G	G	G	T	S		G	.	.	.	.	.	G	G											S	S	S						T	T	T	T	T	T			S	T	T	S	S	S			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.						.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	S	K	S	R	D	N	S	R	T	P	M	Q	W	S	N	G	D	N	A	G	F	T	A	G	E	P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q	Q	I	N	V	E	A	A	L	A	D	D	S	S	V	F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A	L	R	K	Q	E	A	I	L	T	W	G	N	Y	Q	D	L	L	P	N	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.																																														.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.																																														.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	P	V	M	L	W	D	E	S	S	F	P	D	I	P	G	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V	S	A	N	M	T	V	K	G	Q	S	E	D	P	G	S	L	L	S	L	F	R	R	L	S	D	Q	R	S	K	E	R	S	L	L	H	G	D	F	H	A	F	S	A	.	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	S	S					S	S	G	G	G			S	S	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	G			G	G	G	S								T	T	S																S	T	T	T	S									.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.																																														.
Template SS confidence
										384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400									.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.		.
		485	.	.	.	.	490	.	.	.	.		.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.									.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.					.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.																							.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Query SS confidence												.																							.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Query Sequence		P	V	L	W	C	Y	R	R	E	W	.	K	G	Q	T	L	L	V	I	A	N	L	S	R	E	I	Q	P	W	Q	A	G	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	M	R	G	N	W	Q	L	V	M	H	N	Y	E	E	A	S	P	Q	P	C	.	.	.	.	A	M	N	L	R	P	F	E	A	V	W	W
Query Conservation												.																							.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Alig confidence												.																							.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	G	L	F	S	Y	I	R	H	W	D	Q	N	E	R	F	L	V	V	L	N	F	G	D	V	G	L	S	A	G	L	Q	A	S	D	L	P	A	S	A	S	L	P	A	K	A	D	L	L	L	S	T	Q	P	G	R	E	E	G	S	P	L	E	L	E	R	L	K	L	E	P	H	E	G	L	L	L
Template Known Secondary structure		T	T									T	T	S										S	S	S								S		S			G	G	G				S								S	S	T	T	S		T	T	S				S	S	S					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		447	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.