Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 88 Aligned Residues 388 % Identity 20% Template c1mwoA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha amylase; PDBTitle: crystal structure analysis of the hyperthermostable2 pyrocoocus woesei alpha-amylase Resolution 2.20 Å

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		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.			.	.	.	.	.	.	.	.	70	.										.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	G	D	L	R	G	V	I	Q	H	L	D	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	P	Q	V	.	.	D	N	G	Y	D	V	A	N	Y	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	I	D	P	T	Y
Query Conservation																																																							.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.																																.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.
Template Sequence		E	G	G	V	I	M	Q	A	F	Y	W	D	V	P	G	G	G	I	.	.	.	.	W	W	D	H	I	R	S	K	I	P	E	W	Y	E	A	G	I	S	A	I	W	L	P	P	P	S	K	G	M	S	G	G	Y	S	M	G	Y	D	P	Y	D	Y	F	D	L	G	E	Y	Y	Q	K	G	T	V	E	T	R	F
Template Known Secondary structure		G	T									T	T				S	S		.	.	.	.																T										S			T	T	G	G	G			S	S	S				T	T		S	S		S		B	T	T	B	S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.					.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	T	L	D	D	F	D	E	L	V	T	Q	A	K	S	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I	W	R	D	G	E	P	E	T	P	P	N	N	W	R	S	K	F	G	G	S	A	W	R	W	H	A	E	S	E
Query Conservation
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template Sequence		G	S	K	E	E	L	V	R	L	I	Q	T	A	H	A	Y	G	I	K	V	I	A	D	V	V	I	N	H	R	A	G	G	D	L	E	W	N	P	.	.	.	.	.	.	.	F	V	G	D	Y	T	W	T	D	F	S	K	.	.	.	.	.	V	A	S	G	K	Y	T	A	N	Y	L	D	F	H	P	N	E	L
Template Known Secondary structure																	T	T										S	B										T	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T								T	T	.	.	.	.	.		T	T		S	S				G	G	G	B	S	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.								.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.						.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.					.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.
Query Sequence		Q	Y	Y	L	H	L	F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	.	.	.	.	K	K	V	C	E	F	W	A	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L	I	S	K	D	P	R	F	P	E	D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H	E	F	L
Query Conservation																											.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	C	C	D	E	G	T	F	G	G	F	P	D	I	C	H	H	K	E	W	D	Q	Y	W	L	W	K	S	N	E	S	Y	A	A	Y	L	R	S	I	G	F	D	G	W	R	F	D	Y	V	K	G	Y	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	V	V
Template Known Secondary structure			S			S				T	T			B	B		T	T	S								T	S	S	T	T	S								T	T							T	T	G	G	G	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.																								.	.	.
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	E	M	N	R	D	V	F	T	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	L	S	M	T	F	N	F	H	H	L	K	V	D	Y	P	G	G	E	K	W	T	L	A	K	P	D	F	V	A	L	K	T	L	F	R	H	W	Q	Q	G	M	H	N
Query Conservation
Alig confidence									.	.	.	.																										.	.	.																		.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.																										.	.	.																		.	.	.	.
Template Sequence		R	D	W	L	N	W	W	.	.	.	.	G	G	W	A	V	G	E	Y	W	D	T	N	V	D	A	L	L	S	W	A	Y	E	S	G	A	.	.	.	K	V	F	D	F	P	L	Y	Y	K	M	D	E	A	F	D	N	.	.	.	.	N	N	I	P	A	L	V	Y	A	L	Q	N	G	Q	T	V	V	S	R	D
Template Known Secondary structure									.	.	.	.											S													T		.	.	.																T	T	.	.	.	.	T											T	T		S
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.																										.	.	.																		.	.	.	.
Template SS confidence
		209	210	.	.	.	.	.					.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240				.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.					.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.
		314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	A	W	N	A	L	F	W	C	N	H	D	Q	P	R	I	V	S	R	F	G	D	E	G	E	Y	R	V	P	A	A	K	M	L	A	M	V	L	H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y	Q	G	E	E	I	G	M	T	N	P	H	F	T	R	I	T	D	Y	R	D	V	E	S	L	N	M	F	A	E	L	R	N
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	F	K	A	V	T	F	V	A	N	H	D	T	D	I	I	W	N	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	P	A	Y	A	F	I	L	T	Y	E	G	Q	P	V	I	F	Y	R	D	F	E	E	W	L	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T	S					S			S	S					S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										S	S	S											T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		278	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.													.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
		394	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	G	R	D	A	D	E	L	L	A	I	L	A	S	K	S	R	D	N	S	R	T	P	M	Q	W	S	N	G	D	N	A	G	F	T	A	G	E	P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q	Q	I	N	V	E	A	A	L	A	D	D	S	S	V	F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A	L	R	K	Q	E	A	I	L	T
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	K	L	I	N	L	I	W	I	H	D	H	.	.	.	L	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Template SS confidence
																																																																323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.				.	.
		474	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.			.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.										.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	G	N	Y	Q	D	L	L	P	N	S	P	V	L	W	C	Y	R	R	E	W	K	G	Q	T	.	.	L	L	V	I	A	N	L	S	R	E	I	Q	P	W	Q	A	G	Q	M	R	G	N	W	Q	L	V	M	H	N	Y	E	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	P	Q	P	C	A	M	N	L	R	P
Query Conservation																											.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.														.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.
Template Sequence		G	G	S	T	T	I	V	Y	Y	D	N	.	D	E	L	I	F	V	R	N	G	D	S	R	R	P	G	L	I	T	Y	I	N	L	S	P	N	W	V	G	R	W	V	Y	V	P	K	F	A	G	A	C	I	H	E	Y	T	G	N	L	G	G	W	V	D	K	R	V	D	S	S	G	W	V	Y	L	E	A	P	P
Template Known Secondary structure			S									S	.	S										S	S											S	S	S									G	G	G	T	T						S	S		T	T	S	S								T	T
Template Predicted Secondary structure													.
Template SS confidence
		338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.		.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.
		543	.									.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	E	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V	W
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	D	P	A	N	G	Y	Y	G	Y	S	V	W
Template Known Secondary structure				G	G	G	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		417	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.