Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 470 % Identity 24% Template c1jgiA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:amylosucrase; PDBTitle: crystal structure of the active site mutant glu328gln of2 amylosucrase from neisseria polysaccharea in complex with3 the natural substrate sucrose Resolution 2.00 Å

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		4	.	.	.	.	.			10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.			.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.																																																					.	.
Query SS confidence								.	.																																																					.	.
Query Sequence		L	P	H	W	W	Q	.	.	N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	G	D	L	R	G	V	I	Q	H	L	D	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	P	Q	V	.	.	D	N	G	Y	D	V	A	N	Y	T	A	I	D	P	T	Y	G	T
Query Conservation								.	.																																																					.	.
Alig confidence								.	.														.	.	.	.	.	.	.																																	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	P	D	W	I	L	S	N	K	Q	V	G	G	V	C	Y	V	D	L	F	A	.	.	.	.	.	.	.	G	D	L	K	G	L	K	D	K	I	P	Y	F	Q	E	L	G	L	T	Y	L	Y	L	M	P	L	F	K	C	P	E	G	K	S	D	G	G	Y	A	V	S	S	Y	R	D	V	N	P	A	L	G	T
Template Known Secondary structure			G	G	G	G	G		T	T													.	.	.	.	.	.	.	S	S							T								T		S								B				S	S		S	T	T	T	T	S		S		S	S	S	B		T	T	T
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.								110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.						.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.	.	.
Query Sequence		L	D	D	F	D	E	L	V	T	Q	A	K	S	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I	W	R	D	G	E	P	.	.	.	.	.	E	T	P	P	N	N	W	R	S	K	F	G	G	S	A	W	R	W	H	A
Query Conservation																																																									.	.	.	.	.
Alig confidence																																																									.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	G	D	L	R	E	V	I	A	A	L	H	E	A	G	I	S	A	V	V	D	F	I	F	N	H	T	S	N	E	H	E	W	A	Q	R	C	A	A	G	D	P	L	F	D	N	F	Y	Y	I	F	P	D	R	R	M	P	D	Q	Y	D	R	T	L	R	E	I	F	P	D	Q	H	P	G	G	F	S	Q	L	E
Template Known Secondary structure															T	T										S				T	T	S									T		G	G	G	T	T	S	B				S	S	S								T	S				S		T	T	T		S	T	T					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	S	E	Q	Y	Y	L	H	L	F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	K	K	V	C	E	F	W	A	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L	I	S	K	D	P	R	F	P	E	D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H	E	F	L	H
Query Conservation
Alig confidence			.																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	.	G	R	W	V	W	T	T	F	N	S	F	Q	W	D	L	N	Y	S	N	P	W	V	F	R	A	M	A	G	E	M	L	F	L	A	N	L	G	V	D	I	L	R	M	D	A	V	A	F	I	W	K	Q	M	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	C	E	N	L	P	Q	A	H	A	L	I	R
Template Known Secondary structure		T	.	S						S	S		T	T				B		T	T	S																T	T	T								T	G	G	G	S				T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		S	S	S
Template Predicted Secondary structure			.																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		242		.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.											.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310
		235	.	.	.	.	240	.	.		.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
Predicted Secondary structure										.
Query SS confidence										.
Query Sequence		E	M	N	R	D	V	F	T	.	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	L	S	M	T	F	N	F	H	H	L	K	V	D	Y	P	G	G	E	K	W	T	L	A	K	P	D	F	V	A	L	K	T	L	F	R	H	W	Q	Q	G	M	H	N
Query Conservation										.
Alig confidence										.																									.	.	.																			.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.	.	.																			.	.	.	.	.
Template Sequence		A	F	N	A	V	M	R	I	A	A	P	A	V	F	F	K	S	Q	A	I	V	H	P	D	Q	V	V	Q	Y	I	G	Q	D	.	.	.	E	C	Q	I	G	Y	N	P	L	Q	M	A	L	L	W	N	T	L	.	.	.	.	.	A	T	R	E	V	N	L	L	H	Q	A	L	T	Y	R	H	N	L	P	E	H
Template Known Secondary structure												T	T									S						G	G	G	B	S	T	T	.	.	.	S	B	S																.	.	.	.	.															S					T	T
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.																			.	.	.	.	.
Template SS confidence
		311	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.				.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.						.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.
		314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	330	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	A	W	N	A	L	F	W	C	N	H	D	Q	P	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	V	S	R	F	G	D	E	G
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.
Template Sequence		T	A	W	.	V	N	Y	V	R	S	H	D	D	I	G	W	T	F	A	D	E	D	A	A	Y	L	G	I	S	G	Y	D	H	R	Q	F	L	N	R	F	F	V	N	R	F	D	G	S	F	A	R	G	V	P	F	Q	Y	N	P	S	T	G	D	C	R	V	S	G	T	A	A	A	L	V	G	L	A	Q	D	D
Template Known Secondary structure					.				S			S	S		B												T	T															T	T		S	T	T												T	T	T														T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure					.
Template SS confidence
		383	.	.		.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.
		338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	Y	R	V	P	A	A	K	M	L	A	M	V	L	H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y	Q	G	E	E	I	G	M	T	N	P	H	F	T	R	I	T	D	Y	R	D	V	E	S	L	N	M	F	A	E	L	R	N	D	G	R	D	A	D	E	L	L	A	I	L	A	S	K	S	R	D	N	S	R	T	P	M
Query Conservation
Alig confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	H	A	V	D	R	I	K	L	L	Y	S	I	A	L	S	T	G	G	L	P	L	I	Y	L	G	D	E	V	G	T	L	N	D	D	D	W	S	Q	D	S	N	K	S	D	D	S	R	W	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	R	P	R	Y
Template Known Secondary structure		T	T															S	S	S						T	T	G	G	G	T					S	S	G	G	G		T	T	T	T	T		G	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		462	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.																										.	.	.	.	.
		418	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	W	S	N	G	D	N	A	G	F	T	A	G	E	P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q	Q	I	N	V	E	A	A	L	A	D	D	S	S	V	F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A	L	R	K	Q	E	A	I	L	T	W	G	N	Y	Q	D	L	L	P	N	S	P	V	L	W	C	Y	R	R	E	W	K	G	Q
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.
Template Sequence		N	E	A	L	Y	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	R	N	D	P	S	T	A	A	G	Q	I	Y	Q	D	L	R	H	M	I	A	V	R	Q	S	N	P	R	F	D	G	G	R	L	V	T	F	N	T	N	N	K	H	I	I	G	Y	I	R	.	.	.	N	N
Template Known Secondary structure							T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T		T	T	S																				G	G	G		S	S								S		T	T							.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.
Template SS confidence
		517	.	.	520	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.				.	.
		498	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.		.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.
Query SS confidence																																									.
Query Sequence		T	L	L	V	I	A	N	L	S	R	E	I	Q	P	W	Q	A	G	Q	M	R	G	N	W	Q	L	V	M	H	N	Y	E	E	A	S	P	Q	P	C	.	A	M	N	L	R	P	F	E	A	V	W	W
Query Conservation																																									.
Alig confidence																																									.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	L	A	F	G	N	F	S	E	Y	P	Q	T	V	T	A	H	T	L	Q	A	M	P	F	K	A	H	D	L	I	G	G	K	T	V	S	L	N	Q	D	L	T	L	Q	P	Y	Q	V	M	W	L
Template Known Secondary structure		T								S	S	S						T	T	T	T	T	T	S		S					T	T	T						S	S	S						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		574	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.