Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 72 Aligned Residues 426 % Identity 23% Template c1e40A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase; PDBTitle: tris/maltotriose complex of chimaeric amylase from b.2 amyloliquefaciens and b. licheniformis at 2.2a Resolution 2.2 Å

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		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.		.	.	.	.	.	.	.	.	70	.										.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	G	D	L	R	G	V	I	Q	H	L	D	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	P	Q	V	.	D	N	G	Y	D	V	A	N	Y	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	I	D	P	T	Y	G	T
Query Conservation																																																						.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.									.																																	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.									.
Template Sequence		N	G	T	L	M	Q	Y	F	.	.	.	E	W	Y	T	P	N	D	G	.	Q	H	W	K	R	L	Q	N	D	A	E	H	L	S	D	I	G	I	T	A	V	W	I	P	P	A	Y	K	G	L	S	Q	S	D	N	G	Y	G	P	Y	D	L	Y	D	L	G	E	F	Q	Q	K	G	T	V	R	T	K	Y	G	T
Template Known Secondary structure										.	.	.		T	T			S	S	S	.																	T										S			S	S	T	T			S	S	S				T	T		S	S		S		B	T	T	B	S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.									.
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.				10	.	.	.	.	.	.	.		.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	D	D	F	D	E	L	V	T	Q	A	K	S	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I	W	R	D	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	S	E	L	Q	D	A	I	G	S	L	H	S	R	N	V	Q	V	Y	G	D	V	V	L	N	H	K	A	G	A	D	A	T	E	D	V	T	A	V	E	V	N	P	A	N	R	N	Q	E	T	S	E	E	Y	Q	I	K	A	W	T	D	F	R	F	P	G	R	G	N	T	Y	S	D	F	K	W	H	W	Y	H
Template Known Secondary structure														T	T	T										S						S												T	T							S											B			T	T	T	T	T	S	S					B		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
								134	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190		.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																																										.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																																																										.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	P	E	T	P	P	N	N	W	R	S	K	F	G	G	S	A	W	R	W	H	A	E	S	E	Q	Y	Y	L	H	L	F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	K	K	V	C	E	F	W	A	.	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L	I	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																																																										.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																																										.
Template Conservation
Template Sequence		F	D	G	A	D	W	D	E	S	R	K	I	S	R	I	F	K	F	R	G	E	G	K	A	W	D	W	E	V	S	S	E	N	G	N	Y	D	Y	L	M	Y	A	D	V	D	Y	D	H	P	D	V	V	A	E	T	K	K	W	G	I	W	Y	A	N	E	L	S	L	D	G	F	R	I	D	A	A	K	H	I	K
Template Known Secondary structure						S		B	T	T	T	T	B								S	T	T					S	S	S			T	T	S						S	S					T	T																			T	T							T	T	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
		207	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.			.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.
Query SS confidence																																						.	.
Query Sequence		K	D	P	R	F	P	E	D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H	E	F	L	H	E	M	N	R	D	V	F	T	.	.	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	L	S	M	T	F	N	F	H	H	L	K	V	D	Y
Query Conservation																																						.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.																										.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.
Template Sequence		F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	F	L	R	D	W	V	Q	A	V	R	Q	A	T	G	K	E	M	F	T	V	A	E	Y	W	Q	N	N	A	G	K	L	E	N	Y	L	N	K	T	.	S	F	N	Q	S	V	F	D	V	P	L	H	F	N	L	Q
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																S											S												T	.	T	T		S
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.
Template SS confidence
		238																								.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.		.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
		285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	G	G	E	K	W	T	L	A	K	P	D	F	V	A	L	K	T	L	F	R	H	W	Q	Q	G	M	H	N	V	A	W	N	A	L	F	W	C	N	H	D	Q	P	R	I	V	S	R	F	G	D	E	G	E	Y	R	V	P	A	A	K	M	L	A	M	V	L	H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y	Q	G	E
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.																																									.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.																																									.	.
Template Sequence		A	A	S	S	Q	G	G	G	Y	D	M	R	K	.	.	.	.	.	.	L	L	N	G	T	V	V	S	K	H	P	L	K	S	V	T	F	V	D	N	H	D	T	Q	P	G	Q	S	L	E	S	T	V	Q	T	W	F	K	P	L	.	.	A	Y	A	F	I	L	T	R	E	S	G	Y	P	Q	V	F	Y	G	D
Template Known Secondary structure						S	T	T		S		G	G	G	.	.	.	.	.	.	T	T	T	T							G	G	G					S			T	T	T	S	T	T	S	T	T						T	T	T				.	.								S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.																																									.	.
Template SS confidence
		294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.							.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.			.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	I	G	M	T	N	P	H	F	T	R	I	T	D	Y	R	D	V	E	S	L	N	M	F	A	E	L	R	N	D	G	R	D	A	D	E	L	L	A	I	L	A	S	K	S	R	D	N	S	R	T	P	M	Q	W	S	N	G	D	N	A	G	F	T	A	G	E	P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q	Q	I	N
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	Y	G	T	K	G	D	S	Q	R	E	I	P	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								S	S	S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		445	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.						.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.			.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.																			.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.	.	.																			.	.
Query Sequence		V	E	A	A	L	A	D	D	S	S	V	F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A	L	R	K	Q	E	A	I	L	T	W	G	N	Y	Q	D	L	L	P	N	S	P	V	L	W	C	Y	R	R	E	W	K	G	Q	T	.	.	.	.	.	L	L	V	I	A	N	L	S	R	E	I	Q	P	W	Q	A	G	Q	.	.	M
Query Conservation																																																								.	.	.	.	.																			.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.							.																		.	.	.	.	.																			.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.							.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	H	K	I	E	P	I	L	K	A	R	K	Q	Y	A	Y	.	.	.	G	A	Q	H	D	Y	.	F	D	H	H	D	I	V	G	W	T	R	E	G	D	S	S	V	A	N	S	G	L	A	A	L	I	T	D	G	P	G	G	A	K	R	M	Y	V	G	R	Q	N	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															T			.	.	.	S						.			S	S	S										T	T	S	T	T									S	S	S										G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.							.
Template SS confidence
												380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.				.	.	.	400	.	.		.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
		518	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.					.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.
Query Sequence		R	G	N	W	Q	L	V	M	H	N	Y	E	E	A	.	.	.	.	S	P	Q	P	C	A	M	N	L	R	P	F	E	A	V	W	W	L	Q	K
Query Conservation																.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	E	T	W	H	D	I	T	G	N	R	S	E	P	V	V	I	N	S	E	G	W	G	E	F	H	V	N	G	G	S	V	S	I	Y	V	Q	R
Template Known Secondary structure		T						T	T	S	S									T	T	S								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		446	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.