Job Description P0AES6 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:24:06 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 177 % Identity 34% Template d1bjta_ SCOP info Type II DNA topoisomerase Type II DNA topoisomerase Type II DNA topoisomerase Resolution 2.50

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		394	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.				.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.				.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.																										.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.																										.	.	.
Query Sequence		R	K	G	A	L	D	L	A	G	L	P	G	K	L	A	D	C	Q	.	.	.	E	R	D	P	A	L	S	E	L	Y	L	V	E	G	D	S	A	G	G	S	A	K	Q	G	R	.	.	.	N	R	K	N	Q	A	I	L	P	L	K	G	K	I	L	N	V	E	K	A	R	F	D	K	M	L	S	S	Q	E	V
Query Conservation																				.	.	.																										.	.	.
Alig confidence							.	.					.							.	.	.																										.	.	.																					.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.					.																																																										.	.	.	.	.
Template Sequence		R	K	S	R	I	.	.	T	N	Y	P	.	K	L	E	D	A	N	K	A	G	T	K	E	G	Y	K	C	T	L	V	L	T	E	G	D	S	A	L	S	L	A	V	A	G	L	A	V	V	G	R	D	Y	Y	G	C	Y	P	L	R	G	K	M	L	N	V	R	E	A	.	.	.	.	.	L	K	N	A	E	I
Template Known Secondary structure							.	.		S		T	.	T		B			T	T	T	T	S	G	G	G	G	G								S																S	S	S												S				.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.					.																																																										.	.	.	.	.
Template SS confidence
		419	420	.	.	.			.	.	.	.		.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.						.	.	.	.	.	490
		468	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.		.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.				.	540	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.																.	.	.
Query SS confidence																																																										.																.	.	.
Query Sequence		A	T	L	I	T	A	L	G	C	G	I	G	R	D	E	Y	N	P	D	K	L	R	Y	H	S	I	I	I	M	T	D	A	D	V	D	G	S	H	I	R	T	L	L	L	T	F	F	Y	R	Q	M	P	E	I	V	E	.	R	G	H	V	Y	I	A	Q	P	P	L	Y	K	V	K	.	.	.	K	G	K	Q	E
Query Conservation																																																										.																.	.	.
Alig confidence																																	.	.	.	.	.																					.																.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	A	I	K	K	I	M	G	L	Q	H	R	K	K	Y	E	D	T	K	S	L	R	Y	G	H	L	M	I	M	T	D	.	.	.	.	.	S	H	I	K	G	L	I	I	N	F	L	E	S	S	F	L	G	L	L	D	I	Q	G	F	L	L	E	F	I	T	P	I	I	K	V	S	I	T	K	P	T	K	N	T
Template Known Secondary structure									T			S	S	B			S		S	S	S	S	S		S								.	.	.	.	.															B	T	T	T	T	T	S	T	T	S								S							S	S
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		496	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.						.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570
		544	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	Y	I	K	D	D	E	A	M	D	Q	Y	Q	I	S	I	A	L	D	G	A	T	L	H	T	N	A	S	A	P	A	L	A	G	E	A	L	E	K	L	V	S	E	Y	N	A	T	Q	K	M	I	N	R	M	E	R	R	Y	P	K	A	M	L	K	E	L	I	Y	Q	P	T	L	T	E	A	D	L	S	D	E
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	A	F	Y	N	M	P	D	Y	E	K	W	R	E	E	E	S	H	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					S	S											T	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		576	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.
		624	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	T	V	T	R	W	V	N	A	L	V	S	E	L	N	D	K	E	Q	H	G	S	Q	W	K	F	D	V	H	T	N	A	E	Q	N	L	F	E	P	I	V	R	V	R	T	H	G	V	D	T	D	Y	P	L	D	H	E	F	I	T	G	G	E	Y	R	R	I	C	T	L	G	E	K	L	R	G	L	L	E	E
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		704	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	A	F	I	E	R	G	E	R	R	Q	P	V	A	S	F	E	Q	A	L	D	W	L	V	K	E	S	R	R	G	L	S	I	Q	R	Y	K	G	L	G	E	M	N	P	E	Q	L	W	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	T	W	K	Q	K	Y	Y	K	G	L	G	T	S	L	A	Q	E	V	R	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S											S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																														595	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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