Job Description P0AES6 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:24:06 GMT 2012 Rank 12 Aligned Residues 197 % Identity 66% Template c3fofD_ PDB info PDB header:isomerase/dna Chain: D: PDB Molecule:dna topoisomerase 4 subunit b; PDBTitle: structural insight into the quinolone-dna cleavage complex2 of type iia topoisomerases Resolution 4.00 Å

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		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	E	R	D	P	A	L	S	E	L	Y	L	V	E	G	D	S	A	G	G	S	A	K	Q	G	R	N	R	K	N	Q	A	I	L	P	L	K	G	K	I	L	N	V	E	K	A	R	F	D	K	M	L	S	S	Q	E	V	A	T	L	I	T	A	L	G	C	G	I	G	R	D	E	Y	N	P	D	K	L	R	Y
Query Conservation
Alig confidence																														.	.								.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.	.								.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	Q	S	N	P	A	K	N	E	L	Y	L	V	E	G	D	S	A	G	G	S	A	K	Q	G	R	D	R	.	.	K	F	I	L	P	L	R	.	.	V	I	N	T	A	K	A	K	M	A	D	I	L	K	N	E	E	I	N	T	M	I	Y	T	I	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	V
Template Known Secondary structure							S	S																				T	T	.	.								.	.				S	T	T	S							T										S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																														.	.								.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		419	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.			.	.	.	450	.	.	.			.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.													480	.	.
		491	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	S	I	I	I	M	T	D	A	D	V	D	G	S	H	I	R	T	L	L	L	T	F	F	Y	R	Q	M	P	E	I	V	E	R	G	H	V	Y	I	A	Q	P	P	L	Y	K	V	K	K	G	K	Q	E	Q	Y	I	K	D	D	E	A	M	D	Q	Y	Q	I	S	I	A	L	D	G	A	T	L	H	T	N	A
Query Conservation
Alig confidence																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	K	I	I	I	M	T	D	A	D	T	D	G	A	H	I	Q	T	L	L	L	T	F	F	Y	R	Y	M	R	P	L	V	E	A	G	H	V	Y	I	A	L	P	P	L	Y	K	M	S	K	G	K	G	K	K	E	E	V	A	Y	A	W	T	D	G	E	L	E	E	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										S																	T	S	S							T													B			T	T	T							S		T	T	T	T	G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		488	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.
		571	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	A	P	A	L	A	G	E	A	L	E	K	L	V	S	E	Y	N	A	T	Q	K	M	I	N	R	M	E	R	R	Y	P	K	A	M	L	K	E	L	I	Y	Q	P	T	L	T	E	A	D	L	S	D	E	Q	T	V	T	R	W	V	N	A	L	V	S	E	L	N	D	K	E	Q	H	G	S	Q	W	K	F	D
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		651	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	H	T	N	A	E	Q	N	L	F	E	P	I	V	R	V	R	T	H	G	V	D	T	D	Y	P	L	D	H	E	F	I	T	G	G	E	Y	R	R	I	C	T	L	G	E	K	L	R	G	L	L	E	E	D	A	F	I	E	R	G	E	R	R	Q	P	V	A	S	F	E	Q	A	L	D	W	L	V	K	E	S
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		731	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	R	G	L	S	I	Q	R	Y	K	G	L	G	E	M	N	P	E	Q	L	W	E	T	T	M	D	P	E	S	R	R	M	L	R	V	T	V	K	D	A	I	A	A	D	Q	L	F	T	T	L	M	G	D	A	V	E	P	R	R	A	F	I	E	E	N
Query Conservation
Alig confidence		.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	K	G	A	T	L	Q	R	Y	K	G	L	G	E	M	N	A	D	Q	L	W	E	T	T	M	N	P	E	T	R	T	L	I	R	V	T	I	E	D	L	A	R	A	E	R	R	V	N	V	L	M	G	D	K	V	E	P	R	R	K	W	I	E	D	N
Template Known Secondary structure		.			S	B						S	T	T	S	S		T	T	G	G	G	G	T	S	S		S	T	T	T			B			T	T			S	S	S							S	S	S				S							T	T
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			573	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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