Job Description P0AES6 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:24:06 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 183 % Identity 57% Template c2zjtB_ PDB info PDB header:isomerase Chain: B: PDB Molecule:dna gyrase subunit b; PDBTitle: crystal structure of dna gyrase b' domain sheds lights on2 the mechanism for t-segment navigation Resolution 2.80 Å

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		413	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	D	P	A	L	S	E	L	Y	L	V	E	G	D	S	A	G	G	S	A	K	Q	G	R	N	R	K	N	Q	A	I	L	P	L	K	G	K	I	L	N	V	E	K	A	R	F	D	K	M	L	S	S	Q	E	V	A	T	L	I	T	A	L	G	C	G	I	G	R	D	E	Y	N	P	D	K	L	R	Y	H	S
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Template Sequence		T	D	P	R	K	S	E	L	Y	V	V	E	G	D	M	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	A	I	L	P	L	R	G	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	V	L	K	N	T	E	V	Q	A	I	I	T	A	L	G	T	G	I	H	.	D	E	F	D	I	G	K	L	R	Y	H	K
Template Known Secondary structure				G	G	G												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.			G	G	G	S												S			G	.	G	G			G	G	G				S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Template SS confidence
		487	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.													.	.	.	.	.	.	.	510	.										.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.		.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.
		493	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.		.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.
Predicted Secondary structure																																																			.
Query SS confidence																																																			.
Query Sequence		I	I	I	M	T	D	A	D	V	D	G	S	H	I	R	T	L	L	L	T	F	F	Y	R	Q	M	P	E	I	V	E	R	G	H	V	Y	I	A	Q	P	P	L	Y	K	V	K	K	G	K	.	Q	E	Q	Y	I	K	D	D	E	A	M	D	Q	Y	Q	I	S	I	A	L	D	G	A	T	L	H	T	N	A	S
Query Conservation																																																			.
Alig confidence																																																			.																										.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																													.	.	.	.	.
Template Sequence		I	V	L	M	A	D	A	D	V	D	G	Q	H	I	S	T	L	L	L	T	L	L	F	R	F	M	R	P	L	I	E	N	G	H	V	F	L	A	Q	P	P	L	Y	K	L	K	W	Q	R	S	D	P	E	F	A	Y	S	D	R	E	R	D	G	L	L	E	A	G	L	K	A	G	K	K	I	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								S	S	S	T	T		T	T										T	T	S	T					T	T									S						S	S	S						S	S													T	T	T				.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.	.
Template SS confidence
		566	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640
		572	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	P	A	L	A	G	E	A	L	E	K	L	V	S	E	Y	N	A	T	Q	K	M	I	N	R	M	E	R	R	Y	P	K	A	M	L	K	E	L	I	Y	Q	P	T	L	T	E	A	D	L	S	D	E	Q	T	V	T	R	W	V	N	A	L	V	S	E	L	N	D	K	E	Q	H	G	S	Q	W	K	F	D	V
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		652	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	T	N	A	E	Q	N	L	F	E	P	I	V	R	V	R	T	H	G	V	D	T	D	Y	P	L	D	H	E	F	I	T	G	G	E	Y	R	R	I	C	T	L	G	E	K	L	R	G	L	L	E	E	D	A	F	I	E	R	G	E	R	R	Q	P	V	A	S	F	E	Q	A	L	D	W	L	V	K	E	S	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																																	641
		732	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	G	L	S	I	Q	R	Y	K	G	L	G	E	M	N	P	E	Q	L	W	E	T	T	M	D	P	E	S	R	R	M	L	R	V	T	V	K	D	A	I	A	A	D	Q	L	F	T	T	L	M
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	E	D	G	I	Q	R	Y	K	G	L	G	E	M	D	A	K	E	L	W	E	T	T	M	D	P	S	V	R	V	L	R	Q	V	T	L	D	D	A	A	A	A	D	E	L	F	S	I	L	M
Template Known Secondary structure		T	T	T	S						S	S	S	S	S		T	T	T	T					T		T	T	T																					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		642	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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