Job Description P0AES6 Confidence 99.83% Date Thu Jan 5 11:24:06 GMT 2012 Rank 28 Aligned Residues 345 % Identity 19% Template c2zbkB_ PDB info PDB header:isomerase Chain: B: PDB Molecule:type 2 dna topoisomerase 6 subunit b; PDBTitle: crystal structure of an intact type ii dna topoisomerase:2 insights into dna transfer mechanisms Resolution 3.56 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		17	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.		50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.							.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																			.																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	A	V	R	K	R	P	G	M	Y	I	G	D	T	D	D	G	T	G	L	H	H	M	V	F	E	V	V	D	N	A	I	D	.	E	A	L	A	G	H	C	K	E	I	I	V	T	I	H	A	D	N	S	.	.	.	.	.	.	V	S	V	Q	D	D	G	R	G	I	P	T	G	I	H	P	E	E	G	V	S
Query Conservation																																			.																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.																							.																				.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	F	F	K	R	N	P	E	L	A	.	G	F	P	N	P	A	R	A	L	Y	Q	T	V	R	E	L	I	E	N	S	L	D	A	T	D	V	H	G	I	L	P	N	I	K	I	T	I	D	L	I	D	D	A	R	Q	I	Y	K	V	N	V	V	D	N	G	I	G	I	P	P	Q	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			G	G	G	T			G	G	G	.	T		S	S																		T	T	T	T	T	T	T														T	T	T	T										S					G	G	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure												.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.		.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
		90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.						.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.									.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	A	E	V	I	M	T	V	L	H	A	G	G	K	F	D	D	N	S	Y	K	V	S	G	G	L	H	G	V	G	V	S	V	V	N	A	L	S	.	.	.	.	.	Q	K	L	E	L	V	I	Q	R	E	G	K	I	H	R	Q	I	Y	E	.	.	.	.	.	.	.	.	H	G	V	P	Q	A	P	L	A	V
Query Conservation																																								.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.																			.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.
Template Sequence		E	V	P	N	A	F	G	R	V	L	Y	S	S	K	Y	V	N	.	.	.	R	Q	T	R	G	M	Y	G	L	G	V	K	A	A	V	L	Y	S	Q	M	H	Q	D	K	P	I	E	I	E	T	S	P	V	N	S	K	R	I	Y	T	F	K	L	K	I	D	I	N	K	N	E	P	I	I	V	E	R	G	S	V
Template Known Secondary structure		G	S					T	S				S						.	.	.	S			S		S	S	S	S																								T	T		S											T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.				.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	G	E	T	E	K	T	G	T	M	V	R	F	W	P	S	L	E	T	F	T	N	V	T	E	F	E	Y	E	I	L	A	K	R	L	R	E	L	S	F	L	N	S	G	V	S	I	R	L	R	D	K	R	D	G	K	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.
Template Sequence		E	N	T	R	G	F	H	G	T	S	V	A	I	S	.	.	.	.	.	I	P	G	D	W	P	K	A	K	S	R	I	Y	E	Y	I	K	R	T	Y	I	I	T	P	Y	A	E	F	I	F	K	D	P	E	G	N	V	T	Y	Y	P	R	L	T	N	K	I	P	K	P	P	Q	E	V	K	P	H	P	Y	G	V
Template Known Secondary structure					S	S										.	.	.	.	.																								T	T								T	T	S																							G	G	G
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.
Template SS confidence
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.						.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
																																																		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	H	F	H	Y	E	G	G	I	K	A	F	V	E	Y	L	N	K	N	K	T	P	I	H	P	N	I	F	Y	F	S	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	R	E	E	I	K	I	L	I	N	N	L	K	R	D	Y	T	I	K	E	F	L	V	N	E	F	Q	S	I	G	D	T	T	A	D	K	I	L	E	L	A	G	L	K	P	N	K	K	V	K	N	L	T	E	E	E	I	T	R	L	V	E	T	F	K	K	D	E	D	F	R	S	P	S	A	D	S	L	S	V
Template Known Secondary structure											T	T		S	S			B							T	T	S	T	T													T	T			S	S		B	S	S																									S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
		246	.	.	.																														250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.					.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.				.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.																											.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.																											.	.	.
Query Sequence		E	K	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	V	E	V	A	L	Q	W	N	D	G	.	.	.	.	F	Q	E	N	I	Y	C	F	T	N	N	I	P	Q	R	D	G	G	T	H	L	A	G	F	R	A	.	.	.	A	M
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.																											.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.				.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	G	E	D	L	I	E	L	G	L	K	K	I	F	N	P	D	F	A	A	S	I	T	R	K	P	K	A	Y	Q	G	H	P	F	I	V	E	A	G	V	A	F	G	G	S	I	P	V	G	E	E	P	I	V	L	R	Y	A	N	K	I	P	L	I	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	E	K	S	D	V	I
Template Known Secondary structure				T	T						T	T	T	T	T			S													T	T												S	T	T	S			B	S	S								T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380									.	.	.	.	.	.	.	.
		290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.		.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.				.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.														.	.	.
Query SS confidence																																																							.														.	.	.
Query Sequence		T	R	T	L	N	A	Y	M	D	K	E	G	Y	S	K	K	A	K	V	S	A	T	G	D	D	A	R	E	G	L	I	A	V	V	S	V	K	V	P	D	P	K	F	S	S	Q	T	K	D	K	L	V	S	.	S	E	V	K	S	A	V	E	Q	Q	M	N	E	.	.	.	L	L	A	E	Y	L	L	E	N	P
Query Conservation																																																							.														.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.														.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	K	V	V	E	E	L	D	W	K	R	Y	G	I	E	S	D	Q	Y	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	V	V	M	V	H	L	C	S	T	K	I	P	Y	K	S	A	G	K	E	S	I	A	E	V	E	N	I	E	K	E	I	K	N	A	L	M	E	V	A	R	K	L	K	Q	Y	L	S	E	K	R
Template Known Secondary structure								S		T	T	S	S	S				S	S	B		.	.	.	.	.	.	.	.	.										S	S			B	S	S	S	S		S		B																									T	T
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.										.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	D	A	K	I	V	V	G	K	I	I	D	A	A	R	A	R	E	A	A	R	R	A	R	E	M	T	R	R	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	E	Q	E	A	K	K	K	L	L	A	Y	L	K	Y	I	P	E	V	S	R	S	L	A	T	F	L	A	S	G
Template Known Secondary structure																	T	T									T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.