Job Description P0AES6 Confidence 99.88% Date Thu Jan 5 11:24:06 GMT 2012 Rank 27 Aligned Residues 350 % Identity 20% Template c2q2eB_ PDB info PDB header:isomerase Chain: B: PDB Molecule:type 2 dna topoisomerase 6 subunit b; PDBTitle: crystal structure of the topoisomerase vi holoenzyme from2 methanosarcina mazei Resolution 4.00 Å

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		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50		.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.					.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
Predicted Secondary structure																																													.																			.	.	.	.
Query SS confidence																																													.																			.	.	.	.
Query Sequence		S	S	I	K	V	L	K	G	L	D	A	V	R	K	R	P	G	M	Y	I	G	D	T	D	D	G	T	G	L	H	H	M	V	F	E	V	V	D	N	A	I	D	E	.	A	L	A	G	H	C	K	E	I	I	V	T	I	H	A	D	N	S	.	.	.	.	V	S	V	Q	D	D	G	R	G	I	P	T	G	I
Query Conservation																																													.																			.	.	.	.
Alig confidence																									.																				.																			.	.	.	.														.
Template Conservation																									.																																																								.
Template Sequence		K	K	Q	K	S	I	S	V	A	E	F	F	E	K	N	R	Q	I	L	G	F	D	S	.	A	P	R	S	L	I	T	T	V	K	E	A	V	D	N	A	L	D	A	C	E	E	A	G	I	L	P	D	I	L	V	Q	V	E	R	T	G	P	D	Y	V	T	V	I	I	E	D	N	G	P	G	I	V	R	E	.
Template Known Secondary structure							S		S							S	T	T	T	S	S		S	S	.																					T	T	T	S		S											T	T	T										S					G	G	.
Template Predicted Secondary structure																									.																																																								.
Template SS confidence
		11	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.		.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.			120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.					.	.	.	.	150	.		.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.																											.	.	.	.							.
Query SS confidence																																							.	.																											.	.	.	.							.
Query Sequence		H	P	E	E	G	V	S	A	A	E	V	I	M	T	V	L	H	A	G	G	K	F	D	D	N	S	Y	K	V	S	G	G	L	H	G	V	G	.	.	V	S	V	V	N	A	L	S	Q	K	L	E	L	V	I	Q	R	E	G	K	I	H	R	Q	I	Y	.	.	.	.	E	H	G	V	P	Q	.	A	P	L	A
Query Conservation																																							.	.																											.	.	.	.							.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																															.	.																											.	.	.	.							.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	Q	I	P	K	V	F	A	K	L	L	Y	G	F	H	A	L	K	S	R	G	Q	Q	G	I	G	I	S	A	A	V	L	Y	A	Q	M	T	A	G	R	H	T	K	I	L	S	K	T	S	P	T	A	P	A	H	Y	Y	E	L	M	I	N	T	S	T	N	E	P	D	I	L	V	D	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	G						S													S	S	S	S														T											S	S	S	S											S	S	S		S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
									89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	T	G	E	T	E	K	T	G	T	M	V	R	F	W	P	S	L	E	T	F	T	N	V	T	E	F	E	Y	E	I	L	A	K	R	L	R	E	L	S	F	L	N	S	G	V	S	I	R	L	R	D	K	R	D	G	K	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.
Template Sequence		V	R	D	W	F	R	P	H	G	T	Q	I	E	L	.	.	.	.	E	M	R	A	A	Y	V	K	G	R	R	Q	S	I	Y	E	Y	L	K	A	T	A	I	V	N	P	H	A	R	I	T	L	I	D	P	D	G	N	E	E	V	F	E	R	A	T	D	K	M	P	E	P	A	E	E	I	L	P	H	P	E	G
Template Known Secondary structure						S		S	S							.	.	.	.			S							S	S	S	S	S													S								T	T	S																							S	T	T
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.					.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
																																																		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	H	F	H	Y	E	G	G	I	K	A	F	V	E	Y	L	N	K	N	K	T	P	I	H	P	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.													.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																														.
Template Sequence		I	E	L	G	T	L	M	K	M	L	H	Y	T	E	P	F	L	R	Y	S	F	C	K	L	L	T	A	E	E	I	C	K	A	A	G	L	D	P	E	I	D	P	H	A	L	G	R	H	E	A	R	K	L	I	E	A	F	E	K	V	.	K	I	M	A	P	P	T	D	C	L	S	P	I	G	E	D	L	I	Y
Template Known Secondary structure																	T	T	S	S	S	S												T	T	T			T	T	S		S	S	S			S	S	S	S	T	T	T	T					T	S	.			S				S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																														.
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300		.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																			239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.					260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	I	F	Y	F	S	T	E	K	D	G	I	G	V	E	V	A	L	Q	W	N	.	.	.	.	D	G	F	Q	E	N	I	Y	C	F	T	N	N	I	P	Q	R	D	G	G	T	H	L	A	G	F	R	A	A	M	T	R	T	L	N	A	Y	M
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.												.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	G	L	E	K	E	T	T	V	D	F	I	A	T	S	T	R	K	P	A	V	Y	S	G	N	.	.	P	F	V	V	E	V	G	M	A	Y	G	G	N	L	P	K	E	E	K	I	S	I	M	R	F	A	N	R	V	P	L	L	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Q	G	G	C	V	T	T	H	A	V
Template Known Secondary structure								S			S						B							T	T		.	.											S	S	S	S		S	S	S									T	T	B				S	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T
Template Predicted Secondary structure																											.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		327	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.			.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.										.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.		.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.
Query SS confidence																																															.
Query Sequence		D	K	E	G	Y	S	K	K	A	K	V	S	A	T	G	D	D	A	R	E	G	L	I	A	V	V	S	V	K	V	P	D	P	K	F	S	S	Q	T	K	D	K	L	V	S	.	S	E	V	K	S	A	V	E	Q	Q	M	N	E	L	L	A	E	Y	L	L	E	N	P	T	D	A	K	I	V	V	G	K	I	I
Query Conservation																																															.
Alig confidence																																															.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	D	I	K	W	K	Q	Y	G	L	N	Q	P	G	G	G	I	P	V	G	P	V	I	L	L	I	H	V	A	S	I	N	V	P	F	T	S	E	S	K	D	A	I	A	D	I	P	V	I	K	E	E	I	D	L	A	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	V	A	R	K	L	K	H	Y	L	S
Template Known Secondary structure				S			T	T	T	T					S	S	S	S			S	S										S	S			B	S	S	S	S	S	S	S	B															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		396	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.												.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.
		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	A	A	R	A	R	E	A	A	R	R	A	R	E	M	T	R
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	Q	S	N	L	K	K	R	R	E	K	E	I	I	I	T	K
Template Known Secondary structure								T	T	T					T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		465	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.