Job Description P45508 Confidence 94.46% Date Thu Jan 5 12:02:51 GMT 2012 Rank 32 Aligned Residues 173 % Identity 20% Template d2fgqx1 SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Porin Resolution 1.45

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		981	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	G	D	G	Q	T	L	N	L	R	V	I	G	G	D	Y	H	Y	T	A	A	G	Q	L	A	Q	H	E	D	T	S	T	V	Q	L	S	G	D	L	F	S	G	R	W	G	T	D	G	E	W	M	L	G	I	V	G	G	Y	S	D	N	Q	G	D	S	R	S	N	M	T	G	T	R	A	D	N	Q	N	H	G
Query Conservation
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	P	N	F	G	G	F	N	A	G	F	G	Y	A	F	D	E	K	Q	T	I	G	T	A	D	S	V	G	R	Y	I	G	G	Y	V	A	Y	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	G	P	L	S	A	S	L	G	L	A	Q	Q	K	T	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	L	A	T	D	R	D	E
Template Known Secondary structure					B	T	T											T	T			B	T	T	B	S	S	T	T												.	.	.	.	.	.	.	.	S	S															.	.	.	.	.	.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		142	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180									.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.									.	.	.	200	.	.	.	.	.
		1061	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	A	V	G	L	T	S	S	W	F	Q	H	G	N	Q	K	Q	G	A	W	L	D	S	W	L	Q	Y	A	W	F	S	N	D	V	S	E	Q	E	D	G	T	D	H	Y	H	S	S	G	I	I	A	S	L	E	A	G	Y	Q	W	L	P	G	R	G	V	V	I	E	P	Q	A	Q	V	I	Y	Q	G	V	Q	Q
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Template Sequence		I	T	L	G	A	S	Y	N	F	.	.	.	.	.	.	.	G	V	A	K	L	S	G	L	L	Q	Q	T	K	F	K	R	D	I	G	G	D	I	K	T	N	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	M	L	G	A	S	A	P	V	G	G	V	G	.	.	.	.	E	V	K	L	Q	Y	A	L	Y	D	Q
Template Known Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	S	S															T	T	S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T	T	T		.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Template SS confidence
		206	.	.	.	210	.	.	.	.								.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240											.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.					.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.
		1141	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	D	F	T	A	A	N	R	A	R	V	S	Q	S	Q	G	D	D	I	Q	T	R	L	G	L	H	S	E	W	R	T	A	V	H	V	I	P	T	L	D	L	N	Y	Y	H	D	P	H	S	T	E	I	E	E	D	G	S	T	I	S	D	D	A	V	K	Q	R	G	E	I	K	V	G	V	T	G	N	I	S	Q
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	A	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	S	K	A	H	Q	I	T	L	G	Y	V	H	N	L	S	K
Template Known Secondary structure		G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T														S	S	S
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		265	.	.																																																													.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
		1221	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	V	S	L	R	G	S	V	A	W	Q	K	G	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	F	A	Q	T	A	G	F	L	S	M	T	V	K	W
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	T	A	L	Y	G	N	L	A	F	L	K	N	K	D	A	S	T	L	G	L	Q	A	K	G	V	Y	A	G	G	V	Q	A	G	E	S	Q	T	G	V	Q	V	G	I	R	H	A	F
Template Known Secondary structure		S														T	T							B	T	T	T	B		S				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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