Job Description P10441 Confidence 99.97% Date Thu Jan 5 11:32:17 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 353 % Identity 16% Template c3s29C_ PDB info PDB header:transferase Chain: C: PDB Molecule:sucrose synthase 1; PDBTitle: the crystal structure of sucrose synthase-1 from arabidopsis thaliana2 and its functional implications. Resolution 2.85 Å

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		8	.	10	.	.	.														.	.	.	.	.		.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.													.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Query Sequence		T	I	A	L	V	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	T	S	G	.	D	I	L	G	A	G	L	I	R	A	L	K	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	V	P	N	A	R	F	V	G	V	A	G	P	R	M	Q	A	E	G	C	E	A	W	Y	E	M	E	E	L	.
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Template Conservation
Template Sequence		N	V	V	I	L	S	P	H	G	Y	F	A	Q	D	N	V	L	G	Y	P	D	T	G	G	Q	V	V	Y	I	L	D	Q	V	R	A	L	E	I	E	M	L	Q	R	I	K	Q	Q	G	L	N	I	K	P	R	I	L	I	L	T	R	L	L	P	D	A	V	G	T	T	C	G	E	R	L	E	R	V	Y	D	S
Template Known Secondary structure									S	S				S	S	S		T	T	S	T	T		S																								T	T															T	T			S	S	S	T	T	S	S					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																				61	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V	M	G	I	V	E	V	L	G	R	L	R	R	L	L	H	I	R	A	D	L	T	K	R	F	G	E	L	K	P	D	V	F	V	G	I	D	A	P	D	F	N	I	T	L	E	G	N	L	K	K	Q	G	I	K	T	I	H	Y	V	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.
Template Conservation																																																									.
Template Sequence		E	Y	C	D	I	L	R	V	P	F	R	T	E	K	G	I	V	R	K	W	I	S	R	F	E	V	W	P	Y	L	E	T	Y	T	E	D	A	A	V	E	L	S	K	E	L	N	G	K	P	D	L	I	I	G	N	.	Y	S	D	G	N	L	V	A	S	L	L	A	H	K	L	G	V	T	Q	C	T	I	A	H
Template Known Secondary structure		S	S											T	T					S				G	G	G		G	G	G																	S	S			S						.																T								S
Template Predicted Secondary structure																																																									.
Template SS confidence
		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.		.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.
		123	.	.	.	.	.																				.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.								.	.	.	.	.																			.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	S	V	W	A	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	Q	K	R	V	F	K	I	G	R	A	T	D	L	V	L	A	F	L	P	F	E	K	A	.	.	.	.	.	.	.	F	Y	D	K	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	E	K	T	K	Y	P	D	S	D	I	Y	W	K	K	L	D	D	K	Y	H	F	S	C	Q	F	T	A	D	I	F	A	M	N	H	T	D	F	I	I	T	S	T	F	Q	E	I	A	G	S	K	E	T	V	G	Q	Y	E	S	H	T	A	F	T	L	P	G	L	Y	R	V	V	H	G	I	D	V	F	D
Template Known Secondary structure								S	T	T	T	T	T	T																								S	S					S		S							S	S	S			T	T	G	G	G	S	S				T	T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		439	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220
Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	P	C	R	F	I	G	H	T	M	A	D	A	M	P	L	D	P	D	K	N	A	A	R	D	V	L	G	I	P	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	H	C	L	A	L	L	P	G	S	R	G	A	E	V	E	M	L	S	A	D	F	L	K	T	A	Q	L	L	R
Query Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	K	F	N	I	V	S	P	G	A	D	M	S	I	Y	F	P	Y	T	E	E	K	R	R	L	T	K	F	H	S	E	I	E	E	L	L	Y	S	D	V	E	N	K	E	H	L	C	V	L	K	D	K	K	K	P	I	L	F	T	M	A	R	L	D	R	V	K	N	L	S	G	L	V	E	W	Y	G	K	N	T
Template Known Secondary structure		T	T										T	T	T				T	T		T	T	T	S		G	G	G											S			S	S	S			S		B	S		T	T	S										S	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		519	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.
		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.															.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.		.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.					.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.															.	.	.	.													.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.															.	.	.	.													.
Query Sequence		Q	T	Y	P	D	L	E	I	V	V	P	L	V	N	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	R	E	Q	F	E	R	I	K	A	E	V	A	P	D	L	S	V	.	H	L	L	D	G	M	G	R	E	A	M	V	A	S	.	.	.	.	D	A	A	L	L	A	S	G	T	A	A	L	.
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.															.	.	.	.													.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.															.	.	.	.													.
Template Conservation
Template Sequence		R	L	R	E	L	A	N	L	V	V	V	G	G	D	R	R	K	E	S	K	D	N	E	E	K	A	E	M	K	K	M	Y	D	L	I	E	E	Y	K	L	N	G	Q	F	R	W	I	S	S	Q	M	D	R	V	R	N	G	E	L	Y	R	Y	I	C	D	T	K	G	A	F	V	Q	P	A	L	Y	E	A	F	G
Template Known Secondary structure																T	T	S																					T	T		T	B	T																							T	T								S		B	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		599	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.
						281	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.					.	.	.	.	350	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																																																		.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.																																																																		.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	E	C	M	L	A	K	C	P	M	V	V	G	Y	R	M	K	P	F	T	F	W	L	A	K	R	L	V	K	T	D	Y	V	S	L	P	N	L	L	A	G	R	E	L	V	K	E	L	L	Q	E	E	C	E	P	Q	K	L	A	A	A	L	L	P	L	L	.	.	.	.	A	N	G	K	T	S	H
Query Conservation		.	.	.	.																																																																		.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.																						.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.
Template Sequence		L	T	V	V	E	A	M	T	C	G	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	F	A	T	C	K	G	G	P	A	E	I	I	V	H	G	K	.	.	S	G	F	H	I	D	P	Y	H	G	D	Q	A	A	D	T	L	A	D	F	F	T	K	C	K	E	D	P	S	H	W	D
Template Known Secondary structure											T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S	S	B	T							B	T	T	.	.	T	B					T	T	S																			T
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.
Template SS confidence
		679	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.			.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	M	H	D	T	F	R	E	L	H	Q	Q	I	R	C	N	A	D	E	Q	A	A	Q	A	V	L	E	L	A	Q
Query Conservation
Alig confidence															.	.
Template Conservation															.	.
Template Sequence		E	I	S	K	G	G	L	Q	R	I	E	E	K	.	.	Y	T	W	Q	I	Y	S	Q	R	L	L	T	L	T	G
Template Known Secondary structure															.	.
Template Predicted Secondary structure															.	.
Template SS confidence
		740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.			.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.