Job Description P42628 Confidence 28.44% Date Thu Jan 5 12:01:58 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 387 % Identity 12% Template c3hfxA_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:l-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter; PDBTitle: crystal structure of carnitine transporter Resolution 3.15 Å

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		15	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.			60	.														.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	P	A	G	R	A	G	M	S	E	S	E	W	R	E	A	I	K	F	D	S	T	D	T	G	W	V	I	M	S	I	G	M	A	I	G	A	G	I	V	F	L	P	V	Q	.	.	V	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	M	G	L	W	V	F	L	L	S	S	V	I	G	Y	P	A	M
Query Conservation																																															.	.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.								.	.	.	.																								.	.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.								.	.	.	.
Template Sequence		G	P	Y	A	K	K	R	L	G	.	.	N	E	P	P	E	F	S	.	.	.	.	T	A	S	W	I	F	M	M	F	A	S	C	T	S	A	A	V	L	F	W	G	S	I	E	I	Y	Y	Y	I	S	T	P	P	F	G	L	E	P	N	S	T	G	A	K	E	L	G	L	A	Y	S	L	F	H	W	G	P	L
Template Known Secondary structure		S	S	S	T	T	S		S	S	.	.	S	S			S	S		.	.	.	.										T					S																S		S	T	T			T	T																T	S
Template Predicted Secondary structure											.	.								.	.	.	.
Template SS confidence
		72	.	.	.	.	.	.	.	80			.	.	.	.	.	.	.					.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.
		80	.	.	.	.	.	.	.	.						.	90	.	.	.	.	.	.		.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110						.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.									.															.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.									.															.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	L	F	Q	R	L	F	I	N	.	.	.	.	.	T	L	A	E	S	P	E	C	.	K	D	Y	P	S	V	I	S	G	Y	L	G	K	N	.	.	.	.	.	W	G	I	L	L	G	A	L	Y	F	V	M	L	V	I	W	M	F	V	Y	S	T	A	I	T	N	D	S	A	S	Y	L	H	T	F	G	V	T
Query Conservation											.	.	.	.	.									.															.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.									.															.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	W	A	T	Y	S	F	L	S	V	A	F	A	Y	F	F	F	V	R	K	M	E	V	I	R	P	S	S	T	L	V	P	L	V	G	E	K	H	A	K	G	L	F	G	T	I	V	D	N	F	Y	L	V	A	L	I	F	A	M	G	T	S	L	G	L	A	T	P	L	V	T	E	C	M	Q	W	L	F	G	I
Template Known Secondary structure																			T	S						S	S	G	G	G	G		T	T	T		S	S		T	T	S	S																																	T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.
		149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.					.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200														.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	G	L	L	S	D	S	P	F	Y	G	L	V	L	I	C	I	L	V	A	I	S	S	R	.	.	.	.	G	E	K	L	L	F	K	I	S	T	G	M	V	L	T	K	L	L	V	V	A	A	L	G	V	S	M	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	M	W	H	L	Y	N	V	G	S	L
Query Conservation																										.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	H	T	L	Q	L	D	A	I	I	I	T	C	W	I	I	L	N	A	I	C	V	A	C	G	L	Q	K	G	V	R	I	A	S	D	V	R	S	Y	L	S	F	L	M	L	G	W	V	F	I	V	S	G	A	S	F	I	M	N	Y	F	T	D	S	V	G	M	L	L	M	Y	L	P	R	M	L	F	Y	T	D
Template Known Secondary structure				T																				S	S				T	T																																																T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.
		212	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.			.
Predicted Secondary structure																																																																															.	.
Query SS confidence																																																																															.	.
Query Sequence		P	P	L	G	L	L	V	K	N	A	I	I	T	L	P	F	T	L	T	S	I	L	F	I	Q	T	L	S	P	M	V	I	S	Y	R	S	R	E	K	S	I	E	V	A	R	H	K	A	L	R	A	M	N	I	A	F	G	I	L	F	V	T	V	F	F	Y	A	V	S	F	T	L	A	M	G	H	D	.	.	E
Query Conservation																																																																															.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.																																																														.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.
Template Sequence		P	I	A	K	G	G	F	P	Q	G	W	.	.	.	.	.	T	V	F	Y	W	A	W	W	V	I	Y	A	I	Q	M	S	I	F	L	A	R	I	S	R	G	R	T	V	R	E	L	C	F	G	M	V	L	G	L	T	A	S	T	W	I	L	W	T	V	L	G	S	N	T	L	L	L	I	D	K	N	I	I	N
Template Known Secondary structure			S	S								T	.	.	.	.	.											T											T		S	S																																			T	T	S
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.
Template SS confidence
		306	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.						.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
		290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	V	K	A	Y	E	Q	N	I	S	A	L	A	I	A	A	Q	F	I	S	G	D	G	A	A	W	V	K	V	V	S	V	I	L	N	I	F	A	V	M	T	A	F	F	G	V	Y	L	G	F	R	E	A	T	Q	G	I	V	M	N	I	L	R	R	K	M	P	A	E	K	I	N	E	N	L	V	Q	R	G	I
Query Conservation
Alig confidence																																																					.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	P	N	L	I	E	Q	Y	G	V	A	R	A	I	I	E	T	W	A	A	L	P	L	S	T	A	T	M	W	G	F	F	I	L	C	F	I	A	T	V	T	L	V	N	A	C	S	Y	T	L	A	.	.	.	.	.	.	M	S	T	C	R	E	V	R	D	G	E	E	P	P	L	L	V	R	I	G	W	S	I
Template Known Secondary structure							G	G	G												T	S	S	S	T	T																											.	.	.	.	.	.		T	T	S		S	S	S	S	S		S	S		S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.							.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	I	F	A	I	L	L	A	W	S	A	I	V	L	N	A	P	V	L	S	F	T	S	I	C	S	P	I	F	G	M	V	G	C	L	I	P	A	W	L	V	Y	K	V	P	A	L	H	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	V	G	I	I	G	I	V	L	L	A	L	G	G	L	K	P	I	Q	T	A	I	I	A	G	G	C	P	L	F	F	V	N	I	M	V	T	L	S	F	I	K	D	A	K	Q	N	W	K
Template Known Secondary structure															S	S																																T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		455	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.