Job Description P10384 Confidence 3.63% Date Thu Jan 5 11:32:12 GMT 2012 Rank 66 Aligned Residues 288 % Identity 14% Template c3jtyB_ PDB info PDB header:transport protein Chain: B: PDB Molecule:benf-like porin; PDBTitle: crystal structure of a benf-like porin from pseudomonas fluorescens2 pf-5 Resolution 2.58 Å

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		63	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.				.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.
Query Sequence		T	M	F	D	R	P	T	F	S	A	G	A	V	Y	I	D	P	D	V	N	I	S	G	T	S	P	S	G	R	S	L	K	A	D	N	I	A	P	T	A	W	V	P	N	M	H	F	V	A	.	.	.	P	I	N	D	Q	F	G	W	G	A	S	I	T	S	N	Y	G	L	A	T	E	F	N	D	T	Y	A	G
Query Conservation																																																			.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.	.									.	.	.
Template Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	F	L	E	D	A	Q	A	N	L	T	L	R	N	F	Y	F	N	R	N	F	T	N	P	T	K	A	Q	G	K	A	E	E	W	.	.	.	.	.	.	.	T	Q	S	F	I	L	D	A	K	S	G	F	T	Q	G	T	V	G	F	G	M	D	V	L	G	L	Y	S	L	K	L	D	G	G	K	G	T	G	G
Template Known Secondary structure			T	T	T	T																			T	T	S	S								.	.	.	.	.	.	.														S	S	S																			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		32	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.								.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.
		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	S	V	G	G	T	T	D	L	E	T	M	N	L	N	L	S	G	A	Y	R	L	N	N	A	W	S	F	G	L	G	F	N	A	V	Y	A	R	A	K	I	E	R	F	A	G	D	L	G	Q	L	V	A	G	Q	I	M	Q	S	P	A	G	Q	T	Q	Q	G	Q	A	L	A	A	T	A	N	G	I	D	S	N
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	Q	L	L	P	L	P	A	D	N	F	G	R	L	G	V	A	F	K	A	R	L	S	Q	.	.	.	.	.	T	E	V	K	V	G	E	W	M	P	V	L	P	I	L	R	S	D	D	G	R	S	L	P	Q	T	F	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S	S	S					S														T	T	.	.	.	.	.													T	T						S	S	S	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		105	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.						.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	K	I	A	H	L	N	G	N	Q	W	G	F	G	W	N	A	G	I	L	Y	E	L	D	K	N	N	R	Y	A	L	T	Y	R	S	E	V	K	I	D	F	K	G	N	Y	S	S	D	L	N	R	A	F	N	N	Y	G	L	P	I	P	T	A	T	G	G	A	T	Q	S	G	Y	L	T	L	N	L	P	E	M
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	Q	I	T	S	K	E	I	A	G	L	T	L	Y	G	G	Q	F	R	A	N	S	P	R	D	D	S	S	M	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	S	M	F	G	K	A	A	F	T	S	D	R	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									S	T	T														T	T		S	S		B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T							S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																	162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.		.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.
Query SS confidence														.
Query Sequence		W	E	V	S	G	Y	N	R	V	D	P	Q	.	W	A	I	H	Y	S	L	A	Y	T	S	W	S	Q	F	Q	Q	L	K	A	T	S	T	S	G	D	T	L	F	Q	K	H	E	G	F	K	D	A	Y	R	I	A	L	G	T	T	Y	Y	Y	D	D	N	W	T	F	R	T	G	I	A	F	D	D	S	P	V	P
Query Conservation														.
Alig confidence														.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template Sequence		N	F	Q	G	A	E	Y	A	F	N	D	K	R	T	Q	I	A	L	W	N	A	Q	L	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	I	Y	S	Q	Q	F	I	N	L	I	H	S	Q	P	L	G	D	.	W	T	L	G	A	N	L	G	F	F	Y	G	K	E	D
Template Known Secondary structure											T	T	T	T											T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T															S	S	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template SS confidence
		208	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.
		379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420												.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	Q	N	R	S	I	S	I	P	D	Q	D	R	F	W	L	S	A	G	T	T	Y	A	F	N	K	D	A	S	V	D	V	G	V	S	Y	M	H	G	Q	S	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	I	N	E	G	P	Y	Q	F	E	S	E	G	K	A	W	L	F	G	T	N	F	N	Y	A	F
Query Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.																		.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.																		.
Template Sequence		G	S	A	R	A	G	.	.	.	D	M	E	N	R	T	W	S	G	L	F	S	A	K	Y	G	G	.	N	T	F	Y	V	G	L	Q	K	L	T	G	D	S	A	W	M	R	V	N	G	T	S	G	G	T	L	A	N	D	S	Y	N	A	S	Y	D	N	A	K	E	K	S	W	Q	V	R	H	D	Y	N	F
Template Known Secondary structure		T	T		T	T		.	.	.																T	T	.													S	S					B	T	T				T	T	S	T	T			S	S					S	T	T												T
Template Predicted Secondary structure								.	.	.																		.
Template SS confidence
		265	.	.	.	.	270				.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.		.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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