Job Description P10408 Confidence 98.73% Date Thu Jan 5 11:32:13 GMT 2012 Rank 85 Aligned Residues 275 % Identity 21% Template d2bmfa2 SCOP info P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases RNA helicase Resolution 2.41

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		93	.	.	.	.	.			.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.		.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.																								.
Query SS confidence								.	.																								.
Query Sequence		V	L	N	E	R	C	.	.	I	A	E	M	R	T	G	E	G	K	T	L	T	A	T	L	P	A	Y	L	N	A	L	.	T	G	K	G	V	H	V	V	T	V	N	D	Y	L	A	Q	R	D	A	E	N	N	R	P	L	F	E	F	L	G	L	T	V	G	I	N	L	P	G	M	P	A	P	A	K	R	E	A
Query Conservation								.	.																								.
Alig confidence								.	.																								.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	F	R	K	K	R	L	T	I	M	D	L	H	P	G	A	G	K	T	K	R	Y	L	P	A	I	V	R	E	A	I	K	R	G	L	R	T	L	I	L	A	P	T	R	V	V	A	A	E	M	E	E	A	L	R	G	L	P	I	R	Y	Q	T	G	R	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S	S	T	T									T	T	S	S	T	T	T	T													T								S	S											T	T	T	S			B							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.
		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	A	A	D	I	T	Y	G	T	N	N	E	Y	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	A	F	S	P	E	E	R	V	Q	R	K	L	H	Y	A	L	V	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	A	E	D	S	S	E	M	Y	K	R	V	N	K	I	I	P	H	L	I	R	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.											.	.	.	.	.	.										.	.														.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.											.	.	.	.	.	.										.	.														.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	I	V	D	L	M	C	H	A	T	F	.	.	.	.	.	.	T	M	R	L	L	S	P	I	R	.	.	V	P	N	Y	N	L	I	I	M	D	E	A	H	.	.	.	F	T	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	S										.	.	.	.	.	.					T	S	S	S		.	.					S						S	T	T	.	.	.			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.											.	.	.	.	.	.										.	.														.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
					256	.	.	.	260	.	.	.	.	.							.	.	.	.	270	.	.	.	.			.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.				.	.	290
		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	K	E	D	S	E	T	F	Q	G	E	G	H	F	S	V	D	E	K	S	R	Q	V	N	L	T	E	R	G	L	V	L	I	E	E	L	L	V	K	E	G	I	M	D	E	G	E	S	L	Y	S	P	A	N	I	M	L	M	H	H	V	T	A	A	L	R	A	H	A	L	F	T	R	D	V	D	Y	I	V	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	A	S	I	A	A	R	G	Y	I	S	T	R	V	E	M	G	E	A	A	G	I	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	T	S					.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template SS confidence
																																																											291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	G	E	V	I	I	V	D	E	H	T	G	R	T	M	Q	G	R	R	W	S	D	G	L	H	Q	A	V	E	A	K	E	G	V	Q	I	Q	N	E	N	Q	T	L	A	S	I	T	F	Q	N	Y	F	R	L	Y	E	K	L	A	G	M	T	G	T	A	D	T	E	A	F	E	F	S	S	I	Y	K	L	D	T
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	M	T	A	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																													313	.	.	.	.	.
		410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	V	V	P	T	N	R	P	M	I	R	K	D	L	P	D	L	V	Y	M	T	E	A	E	K	I	Q	A	I	I	E	D	I	K	E	R	T	A	K	G	Q	P	V	L	V	G	T	I	S	I	E	K	S	E	L	V	S	N	E	L	T	K	A	G	I	K	H	N	V	L	N	A	K	F	H	A	N	E	A	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.
Template Conservation		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	P	G	S	R	D	P	F	P	Q	S	N	A	P	I	M	D	E	E	R	E	I	P	E	R	S	W	N	S	G	H	E	W	V	T	D	F	K	G	K	T	V	W	F	V	P	S	I	K	A	G	N	D	I	A	A	C	L	R	K	N	G	K	K	V	I	Q	L	S	R	K	T	F	D	S	E	Y	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	T	T				S	S				S	S												S			S	S							S	S		S							S																T								T	T						G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.
Template SS confidence
					319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.
		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.													.	550	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	V	A	Q	A	G	Y	P	A	A	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	V	L	G	G	S	W	Q	A	E	V	A	A	L	E	N	P	T	A	E	Q	I	E	K	I	K	A	D	W	Q	V	R	H	D	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	A	G	G	L	H	I	I
Query Conservation																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	T	R	T	.	.	N	D	W	D	F	V	V	T	T	D	I	S	E	M	G	A	N	F	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E	R	V	I	D	P	R	R	C	M	K	P	V	I	L	T	D	G	E	E	R	V	I	L
Template Known Secondary structure		G	G	G	T	.	.	S			S						G	G	G	G	T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S																S	S	S
Template Predicted Secondary structure						.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		396	.	.	.			400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
		558	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.		580	.	.	.	.	.	.	.	.	.			590	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.											.	.
Query SS confidence																								.											.	.
Query Sequence		G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	.	D	A	G	S	S	R	F	Y	L	S	.	.	M	E	D	A
Query Conservation																								.											.	.
Alig confidence																								.											.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	P	M	P	V	T	H	S	S	A	A	Q	R	R	G	R	V	G	R	N	P	K	N	E	N	D	Q	Y	I	Y	M	G	E	P	L	E	N	D
Template Known Secondary structure																	T	T	S	S		S	S	S										S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.