Job Description P10408 Confidence 99.28% Date Thu Jan 5 11:32:13 GMT 2012 Rank 47 Aligned Residues 431 % Identity 20% Template c3l9oA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:atp-dependent rna helicase dob1; PDBTitle: crystal structure of mtr4, a co-factor of the nuclear exosome Resolution 3.39 Å

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		77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.			.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.
Query SS confidence																								.	.
Query Sequence		R	V	F	G	M	R	H	F	D	V	Q	L	L	G	G	M	V	L	N	E	R	C	.	.	I	A	E	M	R	T	G	E	G	K	T	L	T	A	T	L	P	A	Y	L	N	A	L	T	G	K	G	V	H	V	V	T	V	N	D	Y	L	A	Q	R	D	A	E	N	N	R	P	L	F	E	F	L	G	L	T	V
Query Conservation																								.	.
Alig confidence																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	T	Y	P	F	T	L	D	P	F	Q	D	T	A	I	S	C	I	D	R	G	E	S	V	L	V	S	A	H	T	S	A	G	K	T	V	V	A	E	Y	A	I	A	Q	S	L	K	N	K	Q	R	V	I	Y	T	S	P	I	K	A	L	S	N	Q	K	Y	R	E	L	L	A	E	F	G	D	V	G	L	M	T
Template Known Secondary structure		S			S	S														T	T	T									S	S	S																T	T								S	S															T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		144	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	I	N	L	P	G	M	P	A	P	A	K	R	E	A	Y	A	A	D	I	T	Y	G	T	N	N	E	Y	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	A	F	S	P	E	E	R	V	Q	R	K	L	H	Y	A	L	V	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	A	E	D	S	S	E
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.						.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.						.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	D	I	T	I	N	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	C	L	V	M	T	T	E	I	L	.	.	.	.	.	.	R	S	M	L	Y	.	R	G	S	E	V	M	R	E	V	A	W	V	I	F	D	E	V	H	Y	M	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	K	E
Template Known Secondary structure		S	S		B				S	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S										.	.	.	.	.	.						.			S	S												T	G	G	G	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.						.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		224	.	.	.	.	.	230	.										.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.							.	.	.	.	.		.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	270	.
		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	Y	K	R	V	N	K	I	I	P	H	L	I	R	Q	E	K	E	D	S	E	T	F	Q	G	E	G	H	F	S	V	D	E	K	S	R	Q	V	N	L	T	E	R	G	L	V	L	I	E	E	L	L	V	K	E	G	I	M	D	E	G	E	S	L	Y	S	P	A	N	I	M	L	M	H	H	V	T	A	A	L
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Sequence		R	G	V	V	W	E	E	T	I	I	L	L	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	V	R	Y	V	F	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	A	T	I	P	N	A	M	E	F	A	E	W	I	C	K	I	.
Template Known Secondary structure													S		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S		S	S												.
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template SS confidence
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	290	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	A	H	A	L	F	T	R	D	V	D	Y	I	V	K	D	G	E	V	I	I	V	D	E	H	T	G	R	T	M	Q	G	R	R	W	S	D	G	L	H	Q	A	V	E	A	K	E	G	V	Q	I	Q	N	E	N	Q	T	L	A	S	I	T	F	Q	N	Y	F	R	L	Y	E	K	L	A	G	M	T	G	T	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	H	S	Q	P	C	H	I	V	Y	T	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	R	P	T	P	.	.	.	.	.	.	.	L	Q	H	Y	L	F	P	A	H	G	D	G	I	Y	L	V	V	D	E	K	S	T	F	R	E	E	N	F	Q	K	A	M	A	S	I	A	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	T		S									.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S		.	.	.	.	.	.	.								T	T	S	S								T	T	T												T	T			.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320										.	.	.	.	.								.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.
		395	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	T	E	A	F	E	F	S	S	I	Y	K	L	D	T	V	V	V	P	T	N	R	P	M	I	R	K	D	L	P	D	L	V	Y	M	T	E	A	E	K	I	Q	A	I	I	E	D	I	K	E	R	T	A	K	G	Q	P	V	L	V	G	T	I	S	I	E	K	S	E	L	V	S	N	E	L	T	K	A	G	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	D	I	Y	K	I	V	K	M	I	W	.	.	K	K	K	Y	N	P	V	I	V	F	S	F	S	K	R	D	C	E	E	L	A	L	K	M	S	K	L	D	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.		T	T									S												T		S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Template SS confidence
																																							391	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.			.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.
		475																																				.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500			.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Query Sequence		K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	N	V	L	N	A	K	F	H	A	N	E	A	A	I	V	A	Q	A	G	Y	P	A	A	V	.	.	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	V	L	G	G
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.															.	.	.
Template Conservation																																																																															.	.	.
Template Sequence		N	S	D	A	L	T	K	I	F	N	N	A	I	A	L	L	P	E	T	D	R	E	L	P	Q	I	K	H	I	L	P	L	L	R	R	G	I	G	I	H	H	S	G	L	L	P	I	L	K	E	V	I	E	I	L	F	Q	E	G	F	L	K	V	L	F	A	T	E	T	F	S	I	G	L	N	M	K	.	.	.
Template Known Secondary structure										G	G	G	S		T						T	T									T						T						S		S															T									S				S						.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Template SS confidence
		432	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
		518	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.								.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.			580	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Query Sequence		S	W	Q	A	E	V	A	A	L	E	N	P	T	A	E	Q	I	E	K	I	K	A	D	W	Q	V	R	H	D	A	V	L	E	A	G	G	L	H	I	I	G	T	E	R	H	E	.	.	.	.	.	.	.	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	.	.	D	A	G	S	S	R	F	Y	L
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	V	V	F	T	S	V	R	K	W	D	G	Q	Q	F	R	W	V	S	G	G	E	Y	I	Q	M	S	G	R	A	G	R	R	G	L	D	D	R	G	I	V	I	M	M	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S		S				S	S	S																	S			S	S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																					515	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
				589	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600															.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.
Predicted Secondary structure		.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	S	M	E	D	A	L	M	R	I	F	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	V	S	G	M	M	R	K	L	G	M	K	P	G	E	A	I	E	H	P	W	V	T	K	A	I	A	N	A	Q	R	K	V	E	S	R	N	F	D	I	R	K	Q	L	L	E	Y	D	D	V	A
Query Conservation		.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	E	K	M	E	P	Q	V	A	K	G	M	V	K	G	Q	A	D	R	L	D	S	A	F	H	L	G	Y	N	M	I	L	N	L	M	R	V	E	G	I	S	P	E	F	M	L	E	H	S	F	F	Q	F	Q	N	V	I	S	V	P	V	M	E	K	K	L	A	E	L	K	K	D	F	D	G	I	E	V	E	D
Template Known Secondary structure																																						S	T	T										S	S																								T	T				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		653	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	D	Q	R	R	A	I	Y	S	Q	R	N	E	L	L	D	V	S	D	V	S	E	T	I	N	S	I	R	E	D	V	F	K	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	E	N	V	K	E	Y	H	E	I	E	Q	A	I	K	G	Y	R	E	D	V	R	Q	V	V	T	H	P	A	N	A	L	S	F
Template Known Secondary structure																												S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.