Job Description P10408 Confidence 98.56% Date Thu Jan 5 11:32:13 GMT 2012 Rank 93 Aligned Residues 424 % Identity 13% Template c3crw1_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: 1: PDB Molecule:xpd/rad3 related dna helicase; PDBTitle: "xpd_apo" Resolution 4.00 Å

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		87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.			.	.
Predicted Secondary structure																																																																														.	.
Query SS confidence																																																																														.	.
Query Sequence		Q	L	L	G	G	M	V	L	N	E	R	C	I	A	E	M	R	T	G	E	G	K	T	L	T	A	T	L	P	A	Y	L	N	A	L	T	G	K	G	V	H	V	V	T	V	N	D	Y	L	A	Q	R	D	A	E	N	N	R	P	L	F	E	F	L	G	L	T	V	G	I	N	L	P	G	M	P	.	.	A	P
Query Conservation																																																																														.	.
Alig confidence																																.	.	.																			.	.	.																							.	.
Template Conservation																																.	.	.																			.	.	.
Template Sequence		K	V	I	E	G	L	R	N	N	F	L	V	A	L	N	A	P	T	G	S	G	K	T	L	F	S	L	L	V	S	.	.	.	L	E	V	K	P	K	V	L	F	V	V	R	T	H	N	E	F	Y	.	.	.	P	I	Y	R	D	L	T	K	I	R	E	I	T	F	S	F	L	V	G	K	P	S	S	C	L	E
Template Known Secondary structure									T	T									S	S	S	S										.	.	.	T	T	T		S							S	S	S	G	G	G		.	.	.								S												S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.																			.	.	.
Template SS confidence
		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.				.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.				.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	K	R	E	A	Y	A	A	D	I	T	Y	G	T	N	N	E	Y	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	A	F	S	P	E	E	R	V	Q	R	K	L	H	Y	A	L	V	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	A	E	D	S	S	E	M	Y	K	R	V	N	K	I	I	P
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.																										.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.																										.	.
Template Sequence		S	E	N	S	L	Y	K	A	D	V	I	A	L	T	Y	P	Y	F	F	.	.	.	.	.	.	I	D	R	Y	R	E	F	I	D	I	D	L	R	E	Y	M	I	V	I	D	E	A	H	N	L	.	.	D	K	V	N	E	L	E	E	R	S	L	S	E	I	T	I	Q	M	A	I	K	Q	S	K	S	E	E	S
Template Known Secondary structure					T	T	T	T		S						T					.	.	.	.	.	.						T	T	S				S	T	T							T	G	G	G	S	.	.	G	G	G										T	T								S		S	S	S	T
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.																										.	.
Template SS confidence
		97	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.							.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140			.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	L	I	R	Q	E	K	E	D	S	E	T	F	Q	G	E	G	H	F	S	V	D	E	K	S	R	Q	V	N	L	T	E	R	G	L	V	L	I	E	E	L	L	V	K	E	G	I	M	D	E	G	E	S	L	Y	S	P	A	N	I	M	L	M	H	H	V	T	A	A	L	R	A	H	A	L	F	T	R	D	V
Query Conservation
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	R	I	L	S	K	L	L	N	Q	L	R	E	V	V	L	P	D	E	K	Y	I	K	V	E	N	V	P	K	L	S	K	E	E	L	E	I	L	A	D	D	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	D	I	R	K	D	S	L	K	Q	K	I	H	I	G	S	I	L	R	F	F	S	L	L	S	I	G	S
Template Known Secondary structure														T	T					S	S					S	S														T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	T					T	T	S												S	S
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.											.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	Y	I	V	K	D	G	E	V	I	I	V	D	E	H	T	G	R	T	M	Q	G	R	R	W	S	D	G	L	H	Q	A	V	E	A	K	E	G	V	Q	I	Q	N	E	N	Q	T	L	A	S	I	T	F	Q	N	Y	F	R	L	Y	E	K	L	A	G	M	T	G	T	A	D	T	E	A	F	E	F	S	S	I
Query Conservation
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	I	P	F	S	Y	S	K	R	L	V	I	K	N	P	E	I	S	Y	Y	L	N	L	L	N	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	E	L	S	I	I	L	M	S	G	T	L	P	P	R	E	Y	M	E	K	V	W	G	I	K	R	N	M	L	Y	L	D	V	E	R	E	I	Q	K	R	V
Template Known Secondary structure								T	T									S	T	T	T	S	G	G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T								S	S										T	T				S											S	S	S
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.														.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450		.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.
Query SS confidence																																																.
Query Sequence		Y	K	L	D	T	V	V	V	P	T	N	R	P	M	I	R	K	D	L	P	D	L	V	Y	M	T	E	A	E	K	I	Q	A	I	I	E	D	I	K	E	R	T	A	K	G	Q	.	P	V	L	V	G	T	I	S	I	E	K	S	E	L	V	S	N	E	L	T	K	A	G	I	K	H	N	V	L	N	A	K	F
Query Conservation																																																.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.																				.																				.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.
Template Sequence		S	G	S	Y	E	C	Y	I	G	V	D	V	T	S	K	Y	D	M	R	S	.	.	.	.	.	.	.	D	N	M	W	K	R	Y	A	D	Y	L	L	K	I	Y	F	Q	A	K	A	N	V	L	V	V	F	P	S	Y	E	I	M	D	R	V	M	S	R	I	.	.	.	.	S	L	P	K	Y	V	E	S	E	D
Template Known Secondary structure		S										S					T	T	T			.	.	.	.	.	.	.																	T	S	S	S							S	S									T	T		.	.	.	.		S							S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.
Template SS confidence
		355	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.								.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.					.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
		484	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.			.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.																																																				.	.	.
Query SS confidence																										.	.																																																				.	.	.
Query Sequence		H	A	N	E	A	A	I	V	A	Q	A	G	Y	P	A	A	V	T	I	A	T	N	M	A	.	.	G	R	G	T	D	I	V	L	G	G	S	W	Q	A	E	V	A	A	L	E	N	P	T	A	E	Q	I	E	K	I	K	A	D	W	Q	V	R	H	D	A	V	L	E	A	G	G	L	H	I	I	G	.	.	.
Query Conservation																										.	.																																																				.	.	.
Alig confidence																										.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.
Template Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	S	V	E	D	L	Y	S	A	I	S	A	N	N	K	V	L	I	G	S	V	G	K	G	K	L	A	E	G	I	E	L	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	N	D	R	S	L	I	S	D	V	V	I	V	G	I	P	Y
Template Known Secondary structure									T	T	S	S	S			S							S	S	S	S	S		S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	S		S								S
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.
																											559	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	D	A	G	S	S	R	F	Y	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	P	P	D	D	Y	L	K	I	L	A	Q	R	V	S	L	K	M	N	R	E	N	E	E	F	L	F	K	I	P	A	L	V	T	I	K	Q	A	I	G	R	A	I	R	D	V	N	D	K	C	N	V	W	L	L
Template Known Secondary structure					S									T	T	T			S	S	S	T	T					T														T	T			S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		474	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.