Job Description P77747 Confidence 97.97% Date Thu Jan 5 12:32:27 GMT 2012 Rank 19 Aligned Residues 301 % Identity 14% Template c2y0lA_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:cis-aconitate porin opdh; PDBTitle: crystal structure of pseudomonas aeruginosa opdo Resolution 2.59 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		33	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	L	Y	G	K	V	D	G	L	H	Y	F	S	D	N	S	A	K	D	G	D	Q	S	Y	A	R	L	G	F	K	G	E	T	Q	I	N	D	Q	L	T	G	Y	G	Q	W	E	Y	N	I	Q	A	N	N	T	E	S	S	K	N	Q	S	W	T	R	L	A	F	A	G	L	K	F	A	D	Y	G	S	F	D	Y
Query Conservation
Alig confidence																																							.	.	.																																				.
Template Conservation																																							.	.	.																																				.
Template Sequence		K	A	S	L	E	T	R	N	F	Y	M	N	R	D	F	R	K	R	E	E	W	A	Q	G	F	I	L	N	L	Q	S	G	Y	T	Q	G	T	.	.	.	V	G	F	G	L	D	A	M	G	M	L	G	V	K	L	D	S	P	D	T	Y	S	K	L	G	L	T	A	K	V	K	V	S	Q	S	.	E	L	K	V
Template Known Secondary structure																																				S	S	S	.	.	.																																	T	T		.
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.																																				.
Template SS confidence
		19	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.				.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90		.	.	.	.
		113	.	.	.			.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.		.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.																																																												.
Query SS confidence						.	.																																																												.
Query Sequence		G	R	N	Y	.	.	G	V	M	Y	D	I	E	G	W	T	D	M	L	P	E	F	G	G	D	S	Y	T	N	A	D	N	F	M	T	G	R	A	N	G	V	A	T	Y	R	N	T	D	F	F	G	L	V	N	G	L	N	F	A	V	Q	Y	Q	G	N	.	N	E	G	A	S	N	G	Q	E	G	T	N	N	G
Query Conservation						.	.																																																												.
Alig confidence						.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	T	L	I	P	K	L	P	S	V	Q	P	N	N	G	R	I	F	P	Q	I	F	E	G	A	L	L	T	S	K	E	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	L	G	F	T	A	G	R	L	E	K	T	K	I	D	S	E	D	L	A	L	N	D	K	N	G
Template Known Secondary structure								B	T	T	B					S	S	S	S													S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T																			B	B			G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		119	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.
		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	D	V	R	H	E	N	G	D	G	W	G	L	S	T	T	Y	D	L	G	M	G	F	S	A	G	A	A	Y	T	S	S	D	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	N	D	Q	V	N	H	T	A	A	G	G	D	K	A	D	A	W	T
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	F	A	G	V	S	A	D	H	F	D	L	G	G	L	D	Y	K	L	T	D	Q	L	T	A	S	Y	H	Y	S	N	L	Q	D	V	Y	R	Q	H	F	V	G	L	L	H	S	W	P	I	G	P	G	E	L	T	S	D	L	R	F	A	R	S	T	D	S	G	S	A	K	A	G	G	I	D	N	K	S	L	N
Template Known Secondary structure		S	S				B		S												S	S	S											T	T	T															S	S	S															T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.														.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290					.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.
Query Sequence		A	G	L	K	Y	D	A	N	N	I	Y	L	A	T	M	Y	S	E	T	R	N	M	T	P	F	G	D	S	D	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V	A	N	K	T	Q	N	F	E	V	T	A	Q	Y	Q	F	D	.	.	.	.	F	G	L	R	P	A	V	S	F	L	M	S	K	G	R
Query Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	M	F	T	Y	S	L	G	N	H	A	F	G	A	A	W	Q	R	M	N	G	D	D	A	F	P	Y	L	E	G	S	N	P	Y	L	V	N	F	V	Q	V	N	D	F	A	G	P	K	E	R	S	W	Q	L	R	Y	D	Y	D	F	V	G	L	G	I	P	G	L	T	F	M	T	R	Y	V	K	G	D	N	V
Template Known Secondary structure									T	T												S	S	S					B	T	T						T	T			S	S					S	T	T												G	G	G	G	T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
		306	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.					.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.
Query Sequence		D	L	H	A	A	G	G	A	D	N	P	A	G	V	D	D	K	D	L	V	K	Y	A	D	I	G	A	T	Y	Y	F	N	.	.	.	.	K	N	M	S	T	Y	V	D	Y	K	I	N	L	L	D	E	D	D	S	F	Y	A	A	N	G	I	S	T	D	D	I	V	A	L	G	L	V	Y	Q	F
Query Conservation																																		.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	L	A	G	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	G	R	E	W	E	R	N	T	E	L	Q	Y	V	F	Q	S	G	A	L	K	N	L	G	I	R	W	R	N	A	T	F	R	S	N	F	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	D	I	D	E	N	R	L	I	V	S	Y	T	L
Template Known Secondary structure				S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		S	S	T	T	T	T													S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		342	.	.	.	.											.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.										.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.

---

Phyre is for academic use only

Please cite: Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server
Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
© Structural Bioinformatics Group, Imperial College, London Lawrence Kelley, Benjamin Jefferys   Disclaimer Terms and Conditions