Job Description P02919 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:35 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 504 % Identity 17% Template c2wadB_ PDB info PDB header:peptide binding protein Chain: B: PDB Molecule:penicillin-binding protein 2b; PDBTitle: penicillin-binding protein 2b (pbp-2b) from streptococcus2 pneumoniae (strain 5204) Resolution 2.18 Å

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		203	.	.	.	.	.	.	210	.	.									.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.														.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	M	I	S	S	P	N	G	E	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	F	V	P	R	S	G	F	P	D	L	L	V	D	T	L	L	A	T	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	H	F	Y	E	H	D	G	I	S	L	Y	S	I	G	R	A	V	L	A	N	L	T	A	G	R	T
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	E	I	Y	D	A	S	G	K	P	L	V	E	N	T	L	K	Q	V	V	S	F	T	R	S	N	K	M	T	A	T	D	L	K	E	I	A	K	K	L	L	T	Y	V	S	I	S	S	P	N	L	T	E	R	Q	L	A	D	Y	Y	L	A	D	P	E	I	Y	K	K	T	V	E	A	L	P	S	E	S	E	L
Template Known Secondary structure							T	T	S		B	S															T	T															T	T																			T	S									S	S	S					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		61	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.							.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	Q	G	A	S	T	L	T	Q	Q	L	V	K	N	L	F	L	S	S	E	R	S	Y	W	R	K	A	N	E	A	Y	M	.	.	.	.	.	.	A	L	I	M	D	A	R	Y	S	K	D	R	I	L	E	L	Y	M	N	E	V	Y	L	G	Q	S	G	D	N	E	I	R	G	F	P	L	A	S	L	Y	Y	F
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.																			.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.
Template Conservation															.																																																	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	N	N	A	V	D	S	V	P	T	S	Q	L	.	N	Y	T	E	D	E	K	K	E	I	Y	L	F	S	Q	L	N	A	V	G	N	F	A	T	G	T	I	A	T	D	P	L	N	D	S	Q	V	A	V	I	A	S	I	S	K	E	M	P	.	.	.	.	.	G	I	S	I	S	T	S	W	D	R	K	I	L
Template Known Secondary structure								T	S	S		S			.				T	T													T	S		T	T								S				T	T									G	G	G	S	T	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure															.																																																	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.		.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.						.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.
		336	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	R	P	V	E	E	L	S	L	D	Q	Q	A	L	L	V	G	M	V	K	G	A	S	I	Y	N	P	W	R	N	P	K	L	A	L	E	R	R	N	L	V	L	R	L	L	Q	Q	Q	Q	I	I	D	Q	E	L	Y	D	M	L	S	A	R	P	L	G	V	Q	P	R	G	G	V	I	S	P	Q	P	A	F	M
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.																											.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.																											.	.
Template Sequence		E	T	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	I	V	G	S	V	S	S	E	K	A	G	L	P	A	E	E	A	E	S	Y	L	K	K	G	Y	S	L	N	D	R	V	G	T	S	Y	L	.	.	E	K	Q	Y	E	E	V	L	Q	G	K	R	P	V	K	E	I	H	L	D	K	H	G	D	M	E	.	.
Template Known Secondary structure		S	S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.							B			T	T	T		S		G	G	G								T			S	S				B		S			.	.				T					S		B										S	S	S				.	.
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.																											.	.
Template SS confidence
		227	.	.	230									.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.			.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.
		416	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.		.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.
Query SS confidence																																																					.
Query Sequence		Q	L	V	R	Q	E	L	Q	A	K	L	G	D	K	V	K	D	L	S	G	V	K	I	F	T	T	F	D	S	V	A	Q	D	A	A	E	K	A	A	V	E	G	I	P	A	L	K	K	Q	R	K	.	L	S	D	L	E	T	A	I	V	V	V	D	R	F	S	G	E	V	R	A	M	V	G	G	S	E	P	Q
Query Conservation																																																					.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	V	E	N	I	E	E	G	S	K	G	K	N	I	K	L	T	I	D	L	A	F	Q	D	S	V	D	A	L	L	K	S	Y	F	N	S	E	L	G	N	G	G	A	K	Y	S	E	G	V	Y	A	V	A	L	N	P	Q	T	G	A	V	L	S	M	S	G	L	K	H	D	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.									B								S																								S	T	T	T	T											T	T	T		B											T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											295	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
		495	.	.						.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.
Query Sequence		F	A	G	.	.	.	.	.	Y	N	R	A	M	Q	A	R	R	S	I	G	S	L	A	K	P	A	T	Y	L	T	A	L	S	Q	P	K	I	Y	R	L	N	T	W	I	A	D	A	P	I	A	L	R	Q	P	N	G	Q	V	W	S	P	Q	N	D	D	R	R	Y	S	E	S	G	R	V	M	L	V	D	A	L
Query Conservation					.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.																													.																		.	.	.	.
Template Conservation																																						.																		.	.	.	.
Template Sequence		K	T	G	E	L	T	P	D	S	L	G	T	V	T	N	V	F	V	P	G	S	V	V	K	A	A	T	I	S	S	G	W	E	N	G	V	.	L	S	G	N	Q	T	L	T	D	Q	P	I	V	F	Q	G	S	.	.	.	.	A	P	I	Y	S	W	Y	K	L	A	Y	G	S	F	P	I	T	A	V	E	A	L
Template Known Secondary structure		T	T							T	T							B			G	G	G	G											T	T	S	.			S	S								B		B	T	T	S	.	.	.	.			B			T	T	T	T	T	T		S
Template Predicted Secondary structure																																						.																		.	.	.	.
Template SS confidence
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.		.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.					.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440
		570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	610	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	R	S	M	N	V	P	T	V	N	L	G	M	A	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	A	V	T	E	T	W	I	K	L	G	V	P	K	D	Q	L	H	P	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	A	M	L	L	G	A	L
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	Y	S	S	N	A	Y	V	V	Q	T	A	L	G	I	M	G	Q	T	Y	Q	P	N	M	F	V	G	T	S	N	L	E	S	A	M	G	K	L	R	S	T	F	G	E	Y	G	L	G	S	A	T	G	I	D	L	P	D	E	S	T	G	L	V	P	K	E	Y	N	F	A	N	F	I	T	N	A	F	G	Q	F
Template Known Secondary structure				T													T	T					T	T	B					T	T														T	T	T	T	T	S					S	S	S						B			S	S										T	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		441	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520
		615		.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.						.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.			.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680					.	.
Predicted Secondary structure			.																																	.	.	.	.	.												.	.																							.	.	.	.
Query SS confidence			.																																	.	.	.	.	.												.	.																							.	.	.	.
Query Sequence		N	.	L	T	P	I	E	V	A	Q	A	F	Q	T	I	A	S	G	G	N	R	A	P	L	S	A	L	R	S	V	I	A	E	D	.	.	.	.	.	G	K	V	L	Y	Q	S	F	P	Q	A	.	.	E	R	A	V	P	A	Q	A	A	Y	L	T	L	W	T	M	Q	Q	V	V	Q	R	.	.	.	.	G	T
Query Conservation			.																																	.	.	.	.	.												.	.																							.	.	.	.
Alig confidence			.																																	.	.	.	.	.												.	.																							.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	N	Y	T	P	M	Q	L	A	Q	Y	V	A	T	I	A	N	N	G	V	R	L	A	P	H	I	V	E	G	I	Y	D	N	N	D	K	G	G	L	G	E	L	I	Q	A	I	D	T	K	E	I	N	K	V	N	I	S	E	S	D	M	A	I	L	H	Q	G	F	Y	Q	V	S	H	G	T	S	P	L	T	T
Template Known Secondary structure		S	B	B														T	T	T						B	S									T	T	S	S																	S	S																				S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		521	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600
		683	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.					.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.	.
Query Sequence		G	R	Q	L	G	A	K	Y	P	N	L	H	L	A	G	K	T	G	T	T	N	N	N	V	D	T	W	F	A	G	I	D	G	.	.	.	.	S	T	V	T	I	T	W	V	G	R	D	N	N	Q	P	T	K	L	Y	G	A	S	G	A	M	S	I	Y	Q	R	Y	L	A	N
Query Conservation																																			.	.	.	.
Alig confidence						.																.	.	.	.	.									.	.	.	.														.	.	.	.	.
Template Conservation						.																.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.
Template Sequence		G	R	A	F	.	S	D	G	A	T	V	S	I	S	G	K	T	G	T	N	.	.	.	.	.	T	N	A	V	A	Y	A	P	T	E	N	P	Q	I	A	V	A	V	V	F	P	H	N	T	N	.	.	.	.	.	L	T	K	N	V	G	P	A	I	A	R	D	I	I	N	L
Template Known Secondary structure			G	G	G	.	T	T	T		S	S										.	.	.	.	.								S	T	T	S										T	T				.	.	.	.	.	S	S
Template Predicted Secondary structure						.																.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.
Template SS confidence
		601	.	.	.		.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.						620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.						.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660