Job Description P02919 Confidence 97.36% Date Thu Jan 5 10:57:35 GMT 2012 Rank 88 Aligned Residues 254 % Identity 21% Template c2qmiH_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: H: PDB Molecule:pbp related beta-lactamase; PDBTitle: structure of the octameric penicillin-binding protein2 homologue from pyrococcus abyssi Resolution 2.20 Å

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		448	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.				.	.
Predicted Secondary structure																																												.																																	.	.	.
Query SS confidence																																												.																																	.	.	.
Query Sequence		D	A	A	E	K	A	A	V	E	G	I	P	A	L	K	K	Q	R	K	L	S	D	L	E	T	A	I	V	V	V	D	R	F	S	G	E	V	R	A	M	V	G	.	G	S	E	P	Q	F	A	G	Y	N	R	A	M	Q	A	R	R	S	I	G	S	L	A	K	P	A	T	Y	L	T	A	L	.	.	.	S	Q
Query Conservation																																												.																																	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.								.	.										.																																	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.								.	.
Template Sequence		G	K	L	E	S	F	I	V	E	K	M	A	E	R	K	V	P	G	.	.	.	.	.	.	I	S	I	S	I	I	K	.	.	D	G	D	V	V	Y	A	K	G	F	G	Y	R	N	V	E	A	R	L	P	S	T	P	E	T	I	Y	G	I	G	S	I	T	K	S	F	T	A	L	A	I	M	K	L	V	E	E
Template Known Secondary structure															T	T				.	.	.	.	.	.								.	.	T	T													T	T	T	T					T	T		B				G	G	G															T
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.								.	.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.							.	.	.	.	.	.	.			.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.
		524	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	K	I	Y	R	L	N	T	W	I	A	D	A	P	I	A	L	R	Q	P	N	G	Q	V	W	S	P	Q	N	D	D	R	R	Y	S	E	S	G	R	V	M	L	V	D	A	L	T	R	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Template Sequence		G	G	L	.	S	L	D	D	P	V	E	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	V	N	I	K	L	R	P	F	G	.	.	.	E	P	V	T	V	H	H	L	L	T	H	S	S	G	I	P	S	L	G	Y	A	E	A	F	I	D	G	M	V	G	G	D	N	W	L	P	V	S	T	P	E	E	T
Template Known Secondary structure		T	S		.		T	T	S	B	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	S	S				G	G	G	.	.	.				B						T	T		S	S														T	T	T		S							S
Template Predicted Secondary structure					.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Template SS confidence
		76	.	.		.	80	.	.	.	.	.	.													.	.	.	90	.	.	.	.	.	.				.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																							573	.	.	.	.	.	.	580	.				.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.						.	.	.	.	600	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.															.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.															.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	N	V	P	T	V	N	L	G	.	.	.	M	A	L	G	L	P	A	V	T	E	T	W	I	K	.	.	.	.	.	L	G	V	P	K	D	Q	L	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.															.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.															.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	A	F	A	R	D	M	E	K	W	A	V	A	K	P	G	E	R	F	F	Y	L	N	T	G	Y	V	L	L	G	K	I	I	E	K	V	S	G	V	S	Y	E	E	Y	I	K	K	K	I	L	E	P	L	G	M	N	R	S	Y	F	F	K	E	E	V	E	K	D	K	D	V	A	M	G	Y	I	L	D	K	E
Template Known Secondary structure					G	G	G	G	G	G	G			S		T	T	T																					S	S										T	T	G	G	G	T		T	T		B							T	T	S	S	S	B								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.
										605	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																																																																					.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																																																					.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	P	A	M	L	L	G	A	L	N	L	T	P	I	E	V	A	Q	A	F	Q	T	I	A	S	G	G	N	R	A	P	L	S	A	L	R	S	V	I	A	E	D	G	K	V	L	Y	Q	S	F	P	Q	A	E	R	A	V	P	A	Q	A	A	Y	L	T	L	W	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																																																																					.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	R	L	V	P	Q	P	F	P	Y	G	I	T	A	D	G	G	L	L	S	S	V	L	D	L	A	K	Y	L	K	M	Y	I	E	R	D	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	V	S	K	E	Y	I	E	K	M	E	T	S	Y	I	K
Template Known Secondary structure		S									T	T			T	T	T																		T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S									T	S
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
					673	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	T	M	Q	Q	V	V	Q	R	G	T	G	R	Q	L	G	A	K	Y	P	N	L	H	L	A	G	K	T	G	T	T	N	N	N	V	D	T	W	F	A	G	I	D	G	S	T	V	T	I	T	W	V	G	R	D	N	N	Q	P	T	K	L	Y	G	A	S	G	A	M	S	I	Y	Q	R	Y	L	A	N
Query Conservation		.	.	.
Alig confidence		.	.	.																																			.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	P	W	E	I	F	G	G	E	G	Y	G	Y	G	L	I	I	Y	P	N	F	L	G	E	K	L	V	G	H	S	G	S	V	G	M	Y	T	.	G	Y	I	G	Y	I	P	E	K	K	I	G	V	A	V	L	E	N	S	S	G	Y	P	P	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Y	I	A	M	Y	A	L	A	L
Template Known Secondary structure			S			S	S	S						S	S	S							T	T											S	S			.							G	G	G	T								S	S	S	S	S			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																							.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310		.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.									.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
		750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	T	P	T	P	L	N	L	V	P	P
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	L	G	K	N	P	E	K	E	L	P
Template Known Secondary structure				T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		345	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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