Job Description P02919 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:35 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 451 % Identity 15% Template c1pmdA_ PDB info PDB header:peptidoglycan synthesis Chain: A: PDB Molecule:peptidoglycan synthesis multifunctional enzyme; PDBTitle: penicillin-binding protein 2x (pbp-2x) Resolution 3.50 Å

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		274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	N	L	F	L	S	S	E	R	S	Y	W	R	K	A	N	E	A	Y	M	A	L	I	M	D	A	R	Y	S	K	D	R	I	L	E	L	Y	M	N	E	V	Y	L	G	Q	S	G	D	N	E	I	R	G	F	P	L	A	S	L	Y	Y	F	G	R	P	V	E	E	L	S	L	D	Q	Q	A	L	L	V	G	M
Query Conservation
Alig confidence																																														.	.	.	.																										.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.																										.	.	.	.
Template Sequence		G	K	I	L	Y	V	E	K	T	Q	F	N	K	V	A	E	V	F	H	K	Y	L	D	M	E	E	S	Y	V	R	E	Q	L	S	Q	P	N	L	K	Q	V	S	F	G	.	.	.	.	A	K	G	N	G	I	T	Y	A	N	M	M	S	I	K	K	E	L	E	A	A	E	V	K	G	.	.	.	.	I	D	F
Template Known Secondary structure		T			S	S			S	T	T	T								T	T	T	T												S	S			S	B						.	.	.	.	S	S	S	S	S	B		T	T	T	T	T	T					S	S	T	T	S				.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.																										.	.	.	.
Template SS confidence
		109	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.					.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.					.	.	180
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.									.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	K	G	A	S	I	Y	N	P	W	R	N	P	K	L	A	L	E	R	R	N	L	V	L	R	L	L	Q	Q	Q	Q	I	I	D	Q	E	L	Y	D	M	L	S	A	R	P	L	G	V	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	P	R	G	G	V	I	S	P	Q	P	A	F	M	Q	L	V	R	Q	E	L	Q	A	K
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	T	S	P	N	R	S	Y	P	N	G	Q	F	A	.	.	.	.	.	.	S	S	F	I	.	.	.	.	.	.	G	L	A	Q	L	H	E	N	E	D	G	S	K	S	L	L	G	T	S	G	M	E	S	S	L	N	S	I	L	A	G	T	D	G	I	I	T	Y	E	K	D	R	L	G	N	I	V	P	G	T
Template Known Secondary structure								B		S	S	S	S	S	S	.	.	.	.	.	.	T	T	T	S	.	.	.	.	.	.					B				S	S	S	S			B			T	T	S	G	G	G	S	T	T	S	S					S	T	T	T	T	T	T	T	T	S	T	T				S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		181	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.							.	.	.	.							.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
		426	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	G	D	K	V	K	D	L	S	G	V	K	I	F	T	T	F	D	S	V	A	Q	D	A	A	E	K	A	A	V	E	G	I	P	A	L	K	K	Q	R	K	L	S	D	L	E	T	A	I	V	V	V	D	R	F	S	G	E	V	R	A	M	V	G	G	S	E	P	Q	F	A	G	Y	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																										.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	Q	V	S	Q	R	T	M	D	G	K	D	V	Y	T	T	I	S	S	P	L	Q	S	F	M	E	T	Q	M	D	A	F	Q	E	K	V	K	G	K	Y	.	.	.	.	.	.	M	T	A	T	L	V	S	A	K	T	G	E	I	L	A	T	T	Q	R	P	T	F	D	A	D	T	K	E	G	I	T	E	D	F
Template Known Secondary structure			T	T													S																				S					.	.	.	.	.	.								S	S	S		B							S	S				T	T	T	T		S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.							.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
					499	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	N	R	A	M	Q	A	R	R	S	I	G	S	L	A	K	P	A	T	Y	L	T	A	L	S	Q	P	K	I	Y	R	L	N	T	W	I	A	D	A	P	I	A	L	R	Q	P	N	G	Q	V	W	S	P	Q	N	D	D	R	R	Y	S	E	S	G	R	V	M	L	V	D	A	L	T	R	S	M	N	V
Query Conservation		.	.	.
Alig confidence		.	.	.																												.																							.									.	.
Template Conservation																																.																							.									.	.
Template Sequence		V	W	R	D	I	L	Y	Q	S	N	Y	E	P	G	S	T	M	K	V	M	M	L	A	A	A	I	D	N	N	T	.	F	P	G	G	E	V	F	N	S	S	E	L	K	I	A	D	A	T	I	R	D	W	.	D	V	N	E	G	L	T	G	.	.	G	R	M	M	T	F	S	Q	G	F	A	H	S	S	N	V
Template Known Secondary structure						T	T	T	S							S	T	T												T		.			S	S						S				T	T	T	S					G	.	G	G	G	T			S	S	.	.						S						T	T
Template Predicted Secondary structure																																.																							.									.	.
Template SS confidence
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.		.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.		.	.	.	.	.	380	.	.			.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
		576	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	T	V	N	L	G	M	A	L	G	L	P	A	V	T	E	T	W	I	K	L	G	V	P	K	D	Q	L	H	P	V	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	M	L	L	G	A	L	N	L	T	P	I	E	V	A	Q	A	F	Q	T	I	A	S	G	G	N	R	A	P	L
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.
Template Conservation																																																									.
Template Sequence		G	M	T	L	L	E	Q	K	M	G	D	A	T	W	L	D	Y	L	N	R	F	K	F	G	V	P	T	R	F	G	L	T	D	E	Y	A	G	Q	L	P	A	D	N	I	V	N	I	A	Q	S	S	F	G	Q	G	.	I	S	V	T	Q	T	Q	M	I	R	A	F	T	A	I	A	N	D	G	V	M	L	E	P
Template Known Secondary structure				T					T	T		T	T									T	T	T	T	S					S	S	S										S									T	T	T	S	S	.																T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																									.
Template SS confidence
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.		.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.
		638	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.		.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680										.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.
Predicted Secondary structure																						.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.
Query Sequence		S	A	L	R	S	V	I	A	E	D	G	K	V	L	Y	Q	S	F	P	Q	.	A	E	R	A	V	P	A	Q	A	A	Y	L	T	L	W	T	M	Q	Q	V	V	Q	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	G	R	Q	L	G	A	K	Y	P	N	L	H	L	A	G	K	T	G	T	T	.	.	.	.	.
Query Conservation																						.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.
Alig confidence																						.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.							.																.	.	.	.	.
Template Conservation																																																													.
Template Sequence		K	F	I	S	A	I	Y	D	P	N	D	Q	T	A	R	K	S	Q	K	E	I	V	G	N	P	V	S	K	D	A	A	S	L	T	R	T	N	M	V	L	V	G	T	D	P	V	Y	G	T	M	Y	N	H	S	T	G	K	P	T	.	V	T	V	P	G	Q	N	V	A	L	K	S	G	T	A	Q	I	A	D	E
Template Known Secondary structure		B								S	S	S	S														S														T	T	S	S		S	S	S		S	S			S	S	S	S	S		S	.	S		B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure																																																													.
Template SS confidence
		478	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.		.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.
										703	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.					.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	N	N	N	V	D	T	W	F	A	G	I	D	G	.	.	.	.	S	T	V	T	I	T	W	V	G	R	D	N	N	Q	P	T	K	L	Y	G	A	S	G	A	M	S	I	Y	Q	R	Y	L	A	N	Q	T	P	T	P	L	N	L	V	P	P	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.														.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.
Template Sequence		K	N	G	G	Y	L	V	G	L	T	D	Y	I	F	S	A	V	S	M	S	P	A	E	N	P	D	F	I	L	Y	V	T	V	Q	Q	P	E	H	.	.	.	.	.	Y	S	G	I	Q	L	G	E	F	A	N	P	I	L	E	R	A	S	A	M	K	D	S	L	N	L	Q	T
Template Known Secondary structure		S	S	S	S	S			S	T	T										S	S	S	S	S		S											S	S	.	.	.	.	.																				T	T	T	T	S	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.
Template SS confidence
		557	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.						.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.