Job Description P0A8N5 Confidence 99.34% Date Thu Jan 5 11:08:20 GMT 2012 Rank 51 Aligned Residues 187 % Identity 25% Template c3cmqA_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:phenylalanyl-trna synthetase, mitochondrial; PDBTitle: crystal structure of human mitochondrial phenylalanine trna2 synthetase Resolution 2.20 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		188	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	K	I	L	A	A	I	R	Q	F	M	V	A	R	G	F	M	E	V	E	T	P	M	M	Q	V	I	P	G	G	A	S	A	R	P	F	I	T	H	H	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	D	L	D	M	Y	L	R	I	A	P	E	L	Y	L	K	R	L	V
Query Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.
Template Sequence		W	L	I	K	E	R	V	K	E	H	F	Y	K	Q	Y	V	G	R	F	G	T	P	L	F	S	V	Y	D	N	L	.	.	S	P	V	V	T	T	W	Q	N	F	D	S	L	L	I	P	A	D	H	P	S	R	K	K	G	D	N	Y	Y	L	N	R	T	H	M	L	R	A	H	T	S	A	H	Q	W	D	L	L
Template Known Secondary structure																				S	S	S										.	.		S								T	G	G	G	T			T	T		G	G	G		G	G	G	S		B	S	S	S	S					S	S	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																.	.
Template SS confidence
		51	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80			.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	290	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	G	G	F	E	R	V	F	E	I	N	R	N	F	R	N	E	G	I	S	V	R	H	N	P	E	F	T	M	M	E	L	Y	M	A	Y	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	Y	H	D	L	I
Query Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	A	G	L	D	A	F	L	V	V	G	D	V	Y	R	R	D	Q	I	D	S	Q	H	Y	P	I	F	H	Q	L	E	A	V	R	L	F	S	K	H	E	L	F	A	G	I	K	D	G	E	S	L	Q	L	F	E	Q	S	S	R	S	A	H	K	Q	E	T	H	T	M	E	A	V	K	L	V	E	F	D	L	K
Template Known Secondary structure			T	T		S															B	T	T	B		S																	T	T	T	S	T	T	G	G	G			S	B							S	S			T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		129	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	L	T	E	S	L	F	R	T	L	A	Q	E	V	L	G	T	T	K	V	T	Y	G	E	H	V	F	D	F	G	K	P	F	E	K	L	T	M	R	E	A	I	K	K	Y	R	P	E	T	D	M	A	D	L	D	N	F	D	A	A	K	A	L	A	E	S	I	G	I	T	V	E	K	S	W	G	L	G	R	I
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	T	L	T	R	L	M	A	H	L	F	G	D	E	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure														T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		209	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	T	E	I	F	D	E	V	A	E	A	H	L	I	Q	P	T	F	I	T	E	Y	P	A	E	V	S	P	L	A	R	R	N	D	V	N	P	E	I	T	D	R	F	E	F	F	I	G	G	R	E	I	G	N	G	F	S	E	L	N	D	A	E	D	Q	A	E	R	F	Q	E	Q	V	N	A	K	A	A	G	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	I	R	W	V	D	C	Y	F	P	F	T	H	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	F	E	M	E	I	N	F	H	G	E	W	L	E	V	L	G	C	G	V	M	E	Q	Q	L	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.												.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
		452	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.			.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.
Query SS confidence																										.	.
Query Sequence		D	E	A	M	F	Y	D	E	D	Y	V	T	A	L	E	Y	G	L	P	P	T	A	G	L	.	.	G	I	G	I	D	R	M	I	M	L	F	T	N	S	H	T	I	R	D
Query Conservation																										.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	S	A	G	A	Q	D	R	I	G	W	A	F	G	L	G	L	E	R	L	A	M	I	L	Y	D	I	P	D	I	R	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T		T	T																		S					G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
															264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

---

Phyre is for academic use only

Please cite: Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server
Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
© Structural Bioinformatics Group, Imperial College, London Lawrence Kelley, Benjamin Jefferys   Disclaimer Terms and Conditions