Job Description P33129 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:51:11 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 770 % Identity 32% Template c3rfzB_ PDB info PDB header:cell adhesion/transport/chaperone Chain: B: PDB Molecule:outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis; PDBTitle: crystal structure of the fimd usher bound to its cognate fimc:fimh2 substrate Resolution 2.80 Å

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		58	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	A	I	P	G	V	Y	D	V	S	V	Y	V	N	D	Q	P	I	I	N	Q	S	I	T	F	V	A	I	E	G	K	K	N	A	Q	A	C	I	T	L	K	N	L	L	Q	F	H	I	N	S	P	D	I	N	N	E	K	A	V	L	L	A	R	D	E	T	L	G	N	C	L	N	L	T	E	I	I	P	Q	A
Query Conservation
Alig confidence																																																									.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	L	P	P	G	T	Y	R	V	D	I	Y	L	N	N	G	Y	M	A	T	R	D	V	T	F	N	T	G	D	S	E	Q	G	I	V	P	C	L	T	R	A	Q	L	A	S	M	G	L	N	T	A	S	V	A	G	.	.	.	.	.	.	M	N	L	L	A	D	D	A	C	V	P	L	T	T	M	V	Q	D	A
Template Known Secondary structure															T	T														S	S	T	T	S													T	T	B		G	G	G	S	T	T	.	.	.	.	.	.	T	T	T	S		S	S									S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		27	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.							.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100
		138	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.		.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.
Query SS confidence																																																								.
Query Sequence		S	V	R	Y	D	V	N	D	Q	R	L	D	I	D	V	P	Q	A	W	V	M	K	N	Y	Q	N	Y	V	D	P	S	L	W	E	N	G	I	N	A	A	M	L	S	Y	N	L	N	G	Y	H	S	E	T	P	.	G	R	K	N	E	S	I	Y	A	A	F	N	G	G	M	N	L	G	A	W	R	L	R	A	S
Query Conservation																																																								.
Alig confidence																																																								.
Template Conservation
Template Sequence		T	A	H	L	D	V	G	Q	Q	R	L	N	L	T	I	P	Q	A	F	M	S	N	R	A	R	G	Y	I	P	P	E	L	W	D	P	G	I	N	A	G	L	L	N	Y	N	F	S	G	N	S	V	Q	N	R	I	G	G	N	S	H	Y	A	Y	L	N	L	Q	S	G	L	N	I	G	A	W	R	L	R	D	N
Template Known Secondary structure							T	T	T	T								G	G	G	B	S			S	T	T				G	G	G		B																				T	T	T																	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		101	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	N	Y	N	W	M	T	D	S	G	S	N	Y	D	F	K	N	R	Y	V	Q	R	D	I	A	S	L	R	S	Q	L	I	L	G	E	S	Y	T	T	G	E	T	F	D	S	V	S	I	R	G	I	R	L	Y	S	D	S	R	M	L	P	P	T	L	A	S	F	A	P	I	I	H	G	V	A	N	T	N	A	K
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.
Template Conservation										.	.	.
Template Sequence		T	T	W	S	Y	N	S	N	.	.	.	K	W	Q	H	I	N	T	W	L	E	R	D	I	I	P	L	R	S	R	L	T	L	G	D	G	Y	T	Q	G	D	I	F	D	G	I	N	F	R	G	A	Q	L	A	S	D	D	N	M	L	P	D	S	Q	R	G	F	A	P	V	I	H	G	I	A	R	G	T	A	Q
Template Known Secondary structure										.	.	.														T	T	T	T												S	S	S	S														G	G	G	S		G	G	G	S	S										S	S	S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.
Template SS confidence
		181	.	.	.	.	.	.	.				.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.		.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																													.
Query SS confidence																																																																													.
Query Sequence		V	T	I	T	Q	G	G	Y	K	I	Y	E	T	T	V	P	P	G	A	F	V	I	D	D	L	S	P	S	G	Y	G	S	D	L	I	V	T	I	E	E	S	D	G	S	K	R	T	F	S	Q	P	F	S	S	V	V	Q	M	L	R	P	G	V	G	R	W	D	I	S	G	G	Q	V	L	K	.	D	D	I	Q
Query Conservation																																																																													.
Alig confidence																																																																													.
Template Conservation
Template Sequence		V	T	I	K	Q	N	G	Y	D	I	Y	N	S	T	V	P	P	G	P	F	T	I	N	D	I	Y	A	A	G	N	S	G	D	L	Q	V	T	I	K	E	A	D	G	S	T	Q	I	F	T	V	P	Y	S	S	V	P	L	L	Q	R	E	G	H	T	R	Y	S	I	T	A	G	E	Y	R	S	G	N	A	Q	Q
Template Known Secondary structure							T	T										S												T	T	S										S	S	S													T	T				T	T														S		T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.		.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.
Query SS confidence																																													.
Query Sequence		D	E	P	N	L	F	Q	A	S	Y	Y	Y	G	L	N	N	Y	L	T	G	Y	T	G	I	Q	I	T	D	N	N	Y	T	A	G	L	L	G	L	G	L	N	T	S	.	V	G	A	F	S	F	D	V	T	H	S	N	V	R	I	P	D	D	K	T	Y	Q	G	Q	S	Y	R	V	S	W	N	K	L	F	E	E
Query Conservation																																													.
Alig confidence																													.																.
Template Conservation																													.
Template Sequence		E	K	P	R	F	F	Q	S	T	L	L	H	G	L	P	A	G	W	T	I	Y	G	G	T	Q	L	A	.	D	R	Y	R	A	F	N	F	G	I	G	K	N	M	G	A	L	G	A	L	S	V	D	M	T	Q	A	N	S	T	L	P	D	D	S	Q	H	D	G	Q	S	V	R	F	L	Y	N	K	S	L	N	E
Template Known Secondary structure																G	G	G											.	T	T														T	T															T	T	S																		T
Template Predicted Secondary structure																													.
Template SS confidence
		346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.		.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.
		455	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	S	T	S	L	N	I	A	A	Y	R	Y	S	T	Q	N	Y	L	G	L	N	D	A	L	T	L	I	D	E	V	K	H	P	E	Q	D	L	E	P	K	S	M	R	N	Y	S	R	M	K	N	Q	V	T	V	S	I	N	Q	P	L	K	F	E	K	K	D	Y	G	S	F	Y	L	S	G	S	W	S	D	Y	W
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Template Sequence		S	G	T	N	I	Q	L	V	G	Y	R	Y	S	T	S	G	Y	F	N	F	A	D	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	S	R	M	N	Y	N	L	A	Y	N	K	R	G	K	L	Q	L	T	V	T	Q	Q	L	.	.	.	.	G	R	T	S	T	L	Y	L	S	G	S	H	Q	T	Y	W
Template Known Secondary structure		T	S													T	T									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B	S	S					T	T	S															.	.	.	.	S	S	S													S
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Template SS confidence
		425	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.													.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.					.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.
		535	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.		.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.		.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.
Predicted Secondary structure																																				.																									.
Query SS confidence																																				.																									.
Query Sequence		A	S	G	Q	N	R	S	N	Y	S	I	G	Y	S	N	S	T	S	W	G	S	Y	S	V	S	A	Q	R	S	W	N	E	D	G	.	D	T	D	D	S	V	Y	L	S	F	T	I	P	I	E	K	L	L	G	T	E	Q	R	T	.	S	G	F	Q	S	I	D	T	Q	I	S	S	D	F	K	G	N	N	Q	L
Query Conservation																																				.																									.
Alig confidence																																				.																									.
Template Conservation
Template Sequence		G	T	S	N	V	D	E	Q	F	Q	A	G	L	N	T	A	F	E	D	I	N	W	T	L	S	Y	S	L	T	K	N	A	W	Q	K	G	R	D	Q	M	L	A	L	N	V	N	I	P	F	S	H	W	L	R	S	D	S	K	S	Q	W	R	H	A	S	A	S	Y	S	M	S	H	D	L	N	G	R	M	T	N
Template Known Secondary structure		S																	T	T													S	S	S		S													S	G	G	G	S		T	T			S	G	G	G	G											S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		509	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.
		613	.	.	.	.	.		.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.
Predicted Secondary structure								.
Query SS confidence								.
Query Sequence		N	V	S	S	S	G	.	Y	S	D	N	A	R	V	S	Y	S	V	N	T	G	Y	T	M	N	K	A	S	K	D	L	S	Y	V	G	G	Y	A	S	Y	E	S	P	W	G	T	L	A	G	S	I	S	A	N	S	D	N	S	R	Q	V	S	L	S	T	D	G	G	F	V	L	H	S	G	G	L	T	F	S	N
Query Conservation								.
Alig confidence								.																																															.
Template Conservation																																																							.
Template Sequence		L	A	G	V	Y	G	T	L	L	E	D	N	N	L	S	Y	S	V	Q	T	G	Y	A	G	G	G	D	G	N	S	G	S	T	G	Y	A	T	L	N	Y	R	G	G	Y	G	N	A	N	I	G	Y	S	H	.	S	D	D	I	K	Q	L	Y	Y	G	V	S	G	G	V	L	A	H	A	N	G	V	T	L	G	Q
Template Known Secondary structure										S	T	T														S	T	T	T															S	S										.		S	S																T	T						S
Template Predicted Secondary structure																																																							.
Template SS confidence
		589	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.		.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.
		692	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.		.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770
Predicted Secondary structure																								.
Query SS confidence																								.
Query Sequence		D	S	F	S	D	S	D	T	L	A	V	V	Q	A	P	G	A	Q	G	A	R	I	.	N	Y	G	N	S	T	I	D	R	W	G	Y	G	V	T	S	A	L	S	P	Y	H	E	N	R	I	A	L	D	I	N	D	L	E	N	D	V	E	L	K	S	T	S	A	V	A	V	P	R	Q	G	S	V	V	F	A	D
Query Conservation																								.
Alig confidence				.	.	.																		.
Template Conservation				.	.	.
Template Sequence		P	L	.	.	.	N	D	T	V	V	L	V	K	A	P	G	A	K	D	A	K	V	E	N	Q	T	G	V	R	T	D	W	R	G	Y	A	V	L	P	Y	A	T	E	Y	R	E	N	R	V	A	L	D	T	N	T	L	A	D	N	V	D	L	D	N	A	V	A	N	V	V	P	T	R	G	A	I	V	R	A	E
Template Known Secondary structure				.	.	.		S	S							T	T			S		B	B	T	T	S	T	T		B			T	T	S					S				T	T	S						B		G	G	G	S		T	T				S		S						B		T	T
Template Predicted Secondary structure				.	.	.
Template SS confidence
		668	.				670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.
		771	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	E	T	V	Q	G	Q	S	A	I	M	N	I	T	R	S	D	G	K	N	I	P	F	A	A	D	I	Y	D	E	Q	G	N	V	I	G	N	V	G	Q	G	G	Q	A	F	V	R	G	I	E	Q	Q	G	N	I	S	I	K	W	L	E	Q	S	K	P	V	S	C	L	A	H	Y	Q	Q	S	P	E	A	E	K
Query Conservation
Alig confidence																	.																																															.	.	.	.
Template Conservation																	.																																															.	.	.	.
Template Sequence		F	K	A	R	V	G	I	K	L	L	M	T	L	T	H	.	N	N	K	P	L	P	F	G	A	M	V	T	S	E	S	S	Q	S	S	G	I	V	A	D	N	G	Q	V	Y	L	S	G	M	P	L	A	G	K	V	Q	V	K	W	G	E	A	.	.	.	.	H	C	V	A	N	Y	Q	L	P	P	E	S	Q	Q
Template Known Secondary structure							S										.	T	T					T	T						S	S	S	S							G	G	G									S								S				.	.	.	.										G	G	G	S	S
Template Predicted Secondary structure																	.																																															.	.	.	.
Template SS confidence
		745	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.		760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.					.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		851	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	A	Q	S	I	I	L	N	G	I	R	C	Q	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.
Template Conservation		.	.
Template Sequence		.	.	Q	L	L	T	Q	L	S	A	E	C	R	S
Template Known Secondary structure		.	.		S
Template Predicted Secondary structure		.	.
Template SS confidence
				823	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.