Job Description P33129 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:51:11 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 463 % Identity 33% Template c3ohnA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:outer membrane usher protein fimd; PDBTitle: crystal structure of the fimd translocation domain Resolution 3.01 Å

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		176	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.		.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.
Query SS confidence																		.
Query Sequence		A	A	M	L	S	Y	N	L	N	G	Y	H	S	E	T	P	.	G	R	K	N	E	S	I	Y	A	A	F	N	G	G	M	N	L	G	A	W	R	L	R	A	S	G	N	Y	N	W	M	T	D	S	G	S	N	Y	D	F	K	N	R	Y	V	Q	R	D	I	A	S	L	R	S	Q	L	I	L	G	E	S	Y	T
Query Conservation																		.
Alig confidence																		.																														.	.
Template Conservation																																																.	.
Template Sequence		A	G	L	L	N	Y	N	F	S	G	N	S	V	Q	N	R	I	G	G	N	S	H	Y	A	Y	L	N	L	Q	S	G	L	N	I	G	A	W	R	L	R	D	N	T	T	W	S	.	.	Y	N	S	S	N	K	W	Q	H	I	N	T	W	L	E	R	D	I	I	P	L	R	S	R	L	T	L	G	D	G	Y	T
Template Known Secondary structure																	S	T	T																S	S	S											.	.																			T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																.	.
Template SS confidence
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.			.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
		255	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	G	E	T	F	D	S	V	S	I	R	G	I	R	L	Y	S	D	S	R	M	L	P	P	T	L	A	S	F	A	P	I	I	H	G	V	A	N	T	N	A	K	V	T	I	T	Q	G	G	Y	K	I	Y	E	T	T	V	P	P	G	A	F	V	I	D	D	L	S	P	S	G	Y	G	S	D	L	I	V	T	I
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	G	D	I	F	D	G	I	N	F	R	G	A	Q	L	A	S	D	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	I	H	G	I	A	R	G	T	A	Q	V	T	I	K	Q	N	G	Y	D	I	Y	N	S	T	V	P	P	G	P	F	T	I	N	D	I	Y	A	A	G	N	S	G	D	L	Q	V	T	I
Template Known Secondary structure			T	T	S	S																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	S								T	T										S											T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.											.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
		335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.		.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.
Query SS confidence																																							.
Query Sequence		E	E	S	D	G	S	K	R	T	F	S	Q	P	F	S	S	V	V	Q	M	L	R	P	G	V	G	R	W	D	I	S	G	G	Q	V	L	K	.	D	D	I	Q	D	E	P	N	L	F	Q	A	S	Y	Y	Y	G	L	N	N	Y	L	T	G	Y	T	G	I	Q	I	T	D	N	N	Y	T	A	G	L	L	G	L
Query Conservation																																							.
Alig confidence																																							.																																		.
Template Conservation																																																																									.
Template Sequence		K	E	A	D	G	S	T	Q	I	F	T	V	P	Y	S	S	V	P	L	L	Q	R	E	G	H	T	R	Y	S	I	T	A	G	E	Y	R	S	G	N	A	Q	Q	E	K	P	R	F	F	Q	S	T	L	L	H	G	L	P	A	G	W	T	I	Y	G	G	T	Q	L	A	D	R	.	Y	R	A	F	N	F	G	I
Template Known Secondary structure				S	S	S																		T	T															S	T	T																G	G	G											S	S	.
Template Predicted Secondary structure																																																																									.
Template SS confidence
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.		.	.	.	.	.	380	.	.
		414	.	.	.	.		.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
Predicted Secondary structure							.
Query SS confidence							.
Query Sequence		G	L	N	T	S	.	V	G	A	F	S	F	D	V	T	H	S	N	V	R	I	P	D	D	K	T	Y	Q	G	Q	S	Y	R	V	S	W	N	K	L	F	E	E	T	S	T	S	L	N	I	A	A	Y	R	Y	S	T	Q	N	Y	L	G	L	N	D	A	L	T	L	I	D	E	V	K	H	P	E	Q	D	L	E
Query Conservation							.
Alig confidence							.																																			.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	K	N	M	G	A	L	G	A	L	S	V	D	M	T	Q	A	N	S	T	L	P	D	D	S	Q	H	D	G	Q	S	V	R	F	L	Y	N	K	S	L	.	.	.	G	T	N	I	Q	L	V	G	Y	R	Y	S	T	S	G	Y	F	N	F	A	D	T	T	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	S	R	M	N	G
Template Known Secondary structure							T	T															T	T																		.	.	.														T	T								S	S	.	.	.	.	.	.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.				.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.									.	.	.	450	.
		493	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570		.
Predicted Secondary structure																																																																																.
Query SS confidence																																																																																.
Query Sequence		P	K	S	M	R	N	Y	S	R	M	K	N	Q	V	T	V	S	I	N	Q	P	L	K	F	E	K	K	D	Y	G	S	F	Y	L	S	G	S	W	S	D	Y	W	A	S	G	Q	N	R	S	N	Y	S	I	G	Y	S	N	S	T	S	W	G	S	Y	S	V	S	A	Q	R	S	W	N	E	D	G	D	T	.	D
Query Conservation																																																																																.
Alig confidence																								.	.	.	.																																																					.
Template Conservation																								.	.	.	.
Template Sequence		T	D	Y	Y	N	L	A	Y	N	K	R	G	K	L	Q	L	T	V	T	Q	Q	L	.	.	.	.	G	R	T	S	T	L	Y	L	S	G	S	H	Q	T	Y	W	G	T	S	N	V	D	E	Q	F	Q	A	G	L	N	T	A	F	E	D	I	N	W	T	L	S	Y	S	L	T	K	N	A	W	Q	K	G	R	D
Template Known Secondary structure							T	T	S															.	.	.	.	T	T	T													S	S	S																S	S													T	T	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.
Template SS confidence
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.					.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.
		572	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.		.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650
Predicted Secondary structure																																																	.
Query SS confidence																																																	.
Query Sequence		D	S	V	Y	L	S	F	T	I	P	I	E	K	L	L	G	T	E	Q	R	T	S	G	F	Q	S	I	D	T	Q	I	S	S	D	F	K	G	N	N	Q	L	N	V	S	S	S	G	.	Y	S	D	N	A	R	V	S	Y	S	V	N	T	G	Y	T	M	N	K	A	S	K	D	L	S	Y	V	G	G	Y	A	S
Query Conservation																																																	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	M	L	A	L	N	V	N	I	P	F	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	A	S	Y	S	M	S	H	D	L	N	G	R	M	T	N	L	A	G	V	Y	G	T	L	L	E	D	N	N	L	S	Y	S	V	Q	T	G	Y	A	G	G	G	D	G	N	S	G	S	T	G	Y	A	T	L	N
Template Known Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T													T	T	T	T												T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		547	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.														.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.
		651	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	E	S	P	W	G	T	L	A	G	S	I	S	A	N	S	D	N	S	R	Q	V	S	L	S	T	D	G	G	F
Query Conservation
Alig confidence																.
Template Conservation																.
Template Sequence		Y	R	G	G	Y	G	N	A	N	I	G	Y	S	H	.	S	D	D	I	K	Q	L	Y	Y	G	V	S	G	G	V
Template Known Secondary structure				S	S	S										.		S	S
Template Predicted Secondary structure																.
Template SS confidence
		628	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.		.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.