Job Description P33129 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:51:11 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 465 % Identity 31% Template c2vqiA_ PDB info PDB header:transport Chain: A: PDB Molecule:outer membrane usher protein papc; PDBTitle: structure of the p pilus usher (papc) translocation pore Resolution 3.2 Å

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		177	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.		.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.								.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.																																			.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.																																			.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	M	L	S	Y	N	L	N	G	Y	H	S	E	T	P	.	G	R	K	N	E	S	I	Y	A	A	F	N	G	G	M	N	L	G	A	W	R	L	R	A	S	G	N	Y	N	W	M	T	D	S	.	.	.	.	.	.	.	G	S	N	Y	D	F	K	N	R	Y	V	Q	R	D	I	A	S	L	R	S	Q	L	I
Query Conservation																	.																																			.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.																		.																	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.
Template Sequence		L	X	L	D	Y	N	L	N	G	T	V	S	R	N	Y	Q	G	G	D	S	H	Q	F	S	Y	N	G	T	V	G	G	N	L	.	P	W	R	L	R	A	D	Y	Q	G	S	Q	E	Q	S	R	Y	N	G	E	K	T	T	N	R	N	F	T	W	S	R	F	Y	L	F	R	A	I	P	R	W	R	A	N	L	T
Template Known Secondary structure																S	S	S															B		.																		S	S																				T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																			.
Template SS confidence
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.		.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	E	S	Y	T	T	G	E	T	F	D	S	V	S	I	R	G	I	R	L	Y	S	D	S	R	M	L	P	P	T	L	A	S	F	A	P	I	I	H	G	V	A	N	T	N	A	K	V	T	I	T	Q	G	G	Y	K	I	Y	E	T	T	V	P	P	G	A	F	V	I	D	D	L	S	P	S	G	Y	G	S
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.																																																	.
Template Conservation																									.	.	.																																																	.
Template Sequence		L	G	E	N	N	I	N	S	D	I	F	R	S	W	S	Y	T	G	A	S	L	E	S	.	.	.	X	L	P	P	R	L	R	G	Y	A	P	Q	I	T	G	I	A	E	T	N	A	R	V	V	V	S	Q	Q	G	R	V	L	Y	D	S	X	V	P	A	G	P	F	S	I	Q	D	L	D	.	S	S	V	R	G
Template Known Secondary structure										S	S	S													.	.	.				G	G	G	S											S	S	S								T	T										S										.	T	T			S
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.																																																	.
Template SS confidence
		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.				.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.		.	.	.	300	.
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	L	I	V	T	I	E	E	S	D	G	S	K	R	T	F	S	Q	P	F	S	S	V	V	Q	M	L	R	P	G	V	G	R	W	D	I	S	G	G	Q	V	L	K	D	D	I	Q	D	E	P	N	L	F	Q	A	S	Y	Y	Y	G	L	N	N	Y	L	T	G	Y	T	G	I	Q	I	T	D	N	N	Y	T	A
Query Conservation
Alig confidence																																												.	.	.																														.
Template Conservation																																												.	.	.																														.
Template Sequence		R	L	D	V	E	V	I	E	Q	N	G	R	K	K	T	F	Q	V	D	T	A	S	V	P	Y	L	T	R	P	G	Q	V	R	Y	K	L	V	S	G	R	S	R	.	.	.	G	Y	E	G	P	V	F	A	T	G	E	A	S	W	G	L	S	N	Q	W	S	L	Y	G	G	A	V	L	A	.	G	D	Y	N	A
Template Known Secondary structure										T	T	S																		T	T													.	.	.																	S	S	S											.	S	S
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.																														.
Template SS confidence
		305	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.				.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.		.	.	.	.	380
		409	410	.	.	.	.	.	.	.	.		.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.
Query SS confidence												.
Query Sequence		G	L	L	G	L	G	L	N	T	S	.	V	G	A	F	S	F	D	V	T	H	S	N	V	R	I	P	D	D	K	T	Y	Q	G	Q	S	Y	R	V	S	W	N	K	L	F	E	E	T	S	T	S	L	N	I	A	A	Y	R	Y	S	T	Q	N	Y	L	G	L	N	D	A	L	T	L	I	D	E	V	K	H	P
Query Conservation												.
Alig confidence												.																																			.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.
Template Sequence		L	A	A	G	A	G	W	D	L	G	V	P	G	T	L	S	A	D	I	T	Q	S	V	A	R	I	E	G	E	R	T	F	Q	G	K	S	W	R	L	S	Y	S	K	R	F	.	.	.	.	D	D	I	T	F	A	G	Y	R	F	S	E	R	N	Y	X	T	X	E	Q	Y	L	N	A	R	Y	R	N	D	Y	S
Template Known Secondary structure											S	S	S															T	T	T																	.	.	.	.													T	T													S
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.
Template SS confidence
		385	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.					430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
		488	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.				.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.
Query Sequence		E	Q	D	L	E	P	K	S	M	R	N	Y	S	R	M	K	N	Q	V	T	V	S	I	N	Q	P	L	K	F	E	K	K	D	Y	G	S	F	Y	L	S	G	S	W	S	D	Y	W	A	S	G	Q	N	R	S	.	.	.	N	Y	S	I	G	Y	S	N	S	T	S	W	G	S	Y	S	V	S	A	Q	R	S	W
Query Conservation																																																								.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.																								.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.
Template Sequence		S	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	K	E	X	Y	T	V	T	L	N	K	N	V	A	.	.	.	D	W	N	T	S	F	N	L	Q	Y	S	R	Q	T	Y	W	D	I	R	K	T	D	Y	Y	T	V	S	V	N	R	Y	F	N	V	F	L	Q	G	V	A	V	G	L	S	A	S	R	S	K
Template Known Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														T	.	.	.	T	T	T													S	S	S																S	S	S
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.
Template SS confidence
		465	.													.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480				.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		565	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	E	D	G	D	T	D	D	S	V	Y	L	S	F	T	I	P	I	E	K	L	L	G	T	E	Q	R	T	S	G	F	Q	S	I	D	T	Q	I	S	S	D	F	K	G	N	N	Q	L	N	V	S	S	S	G	Y	S	D	N	A	R	V	S	Y	S	V	N	T	G	Y	T	M	N	K	A	S	K	D	L	S	Y
Query Conservation
Alig confidence					.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.
Template Conservation					.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.
Template Sequence		Y	L	G	.	R	D	N	D	S	A	Y	L	R	I	S	V	P	L	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	A	S	Y	S	G	S	X	S	N	D	R	Y	V	N	X	A	G	Y	T	D	T	F	N	D	G	L	D	S	Y	S	L	N	A	G	L	N	S	G	L	T	S	Q	.	.	R	Q
Template Known Secondary structure			T	T	.															T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T													G	G	G	T																	.	.
Template Predicted Secondary structure					.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.
Template SS confidence
		531	.	.		.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.													550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.			.	.
		645	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	G	G	Y	A	S	Y	E	S	P	W	G	T	L	A	G	S	I	S	A	N	S	D	N	S	R	Q	V	S	L	S	T	D	G	G	F	V	L	H	S
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	N	A	Y	Y	S	H	R	S	P	L	A	N	L	S	A	N	I	A	S	L	Q	K	G	Y	T	S	F	G	V	S	A	S	G	G	A	T	I	T	G
Template Known Secondary structure											T	T											T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		598	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.