Job Description P76641 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:25:13 GMT 2012 Rank 50 Aligned Residues 357 % Identity 17% Template c1rjqA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:d-aminoacylase; PDBTitle: the crystal structure of the d-aminoacylase mutant d366a Resolution 1.80 Å

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		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	A	V	R	G	S	F	I	D	V	T	R	T	I	D	N	P	E	E	I	A	S	A	L	R	F	I	E	D	G	L	L	L	I	K	Q	G	K	V	E	W	F	G	E	W	E	N	G	K	H	Q	I	P	D	T	I	R	V	R	D	Y	R	G	K	L	I	V	P	G	F	V	D	T	H	I	H	Y	P	Q	S
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	I	L	S	G	G	T	V	I	D	G	T	N	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	L	A	D	V	G	V	R	G	D	R	I	A	A	V	G	D	L	S	A	.	.	.	.	.	S	S	A	R	R	R	I	D	V	A	G	K	V	V	S	P	G	F	I	D	S	H	T	H	D	D	N	Y
Template Known Secondary structure						S	S					S	S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T	T									T	T	.	.	.	.	.	S		B	S						T	T										S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.												.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.						.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.																									.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	M	V	G	A	Y	G	E	Q	L	L	E	W	L	N	K	H	T	F	P	T	E	R	R	Y	E	D	L	E	Y	A	R	E	M	S	A	F	F	I	K	Q	L	L	R	N	G	T	T	T	A	L	V	F	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	V
Query Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	L	K	H	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	T	P	K	I	S	Q	G	V	T	T	V	V	T	G	N	C	G	I	S	L	A	P	L	A	H	A	N	P	P	A	P	L	D	L	L	D	E	G	G	S	F
Template Known Secondary structure						T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T	T							S		T	T			S		S				S	S			T	T	G	G	G	G		S	S	S
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		74	.	.	.	.	.																																	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.
		145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.						.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.			.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.																																								.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.																																								.	.
Query Sequence		H	P	Q	S	V	D	A	L	F	E	A	A	S	H	I	N	M	R	M	I	A	G	K	V	M	M	D	R	N	.	.	.	.	.	A	P	D	Y	L	L	D	T	A	E	S	S	Y	H	Q	S	K	E	L	I	E	R	W	H	K	N	G	R	L	L	Y	A	I	T	P	R	F	A	P	.	.	T	S	S	P	E
Query Conservation																															.	.	.	.	.																																								.	.
Alig confidence																															.	.	.	.	.																																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	F	A	R	F	S	D	Y	L	E	A	L	R	A	A	P	P	A	V	N	A	A	C	M	V	G	H	S	T	L	R	A	A	V	M	P	D	L	R	R	E	A	T	A	D	E	I	Q	A	M	Q	A	L	A	D	D	A	L	A	S	G	A	I	G	I	S	T	G	A	F	Y	P	P	A	A	H	A	S	T	E
Template Known Secondary structure				S	S											S			S	S																	S			S	S																					T								T	T	S	G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		122	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
		218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.										.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	M	A	M	A	Q	R	L	K	E	E	Y	P	D	T	W	V	H	T	H	L	C	E	N	K	D	E	I	A	W	V	K	S	L	Y	P	D	H	D	G	Y	L	D	V	Y	H	Q	Y	G	L	T	G	K	N	C	V	F	A	H	C	V	H	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	K	E	W	D	R	L
Query Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	I	I	E	V	C	R	P	L	I	T	H	G	G	V	Y	A	T	H	M	R	D	E	G	E	H	I	V	Q	A	L	E	E	T	F	R	I	G	R	E	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	V	P	V	V	I	S	H	H	K	V	M	G	K	L	N	F	G	R	S	K	E	T	L	A	L	I	E	A
Template Known Secondary structure								T						T								S		S	S	T	T																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S						S					S	G	G	G	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.											.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
		289	290	.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	E	T	K	S	S	I	A	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	P	T	S	N	L	Y	L	G	S	G	L	F	N
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	M	A	S	Q	D	V	S	L	D	A	Y	P	Y	V	A	G	S	T	M	L	K	Q	D	R	V	L	L	A	G	R	T	L	I	T	W	C	K	P	Y	P	E	L	S	G	R	D	L	E	E	I	A	A	E	R	G	K	S	K	Y	D	V	V	P	E	L	Q	P	A	G	A	I	Y	F	M	M	D	E	P	D
Template Known Secondary structure				T	T	S								S		S										T	T	T	T	S	S								S	S		G	G	G	T	T		B								T	T	S											S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
		312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350				.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.
Query Sequence		L	K	K	A	W	Q	K	K	V	K	V	G	M	G	T	D	I	G	A	G	T	T	F	N	M	L	Q	T	L	N	E	A	Y	K	V	L	Q	L	Q	.	.	.	G	Y	R	L	S	A	Y	E	A	F	Y	L	A	T	L	G	G	A	K	S	L	G	L	D	D	L	I	G	N	F	L	P	G	K	E	A	D	F
Query Conservation																																									.	.	.
Alig confidence										.																															.	.	.																										.
Template Conservation										.																																																											.
Template Sequence		V	Q	R	I	L	A	F	G	.	P	T	M	I	G	S	A	G	L	P	H	D	E	R	P	H	P	R	L	W	G	T	F	P	R	V	L	G	H	Y	S	R	D	L	G	L	F	P	L	E	T	A	V	W	K	M	T	G	L	T	A	A	K	F	G	L	A	E	.	R	G	Q	V	Q	P	G	Y	Y	A	D	L
Template Known Secondary structure								S	T	.	T									T	T		S	S			T																	T		S	S								T	T	T							T	T		T	T	.		S	S			T	T	S	B
Template Predicted Secondary structure										.																																																											.
Template SS confidence
		352	.	.	.	.	.	.	.		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.		.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	V	M	E	P	T	A	T	P	L	Q	Q	L	R	Y	D	N	S	V	S	L	V	D	K	L	F	V	M	M	T	L	G	D	D	R	S	I	Y	R	T	Y	V	D	G	R	L	V	Y	E	R
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	V	F	D	P	A	T	V	A	D	S	A	T	F	E	H	P	T	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	A	A	G	I	H	S	V	Y	V	N	G	A	A	V	W	E	D
Template Known Secondary structure						T	T	T		B					S	S	S	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			B	S							T	T						T
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.														.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.