Job Description P38036 Confidence 99.67% Date Thu Jan 5 11:57:49 GMT 2012 Rank 100 Aligned Residues 319 % Identity 21% Template c2vdaA_ PDB info PDB header:protein transport Chain: A: PDB Molecule:translocase subunit seca; PDBTitle: solution structure of the seca-signal peptide complex Resolution UNK

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		285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	L	D	N	G	Y	Q	P	R	Q	L	Q	V	L	V	D	A	L	P	V	A	P	G	L	T	V	I	E	A	P	T	G	S	G	K	T	E	T	A	L	A	Y	A	W	K	L	I	D	Q	Q	I	A	D	S	V	I	F	A	L	P	T	Q	A	T	A	N	A	M	L	T	R	M	E	A	S	A	S	H	L
Query Conservation
Alig confidence																										.	.																										.	.
Template Conservation																										.	.																										.	.
Template Sequence		S	K	R	V	F	G	M	R	H	F	D	V	Q	L	L	G	G	M	V	L	N	E	R	C	.	.	I	A	E	M	R	T	G	E	G	K	T	L	T	A	T	L	P	A	Y	L	N	A	L	T	G	.	.	K	G	V	H	V	V	T	V	N	D	Y	L	A	Q	R	D	A	E	N	N	R	P	L	F	E	F	L
Template Known Secondary structure						T															T	T	S	S		.	.						T	T	S		S													T	T	S	.	.	S							S	S											S
Template Predicted Secondary structure																										.	.																										.	.
Template SS confidence
		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.			.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.			.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150
		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440			.	.
Predicted Secondary structure																																																																														.	.
Query SS confidence																																																																														.	.
Query Sequence		F	S	S	P	N	L	I	L	A	H	G	N	S	R	F	N	H	L	F	Q	S	I	K	S	R	A	I	T	E	Q	G	Q	E	E	A	W	V	Q	C	C	Q	W	L	S	Q	S	N	K	K	V	F	L	G	Q	I	G	V	C	T	I	D	Q	V	L	I	S	V	L	P	V	K	H	R	F	I	R	.	.	G	L
Query Conservation																																																																														.	.
Alig confidence			.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.
Template Conservation			.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	.	.	L	T	V	G	I	N	L	P	G	M	P	A	P	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	R	E	A	Y	A	A	D	I	T	Y	G	T	N	N	E	Y	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	A	F	S	P	E	E	R	V
Template Known Secondary structure		T	.	.								T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	S	S																		T		S	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure			.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		151			.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	I	G	R	S	V	L	I	V	D	E	V	H	A	Y	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	R	K	L	H	Y	A	L	V	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	A	E	D	S	S	E	M	Y	K	R	V	N	K	I	I	P	H	L	I	R	Q	E	K	E	D	S	E	T	F	Q	G	E	G	H	F	S	V	D	E	K	S	R	Q	V	N	L	T	E	R	G	L
Template Known Secondary structure						S					S						T	T	G	G	G	G		B			B						S			G	G	G					T	T	G	G	G	S	B	T	T	B	S	S			S	S		T	T			S		S	S					T	T							S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																										459	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	Y	M	N	G	L	L	E	A	V	L	K	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	L	I	E	E	L	L	V	K	E	G	I	M	D	E	G	E	S	L	Y	S	P	A	N	I	M	L	M	H	H	V	T	A	A	L	R	A	H	A	L	F	T	R	D	V	D	Y	I	V	K	D	G	E	V	I	I	V	D	E	H	T	G	R	T	M	Q	G	R	R	W	S	D	G	L	H	Q	A	V	E	A
Template Known Secondary structure		S	S	G	G	G	T	S	S	S	S	S	S	S		S	S			T	T	S	G	G	G												T	T	T	T	S	S		B	T	T	T					T	T							T	T	T					S	S				T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																							472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	A	D	V	G	G	S	V	I	L	L	S	A	T	L	P	M	K	Q	K	Q	K	L	L	D	T	Y	G	L	H	T	D	P	V	E	N	N	S	A	Y	P	L	I	N	W	R	G	V	N	G	A	Q	R	F	D	L	L	A	H
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.												.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.												.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	E	G	V	Q	I	Q	N	E	N	Q	T	L	A	S	I	T	F	Q	N	Y	F	R	L	Y	E	.	K	L	A	G	M	T	G	T	A	D	T	.	E	A	F	E	F	S	S	I	Y	K	L	D	T	V	V	V	P	T	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T										S	B			B	S					T	T		S	.								T	T		G	.	G	G	G	G					T										S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																												.												.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.		.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.		.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.
		531	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	E	Q	L	P	P	R	F	S	I	Q	P	E	P	I	C	L	A	D	M	L	P	D	L	T	M	L	E	R	M	I	A	A	A	N	A	G	A	Q	V	C	L	I	C	N	L	V	D	V	A	Q	V	C	Y	Q	R	L	K	E	L	N	N	T	Q	V	D	I	D	L	F	H	A	R	F	T	L	N	D	R	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																																																										.	.	.												.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.																																																										.	.	.												.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	R	P	M	I	R	K	D	L	P	D	L	V	Y	M	T	E	A	E	K	I	Q	A	I	I	E	D	I	K	E	R	T	A	K	G	Q	P	V	L	V	G	T	I	S	I	E	K	S	E	L	V	S	N	E	L	T	K	A	.	.	.	G	I	K	H	N	V	L	N	A	K	F	.	.	.	.	.	H
Template Known Secondary structure		.	.	.	S													S	S																			T								S																.	.	.	T								T	T		.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																																																										.	.	.												.	.	.	.	.
Template SS confidence
					416	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.				.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.						.
		611	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	650	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	K	E	N	R	V	I	S	N	F	G	K	N	G	K	R	N	V	G	R	I	L	V	A	T	Q	V	V	E	Q	S	L	D	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	F	D	W	L	I	T
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	N	E	A	A	I	V	A	Q	A	G	Y	P	A	A	.	.	.	.	.	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	V	L	G	G	S	W	Q	A	E	V	A	A	L	E	N	P	T	A	E	Q	I	E	K	I	K	A	D	W	Q	V	R	H	D	A	V	L	E	A	G	G	L	H	I	I	G	T
Template Known Secondary structure									T	T	T	T	S	T	T		.	.	.	.	.						S			S	S						T	T								T	T	S	S	S																								T	S						S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		485	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.						500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		652	.	.	.	.	.	.	.		660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.
Query SS confidence										.
Query Sequence		Q	H	C	P	A	D	L	L	.	F	Q	R	L	G	R	L	H	R	H	H	R	K	Y	R	P	A	G	F
Query Conservation										.
Alig confidence										.
Template Conservation
Template Sequence		E	R	H	E	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	D	A	G	S	S	R	F	Y
Template Known Secondary structure		S			S	S									T	T	S	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.