Job Description P38036 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:57:49 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 313 % Identity 20% Template c1gl9B_ PDB info PDB header:topoisomerase Chain: B: PDB Molecule:reverse gyrase; PDBTitle: archaeoglobus fulgidus reverse gyrase complexed with adpnp Resolution 3.2 Å

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		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	A	L	L	D	N	G	Y	Q	P	R	Q	L	Q	V	L	V	D	A	L	P	V	A	P	G	L	T	V	I	E	A	P	T	G	S	G	K	T	E	T	A	L	A	Y	A	W	K	L	I	D	Q	Q	I	A	D	S	V	I	F	A	L	P	T	Q	A	T	A	N	A	M	L	T	R	M	E	A	S	A	S	H
Query Conservation
Alig confidence																																																						.	.
Template Conservation																																																						.	.
Template Sequence		E	F	F	R	K	C	V	G	E	P	R	A	I	Q	K	M	W	A	K	R	I	L	R	K	E	S	F	A	A	T	A	P	T	G	V	G	K	T	S	F	G	L	A	M	S	L	F	L	A	L	K	G	.	.	K	R	C	Y	V	I	F	P	T	S	L	L	V	I	Q	A	A	E	T	I	R	K	Y	A	E	K
Template Known Secondary structure								T		S														T	T									B	T	S															T	T	T	.	.								S	S																T	T
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.
Template SS confidence
		48	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.			100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.
		364	.	.	.	.	.			370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.
Predicted Secondary structure								.	.
Query SS confidence								.	.
Query Sequence		L	F	S	S	P	N	.	.	L	I	L	A	H	G	N	S	R	F	N	H	L	F	Q	S	I	K	S	R	A	I	T	E	Q	G	Q	E	E	A	W	V	Q	C	C	Q	W	L	S	Q	S	N	K	K	V	F	L	G	Q	I	G	V	C	T	I	D	Q	V	L	I	S	V	L	P	V	K	H	R	F	I	R	G
Query Conservation								.	.
Alig confidence								.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	G	V	G	T	E	N	L	I	G	Y	Y	H	G	R	I	P	K	R	E	K	E	N	F	M	Q	N	L	R	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	K	I	V	I	T	T	T	Q	F	L	S	K	H	Y	R	E	L	G	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T					T	T	T						S												T	T	T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S													S	S	S	S		.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		126	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.
		442	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.			.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.										.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510
Predicted Secondary structure																		.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	G	I	G	R	S	V	L	I	V	D	E	V	H	A	Y	.	.	D	T	Y	M	N	G	L	L	E	A	V	L	K	A	Q	A	D	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	S	V	I	L	L	S	A	T	L	P	M	K	Q	K	Q	K	L	L	D	T	Y	G	L	H	T	D	P	V	E	N	N	S	A
Query Conservation																		.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.														.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	H	F	D	F	I	F	V	D	D	V	D	A	I	L	K	A	S	K	N	V	D	K	L	L	H	L	L	G	F	H	Y	D	L	K	T	K	S	W	V	G	E	A	R	G	C	L	M	V	S	T	A	T	A	K	K	G	K	K	A	E	L	F	R	Q	L	L	N	F	D	I	G	S	S	R	I	T	V
Template Known Secondary structure		.	.	.			S					S		S					T	S												T				B	T	T	T	T	B							S							B	S	S				T	T	T								S					B	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.
Template SS confidence
					175	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
		511	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	P	L	I	N	W	R	G	V	N	G	A	Q	R	F	D	L	L	A	H	P	E	Q	L	P	P	R	F	S	I	Q	P	E	P	I	C	L	A	D	M	L	P	D	L	T	M	L	E	R	M	I	A	A	A	N	A	G	A	Q	V	C	L	I	C	N	L	V	D	V	A	Q	V	C	Y	Q	R	L	K	E	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	N	V	E	D	V	A	V	N	D	E	S	I	S	T	L	S	S	I	L	E	K	L	.	.	.	.	.	.	G	T	G	G	I	I	Y	A	R	T	G	E	E	A	E	E	I	Y	E	S	L	K	N	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									S				T	T	T	T					T	T	S	.	.	.	.	.	.		S							S	S									T	T	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																													252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.							.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
		591	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.					.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.			.	.	.	.	650	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.												.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.												.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	N	T	Q	V	D	I	D	L	F	H	A	R	F	T	L	N	D	R	R	E	K	E	N	R	V	I	S	N	F	G	K	N	G	K	R	N	V	G	R	I	L	V	A	.	.	.	.	T	Q	V	V	E	Q	S	L	D	V	D	.	.	F	D	W	L	I	T	Q	H	C	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																														.	.	.	.												.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.												.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	R	I	G	I	V	T	A	T	K	K	G	D	Y	E	K	F	.	.	.	.	.	.	.	.	V	E	G	E	I	D	H	L	I	G	T	A	H	Y	Y	G	T	L	V	R	G	L	D	L	P	E	R	I	R	F	A	V	F	V	G	C	P	S	F	R	V	T	I	E	D	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	S				B		S	S	S									.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	S		S												T	G	G	G	T			T	T	T								S								T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.									.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.
																																																																		656	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.			.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	L	L	F	Q	R	L	G	R	L	H	R	.	.	H
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	S	L	S	P	Q	M	V	K	L	L	A	Y	L	Y	R	N	V	D	E	I	E	R	L	L	P	A	V	E	R	H	I	D	E	V	R	E	I	L	K	K	V	M	G	K	E	R	P	Q	A	K	D	V	V	V	R	E	G	E	V	I	F	P	D	L	R	T	Y	I	Q	G	S	G	R	T	S	R	L	F	A
Template Known Secondary structure		S	S	S		G	G	G						S	S			T	T	T	T					S	S		S	T	T		S										S	S	S	S						S	S	S	B		S	S	S																T	T					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		362	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.
		670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	R	K	Y	R	P	A	G	F	E	I	P	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	G	L	T	K	G	A	S	F	L	L	E	D
Template Known Secondary structure		T												S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		442	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.