Job Description P25741 Confidence 98.22% Date Thu Jan 5 11:42:28 GMT 2012 Rank 280 Aligned Residues 158 % Identity 15% Template c3c5iD_ PDB info PDB header:transferase Chain: D: PDB Molecule:choline kinase; PDBTitle: crystal structure of plasmodium knowlesi choline kinase, pkh_134520 Resolution 2.20 Å

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		27	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.											.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	V	F	R	E	L	E	T	R	R	T	L	R	F	E	L	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	S	Y	F	L	K	W	H	K	G	T	T	L	K	E	I	I	K	N	L	L	S	L	R	M	P	V	L	G	A	D	R	E	W	H	A	I	H	R	L	S	D	V	G	V	D	T	M	K	G	I	G
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template Sequence		R	V	K	Q	I	L	L	T	N	Q	L	F	E	V	G	L	K	E	E	T	A	N	N	Y	N	S	I	R	T	R	V	L	F	R	I	Y	G	K	H	V	D	E	L	Y	N	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	S	E	F	E	V	Y	K	T	M	S	K	Y	K	I	.	A	P	Q	L	L	N
Template Known Secondary structure										S															S	T	T	S											T	T	G	G	G	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T	T	S	.	S
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template SS confidence
		37	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.													.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.		.	.	100	.	.	.
		97	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	G	E	K	G	L	N	P	L	T	R	A	S	F	I	I	T	E	D	L	T	P	T	I	S	L	E	D	Y	C	A	D	W	A	V	N	P	P	D	I	R	V	K	R	M	L	I	A	R	V	A	T	M	V	R	K	M	H	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	F	N	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	I	E	E	W	L	Y	G	D	P	L	R	I	D	D	L	K	N	P	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	L	I	G	I	A	N	V	L	G	K	F	H	T	L	S	R	K	R	H	L	P	E	H	W	D	R	T	P	C	I	F	K	M	M
Template Known Secondary structure				T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S					G	G	G	G	G				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														T					S				T	T	S			S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		106	.	.	.	110											.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130											.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
																																																	157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	N	H	R	D	C	Y	I	C	H	F	L	L	H	L	P	F	T	G	R	E	D	E	L	K	I	S	V	I	D	L	H
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	K	W	K	N	Q	L	F	K	Y	K	N	I	E	K	Y	N	C	D	I	H	K	Y	I	K	E	S	D	K	F	I	K	F	M	K	V	Y	S	K	S	D	N	L	A	N	T	I	V	F	C	H	N	D	L	Q	E	N	N	I	I	N	T	N	K	C	.	.	.	.	.	.	.	.	L	R	L	I	D	F	E
Template Known Secondary structure									T	T	S	T	T	G	G	G	T		S	S																			T	T	S			G	G	G							S			S	G	G	G					S	S		.	.	.	.	.	.	.	.							T
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230									.	.	.	.	.	.	.
		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.																.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	A	Q	I	R	A	K	V	P	R	R	W	R	D	K	D	L	I	G	L	Y	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	M	N	I	G	L	T	Q	R	D	I	W	R	F	M	K	V	Y	F
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	S	G	F	N	F	.	.	.	.	.	.	L	A	T	D	I	A	N	F	F	I	E	T	S	I	D	Y	S	V	S	S	Y	P	F	F	E	I	D	K	K	K	Y	I	S	Y	E	N	R	K	L	F	I	T	A	Y	L
Template Known Secondary structure		T						.	.	.	.	.	.												T	T							S	T	T	S					G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		238	.	240	.	.	.							.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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