Job Description P06129 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:59:02 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 578 % Identity 19% Template c3fhhA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:outer membrane heme receptor shua; PDBTitle: crystal structure of the heme/hemoglobin outer membrane2 transporter shua from shigella dysenteriae Resolution 2.60 Å

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		26	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	T	L	V	V	T	A	N	R	F	E	Q	P	R	S	T	V	L	A	P	T	T	V	V	T	R	Q	D	I	D	R	W	Q	S	T	S	V	N	D	V	L	R	R	L	P	G	V	D	I	T	Q	N	G	G	S	G	Q	L	S	S	I	F	I	R	G	T	N	A	S	H	V	L	V	L	I	D	G	V	R	L
Query Conservation
Alig confidence																																																								.
Template Conservation																																																								.
Template Sequence		E	T	M	T	V	T	A	T	G	N	A	R	S	S	F	E	A	P	M	M	V	S	V	I	D	T	S	A	P	E	N	Q	T	A	T	S	A	T	D	L	L	R	H	V	P	G	I	T	L	D	G	T	G	R	.	T	N	G	Q	D	I	N	M	R	G	Y	D	H	R	G	V	L	V	L	V	D	G	I	R	Q
Template Known Secondary structure						S	T	T	T	S	S				S	T	T	S	S	S							T	T	S	T	T	T	T	T			S	G	G	G	G	G	T	T	S	T	T					S		S	S	.	S	T	T						T	T	B		G	G	G						T	T
Template Predicted Secondary structure																																																								.
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.		.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
		106	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	L	A	G	V	S	G	S	A	D	L	S	Q	F	P	I	A	L	V	Q	R	V	E	Y	I	R	G	P	R	S	A	V	Y	G	S	D	A	I	G	G	V	V	N	I	I	T	T	R	D	E	P	G	T	E	I	S	A	G	W	G	S	N	S	Y	Q	N	Y	D	V	S	T	Q	Q	Q	L	G	D	K	T	R
Query Conservation
Alig confidence					.	.
Template Conservation					.	.
Template Sequence		G	T	D	.	.	T	G	H	L	N	G	T	F	L	D	P	A	L	I	K	R	V	E	I	V	R	G	P	S	A	L	L	Y	G	S	G	A	L	G	G	V	I	S	Y	D	T	V	D	A	K	D	L	L	Q	E	G	Q	S	S	G	F	R	V	F	G	T	G	G	T	G	D	H	S	L	G	L	G	A	S	A
Template Known Secondary structure					.	.		S	S								G	G	G									S				T	T	T		T	T		S	S																	S	S	S											T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure					.	.
Template SS confidence
		81	.	.			.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
		186	.	.	.	190	.	.	.	.	.		.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.
Query SS confidence												.
Query Sequence		V	T	L	L	G	D	Y	A	H	T	.	H	G	Y	D	V	V	A	Y	G	N	T	G	T	Q	A	Q	T	D	N	D	G	F	L	S	K	T	L	Y	G	A	L	E	H	N	F	T	D	A	W	S	G	F	V	R	G	Y	G	Y	D	N	R	T	N	Y	D	A	Y	Y	S	P	G	S	P	L	L	D	T	R	K
Query Conservation												.
Alig confidence												.
Template Conservation
Template Sequence		F	G	R	T	E	N	L	D	G	I	V	A	W	S	S	R	D	R	G	D	L	R	Q	S	N	G	E	T	A	P	N	D	E	S	I	N	N	M	L	A	K	G	T	W	Q	I	D	S	A	Q	S	L	S	G	L	V	R	Y	Y	N	N	D	A	R	E	P	K	N	P	Q	T	V	E	A	S	E	S	S	N	P
Template Known Secondary structure						S	S															B			S	S	S			B																	S	S	S	S																		S	S	T	T	S	S	S			S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
		265				.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
Predicted Secondary structure			.	.	.
Query SS confidence			.	.	.
Query Sequence		L	.	.	.	Y	S	Q	S	W	D	A	G	L	R	Y	N	G	E	L	I	K	S	Q	L	I	T	S	Y	S	H	S	K	D	Y	N	Y	D	P	H	Y	G	R	Y	D	S	S	A	T	L	D	E	M	K	Q	Y	T	V	Q	W	A	N	N	V	I	V	G	H	G	S	I	G	A	G	V	D	W	Q	K	Q	T
Query Conservation			.	.	.
Alig confidence			.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	V	D	R	S	T	I	Q	R	D	A	Q	L	S	Y	K	L	A	P	Q	G	N	D	W	L	N	A	D	A	K	I	Y	W	S	E	V	R	I	N	A	Q	E	Y	R	E	Q	I	T	K	G	A	R	L	E	N	R	S	T	L	F	A	D	S	F	A	S	H	L	L	T	Y	G	G	E	Y	Y	R	Q	E	Q
Template Known Secondary structure																					T	T		S	S																																				S		S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.									.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	T	P	G	T	G	Y	V	E	D	G	Y	D	Q	R	N	T	G	I	Y	L	T	G	L	Q	Q	V	G	D	F	T	F	E	G	A	A	R	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	D	N	S	Q	F	G	R	H	G	T	W	Q	T	S	A	G	W	E	F	I	E	G	Y	R	F	I	A	S	Y	G	T	S	Y
Query Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	S	H	T	T	G	F	P	Q	A	K	I	D	F	S	S	G	W	L	Q	D	E	I	T	L	R	D	L	P	I	T	L	L	G	G	T	R	Y	D	S	Y	R	G	S	S	D	G	Y	K	D	V	D	A	D	K	W	S	S	R	A	G	M	T	I	N	P	T	N	W	L	M	L	F	G	S	Y	A	Q	A	F
Template Known Secondary structure							S																				S	S	S	S																	S	S	S																		S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
		414	.	.	.	.	.	420	.	.															.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.								.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Query Sequence		K	A	P	N	L	G	Q	L	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	F	Y	G	N	P	N	L	D	P	E	K	S	K	Q	W	E	G	A	F	E	G	L	.	.	.	.	.	.	.	T	A	G	V	N	W	R	I	S	G	Y	R	N	D	V	S	D	L	I	D	Y	D	D	H	.	.	.
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	A	P	T	M	G	E	M	Y	N	D	S	K	H	F	S	I	G	R	F	Y	T	N	Y	W	V	P	N	P	N	L	R	P	E	T	N	E	T	Q	E	Y	G	F	G	L	R	F	D	D	L	M	L	S	N	D	A	L	E	F	K	A	S	Y	F	D	T	K	A	K	D	Y	I	S	T	T	V	D	F	A	A
Template Known Secondary structure													S					S	S	S	S									T	T																			S		T	T																										G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		415	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.
			470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.			.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																																																																.	.
Query SS confidence		.																																																																.	.
Query Sequence		.	T	L	K	Y	Y	N	E	G	K	A	R	I	K	G	V	E	A	T	A	N	F	D	T	G	P	L	T	H	T	V	S	Y	D	Y	V	D	A	R	N	A	I	T	D	T	P	L	L	R	R	A	K	Q	Q	V	K	Y	Q	L	D	W	Q	L	Y	.	.	D	F	D	W	G	I	T	Y	Q	Y	L	G	T	R
Query Conservation		.																																																																.	.
Alig confidence		.																																																																.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	T	T	M	S	Y	N	V	P	N	A	K	I	W	G	W	D	V	M	T	K	Y	T	T	D	L	F	S	L	D	V	A	Y	N	R	T	R	G	K	D	T	D	T	G	E	Y	I	S	S	I	N	P	D	T	V	T	S	T	L	N	I	P	I	A	H	S	G	F	S	V	G	W	V	G	T	F	A	D	R	S
Template Known Secondary structure		T																								S	S															T	T	T			B		S	S															T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		495	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.
		547	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.				.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.
Query Sequence		Y	D	K	D	Y	S	S	Y	P	Y	Q	T	V	K	M	G	G	V	S	L	W	D	L	A	V	A	Y	P	V	T	.	.	.	S	H	L	T	V	R	G	K	I	A	N	L	F	D	K	D	Y	E	T	V	Y	G	Y	Q	T	A	G	R	E	Y	T	L	S	G	S	Y	T	F
Query Conservation																																.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	.	.	.	.	.	.	.	.	H	I	S	S	K	Q	P	G	Y	G	V	N	D	F	Y	V	S	Y	Q	G	Q	Q	A	L	K	G	M	T	T	T	L	V	L	G	N	A	F	D	K	E	Y	W	S	P	Q	G	I	P	Q	D	G	R	N	G	K	I	F	V	S	Y	Q	W
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.																						G	G	G	T	T									S	T	T					B		T	T	S		B				S
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		575									.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.