Job Description P06129 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:59:02 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 558 % Identity 13% Template c3efmA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:ferric alcaligin siderophore receptor; PDBTitle: structure of the alcaligin outer membrane recepteur faua from2 bordetella pertussis Resolution 2.33 Å

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		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	A	F	S	A	W	A	Q	D	T	S	P	D	T	L	V	V	T	A	N	R	F	E	Q	P	R	S	T	V	L	A	P	T	T	V	V	T	R	Q	D	I	D	R	W	Q	S	T	S	V	N	D	V	L	R	R	L	P	G	V	D	I	T	Q	N	G	G	S	G	Q	L	S	S	I	F	I	R	G	T	N	A
Query Conservation
Alig confidence																																																																			.	.
Template Conservation																																																																			.	.
Template Sequence		I	S	D	L	T	E	G	T	N	A	Y	T	T	E	A	M	S	T	A	T	G	L	T	L	S	P	R	E	T	P	Q	S	V	S	V	V	T	R	Q	Q	I	E	D	Q	G	L	T	D	T	G	A	I	L	A	T	A	P	G	I	S	V	T	R	S	D	.	.	S	N	R	Y	S	F	S	A	R	G	F	T	I
Template Known Secondary structure							T	T	S			S	S		S		B		T	T	T	S	S		B		G	G	G		S	S													T	T			B							T	S	T	T						T	T	.	.	S	S	S						T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.
Template SS confidence
		22	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.			.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	H	V	L	V	L	I	D	G	V	R	L	N	L	A	G	V	S	G	S	A	D	L	S	Q	F	P	I	A	L	V	Q	R	V	E	Y	I	R	G	P	R	S	A	V	Y	G	S	D	A	I	G	G	V	V	N	I	I	T	T	R	D	E	P	G	T	E	I	S	A	G	W	G	S	N	S	Y	Q	N	Y	D
Query Conservation
Alig confidence				.	.													.
Template Conservation				.	.													.
Template Sequence		D	N	.	.	F	Q	F	D	G	L	V	S	P	I	L	S	.	Q	W	N	Y	G	S	T	D	M	D	A	A	I	Y	D	H	V	E	I	V	R	G	A	T	G	L	M	T	G	S	G	N	P	S	A	A	V	N	F	V	R	K	R	P	L	R	E	F	A	A	T	F	N	A	S	V	G	S	W	D	Y	V	R
Template Known Secondary structure				.	.				T	T						S	G	.	G	G		T	T	G	G	G		B	G	G	G									S								B			S	S												S	S											T	T	T
Template Predicted Secondary structure				.	.													.
Template SS confidence
		100	.			.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.		.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	S	T	Q	Q	Q	L	G	D	K	T	R	V	T	L	L	G	D	Y	A	H	T	H	G	Y	D	V	V	A	Y	G	N	T	G	T	Q	A	Q	T	D	N	D	G	F	L	S	K	T	L	Y	G	A	L	E	H	N	F	T	D	A	W	S	G	F	V	R	G	Y	G	Y	D	N	R	T	N	Y	D	A	Y	Y
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	D	A	D	I	S	V	P	I	T	E	D	G	R	I	R	S	R	L	V	A	A	Y	S	Q	G	D	L	D	T	R	R	R	T	F	Y	G	V	V	S	A	D	L	T	P	D	T	V	L	T	T	S	V	E	Y	Q	H	N	H	S	N	G	P	W	A	R	Q	D	T	E	A	T	T	Y	F	V	D	L	T	H
Template Known Secondary structure										S	S	S	S	S	S																															T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		177	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.
		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	P	G	S	P	L	L	D	T	R	K	L	Y	S	Q	S	W	D	A	G	L	R	Y	N	G	E	L	I	K	S	Q	L	I	T	S	Y	S	H	S	K	D	Y	N	Y	D	P	H	Y	G	R	Y	D	S	S	A	T	L	D	E	M	K	Q	Y	T	V	Q	W	A	N	N	V	I	V	G	H	G	S	I	G	A
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	F	T	N	D	W	.	.	.	.	.	.	.	K	L	R	A	A	Y	S	H	T	D	G	R	Y	L	M	K	H	V	F	S	N	Y	D	G	N	L	D	R	D	D	I	H	F	S	L	S	A	P	F	E	A	F	G	L	R	H	E	V	A	L	G	W	M	S	I	D	N	H	S	D	I	Q	R	Y	A	M	T
Template Known Secondary structure				T	T	S		.	.	.	.	.	.	.																																										T	T
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		275	.	.	.	.	280								.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	V	D	W	Q	K	Q	T	T	T	P	G	T	G	Y	V	E	D	G	Y	D	Q	R	N	T	G	I	Y	L	T	G	L	Q	Q	V	G	D	F	T	F	E	G	A	A	R	S	D	D	N	S	Q	F	G	R	H	G	T	W	Q	T	S	A	G	W	E	F	I	E	G	Y	R	F	I	A	S	Y	G	T	S	Y
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	S	P	A	D	D	V	R	T	K	Q	T	G	A	Y	L	V	G	R	F	A	L	A	E	P	L	H	L	I	V	G	D	R	W	S	D	W	K	T	K	Q	M	Y	F	G	S	R	R	E	Y	R	I	K	N	Q	F	T	P	Y	A	G	L	T	Y	D	I	N	D	T	Y	T	A	Y	A	S	Y	T	E	I	F
Template Known Secondary structure				S																					T	T																			T	T																						S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.
		414	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.									.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	A	P	N	L	G	Q	L	Y	G	F	Y	G	N	P	N	L	D	P	E	K	S	K	Q	W	E	G	A	F	E	G	L	T	A	G	V	N	W	R	I	S	G	Y	R	N	D	V	S	D	L	I	D	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	H	T	L	K	Y	Y	N	E	G	K	A	R	I	K	G	V	E
Query Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.
Template Sequence		Q	P	Q	N	A	R	D	.	.	T	S	G	G	I	L	P	P	I	K	S	K	S	Y	E	L	G	L	K	A	A	Y	L	E	G	R	L	N	T	S	A	A	L	F	Q	T	R	Q	D	N	L	A	Q	V	I	P	G	S	S	I	P	G	F	P	N	M	Q	A	S	R	A	A	S	G	A	K	V	E	G	I	D
Template Known Secondary structure							B		.	.	S	S	S		B																		G	G	G	T														S						T	T				T	T	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure									.	.
Template SS confidence
		445	.	.	.	.	450	.			.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.
		486	.	.	.	490	.		.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.					.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560
Predicted Secondary structure								.																																										.	.	.	.
Query SS confidence								.																																										.	.	.	.
Query Sequence		A	T	A	N	F	D	.	T	G	P	L	T	H	T	V	S	Y	D	Y	V	D	A	R	N	A	I	T	D	T	P	L	L	R	R	A	K	Q	Q	V	K	Y	Q	L	D	W	Q	L	Y	.	.	.	.	D	F	D	W	G	I	T	Y	Q	Y	L	G	T	R	Y	D	K	D	Y	S	S	Y	P	Y	Q	T	V	K
Query Conservation								.																																										.	.	.	.
Alig confidence								.																																										.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	E	A	S	G	Q	I	L	P	D	W	N	I	G	A	S	Y	T	H	F	T	T	K	D	A	S	G	N	P	I	N	T	N	H	P	R	S	L	F	K	L	Y	T	T	Y	R	L	P	G	A	L	H	R	L	T	V	G	G	G	V	D	W	Q	S	R	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										T	T															T	T	S		B				S	S		S												S	S	T	T	T	T														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		523	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.
		561	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	G	G	V	S	L	W	D	L	A	V	A	Y	P	V	T	S	H	L	T	V	R	G	K	I	A	N	L	F	D	K	D	Y	E	T	V	Y	G	Y
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Q	D	S	Y	A	L	V	S	L	M	A	R	F	D	F	N	K	K	L	S	A	T	L	N	V	N	N	L	R	N	V	M	L	N	L	R	A	Q	Y
Template Known Secondary structure																		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		594	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.