Job Description P06129 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:59:02 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 568 % Identity 19% Template c2hdiA_ PDB info PDB header:protein transport,antimicrobial protein Chain: A: PDB Molecule:colicin i receptor; PDBTitle: crystal structure of the colicin i receptor cir from e.coli in complex2 with receptor binding domain of colicin ia. Resolution 2.50 Å

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		26	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	T	L	V	V	T	A	N	R	F	E	Q	P	R	S	T	V	L	A	P	T	T	V	V	T	R	Q	D	I	D	R	W	Q	S	T	S	V	N	D	V	L	R	R	L	P	G	V	D	I	T	Q	N	G	G	S	G	Q	L	S	S	I	F	I	R	G	T	N	A	S	H	V	L	V	L	I	D	G	V	R	L
Query Conservation
Alig confidence																																																											.	.
Template Conservation																																																											.	.
Template Sequence		E	T	M	V	V	T	A	S	S	V	E	Q	N	L	K	D	A	P	A	S	I	S	V	I	T	Q	E	D	L	Q	R	K	P	V	Q	N	L	K	D	V	L	K	E	V	P	G	V	Q	L	T	N	E	G	D	N	R	K	.	.	G	V	S	I	R	G	L	D	S	S	Y	T	L	I	L	V	D	G	K	R	V
Template Known Secondary structure						S	S	S	S	S	S				G	G	G		S	S												S	S			S	S	T					T	T	S	T	T							S	S	S			.	.					T	T	B		G	G	G						T	T
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.
Template SS confidence
		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.			.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.
		106	.	.	.	110				.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.
Query SS confidence							.	.	.
Query Sequence		N	L	A	G	V	.	.	.	S	G	S	A	D	L	S	Q	F	P	I	A	L	V	Q	R	V	E	Y	I	R	G	P	R	S	A	V	Y	G	S	D	A	I	G	G	V	V	N	I	I	T	T	R	D	E	P	G	T	E	I	S	A	G	W	G	S	N	S	Y	Q	N	Y	D	V	S	T	Q	Q	Q	L	G	D
Query Conservation							.	.	.
Alig confidence							.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	S	R	N	A	V	F	R	H	N	D	F	D	L	N	W	I	P	V	D	S	I	E	R	I	E	V	V	R	G	P	M	S	S	L	Y	G	S	D	A	L	G	G	V	V	N	I	I	T	K	K	I	G	Q	K	W	S	G	T	V	T	V	D	T	T	I	Q	E	H	R	D	R	G	D	T	Y	N	G	Q	F
Template Known Secondary structure				T	T	T			S				G	G	G	S	S	S		G	G	G									S								T	T	T	T	S												S	S													S	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		109	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	T	R	V	T	L	L	G	D	Y	A	H	T	H	G	Y	D	V	V	A	Y	G	N	T	G	T	Q	A	Q	T	D	N	D	G	F	L	S	K	T	L	Y	G	A	L	E	H	N	F	T	D	A	W	S	G	F	V	R	G	Y	G	Y	D	N	R	T	N	Y	D	A	Y	Y	S	P	G	S	P	L	L	D	T
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		F	T	S	G	P	L	I	D	G	V	L	G	M	K	A	Y	G	S	L	A	K	R	E	K	D	D	E	G	F	S	S	R	D	G	N	V	E	F	A	W	T	P	N	Q	N	H	D	F	T	A	G	Y	G	F	D	R	Q	D	R	D	S	N	R	L	E	R	Q	N	Y	S	V	S	H	N	G	R	W	D	Y	G
Template Known Secondary structure									T	T	T																																S	S	T	T																																	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.
		263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	K	L	Y	S	Q	S	W	D	A	G	L	R	Y	N	G	E	L	I	K	S	Q	L	I	T	S	Y	S	H	S	K	D	Y	N	Y	D	P	H	Y	G	R	Y	D	S	S	A	T	L	D	E	M	K	Q	Y	T	V	Q	W	A	N	N	V	I	V	G	H	G	S	I	G	A	G	V	D	W	Q	K	Q	T	T
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	S	E	L	K	Y	Y	G	E	K	V	E	N	K	N	P	G	N	S	S	P	I	T	S	E	S	N	T	V	D	G	K	Y	T	L	P	L	T	A	I	N	Q	F	L	T	V	G	G	E	M	R	H	D	K	M	S	D	A	V	N	L	T	G	G	T	S	S	K	T	S	A	S	Q	Y	A	L	F	V	E	D
Template Known Secondary structure																	T	T	S	S	S																		G	G	G	T																	G	G	G	B	S	S		T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	P	G	T	G	Y	V	E	D	G	Y	D	Q	R	N	T	G	I	Y	L	T	G	L	Q	Q	V	G	D	F	T	F	E	G	A	A	R	S	D	D	N	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	F	G	R	H	G	T	W	Q	T	S	A	G	W	E	F	I
Query Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	W	R	I	F	E	P	L	A	L	T	T	G	V	R	M	D	D	H	E	T	Y	G	E	H	W	S	P	R	A	Y	L	V	Y	N	A	T	D	T	V	T	V	K	G	G	W	A	T	A	F	K	A	P	S	L	L	Q	L	S	P	D	W	T	S	N	S	C	R	G	A	C	K	I	V	G	S	P	D	L	K
Template Known Secondary structure							T	T													T	T	T														S	S	S	S																					T	T	B					G	G	G	T							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	G	Y	R	F	I	A	S	Y	G	T	S	Y	K	A	P	N	L	G	Q	L	Y	G	F	Y	G	N	P	N	L	D	P	E	K	S	K	Q	W	E	G	A	F	E	G	L	T	A	G	V	N	W	R	I	S	G	Y	R	N	D	V	S	D	L	I	D	Y	D	D	H	T	L	K	Y	Y	N	E	G	K	A	R
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		P	E	T	S	E	S	W	E	L	G	L	Y	Y	M	G	E	E	G	W	L	E	G	V	E	S	S	V	T	V	F	R	N	D	V	K	D	R	I	S	I	S	R	T	S	D	V	N	A	A	P	G	Y	Q	N	F	V	G	F	E	T	G	A	N	G	R	R	I	P	V	F	S	Y	Y	N	V	N	K	A	R	I
Template Known Secondary structure																		S	G	G	G	T	T																						S		T	T	T	G	G	G	S	T	T								T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		449	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.
		481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.			.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.				.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.																						.	.	.
Query SS confidence																																	.	.																						.	.	.
Query Sequence		I	K	G	V	E	A	T	A	N	F	D	T	G	P	L	T	H	T	V	S	Y	D	Y	V	D	A	R	N	A	I	T	.	.	D	T	P	L	L	R	R	A	K	Q	Q	V	K	Y	Q	L	D	W	Q	L	Y	.	.	.	D	F	D	W	G	I	T	Y	Q	Y	L	G	T	R	Y	D	K	D	Y	S	S	Y	P
Query Conservation																																	.	.																						.	.	.
Alig confidence																																	.	.																						.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	G	V	E	T	E	L	K	I	P	F	N	D	E	W	K	L	S	I	N	Y	T	Y	N	D	G	R	D	V	S	N	G	E	N	K	P	L	S	D	L	P	F	H	T	A	N	G	T	L	D	W	K	P	L	A	L	E	D	W	S	M	Y	M	S	G	H	Y	T	G	Q	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure													S	S	S																	T	T																						S	S		T	T														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		529	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		556	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	Q	T	V	K	M	G	G	V	S	L	W	D	L	A	V	A	Y	P	V	T	S	H	L	T	V	R	G	K	I	A	N	L	F	D	K	D	Y	E	T	V	Y	G	Y	Q	T	A	G	R	E	Y	T	L	S	G	S	Y	T	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	G	G	Y	T	I	W	N	T	G	A	A	W	Q	V	T	K	D	V	K	L	R	A	G	V	L	N	L	G	D	K	D	L	S	.	.	.	.	R	N	E	D	G	R	R	Y	F	M	A	V	D	Y	R	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.																T	T									S	T	T						.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.
Template SS confidence
								610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.					.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.