Job Description P75733 Confidence 91.83% Date Thu Jan 5 12:13:33 GMT 2012 Rank 12 Aligned Residues 316 % Identity 16% Template d1osma_ SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Porin Resolution 3.20

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		40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	L	T	G	G	I	Y	Y	W	Q	R	E	R	D	R	K	D	V	T	D	G	D	K	Y	K	T	N	L	S	H	S	T	W	N	A	N	L	D	F	Q	S	G	Y	A	A	D	M	F	G	L	D	I	A	A	F	T	A	I	E	M	A	E	N	G	D	S	S	H	P	N	E	I	A	F	S	K	S	N	K	A
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	L	Y	G	K	I	D	G	L	H	Y	F	S	D	D	K	D	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	G	D	Q	T	Y	M	R	L	G	V	K	G	E	T	Q	I	N	D	Q	.	.	.	L	T	G	Y	G	Q	W	E	Y	N	V	Q	A	N	N	T	E	S	S	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure															S	S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	T																		S	S	S	.	.	.														S	S		T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.									.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.				50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70
		120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.		.	.	.	.	150	.	.	.															.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	D	E	D	W	S	G	D	K	S	G	I	S	L	Y	K	A	A	A	K	F	K	Y	G	P	V	.	W	A	R	A	G	Y	I	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	T	G	Q	T	L	L	A	P	H	W	S	F	M	P	G	T	Y	Q	G	A	E	A	G	A	N	F	D	Y	G	D
Query Conservation																												.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	A	W	T	R	L	A	F	A	G	L	K	F	G	D	A	G	S	F	D	Y	G	R	N	Y	G	V	V	Y	D	V	T	S	W	T	D	V	L	P	E	F	G	G	D	T	Y	G	S	D	N	F	L	Q	S	R	A	N	G	V	A	T	Y	R	N	S	D	F	F	G	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														T	T	S											T	T					G	G	G				S	S	S				S	S		T	T	S	T	T	S	S											S	S	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
												78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.
		185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	G	A	L	S	F	S	Y	M	W	T	N	E	Y	K	A	P	W	H	L	E	M	D	E	F	Y	Q	N	D	K	T	T	K	V	D	Y	L	H	S	F	G	A	K	Y	D	F	K	N	N	F	V	L	E	A	A	F	G	Q	A	E	G	Y	I	D	Q	Y	F	A	K	A	S	Y	K	F	D	I	A	G	S	P
Query Conservation
Alig confidence																		.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	D	G	L	N	F	A	L	Q	Y	Q	G	K	N	G	S	.	V	S	G	E	G	A	T	N	N	G	R	G	A	L	K	Q	N	G	D	G	F	G	T	S	V	T	Y	D	I	F	D	G	I	S	A	G	F	A	Y	A	N	S	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	T	T											B			.	S	S	T	T	T			T	T				G	G	G		B		S												T	T												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.		.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
		265	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	T	T	S	Y	Q	F	Y	G	T	R	D	K	V	D	D	R	S	V	N	D	L	Y	D	G	T	A	W	L	Q	A	L	T	F	G	Y	R	A	A	D	V	V	D	L	R	L	E	G	T	W	V	K	A	D	G	Q	Q	G	Y	F	L	Q	R	M	T	P	T	Y	A	S	S	N	G	R	L	D	I	W	W	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	T	D	D	Q	N	Q	L	L	L	G	E	G	D	H	A	E	T	Y	T	G	G	L	K	Y	D	A	.	.	.	N	N	I	Y	L	A	T	Q	Y	T	Q	T	Y	N	A	T	R	A	G	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	S	S	B				S														.	.	.	T	T												S		S			T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.				.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
		345	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	R	S	D	F	N	A	N	G	E	K	A	V	F	F	G	A	M	Y	D	L	K	N	W	N	L	P	G	F	A	I	G	A	S	Y	V	Y	A	W	D	A	K	P	A	T	W	Q	S	N	P	D	A	Y	Y	D	K	N	R	T	I	E	E	S	A	Y	S	L	D	A	V	Y	T	I	Q	D	G	R	A	K	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.																		.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																		.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	G	F	A	N	K	A	Q	N	F	E	V	A	A	Q	Y	Q	F	.	.	.	.	D	F	G	L	R	P	S	V	A	Y	L	Q	S	K	G	K	D	L	N	G	Y	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	I	L	K	Y	V	D	V	G	A	T	Y	Y	F	N	.	.	.	.	K	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.				S														.	.	.	.	T	T	S																S	S	S		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																		.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Template SS confidence
						249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.					.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.											.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.					.	.
		425	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	M	F	K	L	H	F	T	E	Y	D	N	H	S	D	I	P	S	W	G	G	G	Y	G	N	I	F	Q	D	E	R	D	V	K	F	M	V	I	A	P	F
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.
Template Sequence		M	S	T	Y	V	D	Y	K	I	N	L	L	D	D	N	S	F	T	R	S	A	.	.	.	.	G	I	S	T	D	D	V	V	A	L	G	L	V	Y	Q	F
Template Known Secondary structure																							.	.	.	.	T				S
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.
Template SS confidence
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.					.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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