Job Description P75733 Confidence 99.05% Date Thu Jan 5 12:13:33 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 373 % Identity 11% Template c3rbhC_ PDB info PDB header:transport protein Chain: C: PDB Molecule:alginate production protein alge; PDBTitle: structure of alginate export protein alge from pseudomonas aeruginosa Resolution 2.30 Å

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		43	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	G	I	Y	Y	W	Q	R	E	R	D	R	K	D	V	T	D	G	D	K	Y	K	T	N	L	S	H	S	T	W	N	A	N	L	D	F	Q	S	G	Y	A	A	D	M	F	G	L	D	I	A	A	F	T	A	I	E	M	A	E	N	G	D	S	S	H	P	N	E	I	A	F	S	K	S	N	K	A	Y	D	E
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.											.					.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.											.					.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	D	V	K	I	T	G	E	S	E	N	D	R	D	L	G	T	A	P	G	G	T	.	.	.	.	.	.	L	N	D	I	G	I	D	L	R	P	.	W	A	F	G	.	Q	W	G	D	W	S	A	Y	F	X	G	Q	A	V	A	A	T	D	T	I	E	T	D	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure														T	T	S	S	S	S	S				.	.	.	.	.	.											.					.			T	T													S	S	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.											.					.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		44	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.							.	.	.	.	70	.	.	.	.	.		.	.	.	.		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.
		123	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.					.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.
Query Sequence		D	W	S	G	D	K	S	G	I	S	L	Y	K	A	A	A	K	F	K	Y	G	P	.	.	.	.	V	W	A	R	A	G	Y	I	Q	P	T	G	Q	T	L	L	A	P	H	W	S	F	M	P	G	T	Y	Q	G	A	E	A	G	A	N	F	D	Y	G	D	A	G	A	L	S	F	S	Y	M	W	T	N	E	Y
Query Conservation																								.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																				.	.	.	.												.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.																																			.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	P	D	K	S	Y	L	A	A	R	E	F	W	V	D	Y	A	G	L	T	A	Y	P	G	E	H	L	R	F	G	R	Q	R	L	R	.	.	.	.	.	E	D	S	G	Q	W	Q	D	T	N	I	E	A	L	N	W	S	F	E	.	.	.	.	.	.	T	T	L	L	N	A	H	A	G	V	A	Q	R
Template Known Secondary structure		.	.	.			S															S	S	S		T	T												.	.	.	.	.		T	T	S	S	S	B													.	.	.	.	.	.		S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																																			.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
					121	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.						.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.							.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.
		199	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.			.	.	.	.	.	260	.	.	.	.								.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.	.											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																										.	.											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	A	P	W	H	L	E	M	D	E	F	Y	Q	N	D	K	T	T	K	V	D	Y	L	H	S	F	G	A	K	Y	D	F	K	N	N	F	V	L	E	A	A	F	G	Q	A	E	G	Y	I	D	Q	Y	F	A	K	A	.	.	S	Y	K	F	D	I	A	G	S	P	.	.	.	.	.	.	.	L	T	T	S	Y
Query Conservation																																																										.	.											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.																																			.	.											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.
Template Sequence		F	S	E	Y	R	T	D	L	D	E	L	A	P	E	D	K	D	R	T	.	.	.	H	V	F	G	D	I	S	T	Q	W	A	P	H	H	R	I	G	V	R	I	H	H	A	D	D	S	D	K	T	Y	T	G	Q	L	T	W	L	G	I	E	A	T	G	D	A	Y	N	Y	R	S	S	X	P	L	N	Y	W	A
Template Known Secondary structure		S				B	T	T			S			T	T	T	T	T			.	.	.												T	T																S															S	T	T		T	T		S		S
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.
Template SS confidence
		187	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.				.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.				.	.	340	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.
Query SS confidence																																																																						.	.	.
Query Sequence		Q	F	Y	G	T	R	D	K	V	D	D	R	S	V	N	D	L	Y	D	G	T	A	W	L	Q	A	L	T	F	G	Y	R	A	A	D	V	V	D	L	R	L	E	G	T	W	V	K	A	D	G	Q	Q	G	Y	F	L	Q	R	M	T	P	T	Y	A	S	S	N	G	.	.	.	R	L	D	I	W	W	D	N	R
Query Conservation																																																																						.	.	.
Alig confidence																																																																						.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	A	T	W	L	T	G	D	R	D	N	L	T	Q	S	G	D	V	N	A	F	G	V	D	L	G	L	R	W	N	I	D	E	Q	W	K	A	G	V	G	Y	A	R	G	S	G	G	G	K	D	G	E	E	Q	F	Q	Q	T	G	L	E	S	N	R	S	N	F	T	G	T	R	S	R	V	H	R	F	G	E	A
Template Known Secondary structure																																	S	S	S														S	G	G	G	T	T						S	B							T	T	S	S	S	S				T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.			.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.	.
Query SS confidence																																																													.	.
Query Sequence		S	D	F	N	A	N	G	E	K	A	V	F	F	G	A	M	Y	D	L	K	N	W	N	L	P	G	F	A	I	G	A	S	Y	V	Y	A	W	D	A	K	P	A	T	W	Q	S	N	P	D	A	Y	Y	D	K	N	R	T	I	E	.	.	E	S	A	Y	S	L	D	A	V	Y	T	I	Q	D	G	R	A	K	G
Query Conservation																																																													.	.
Alig confidence																					.	.	.	.																																					.	.														.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.																																																				.	.	.	.
Template Sequence		F	R	G	E	L	S	N	L	Q	A	A	T	L	F	G	S	W	Q	L	.	.	.	.	R	E	D	Y	D	A	S	L	V	Y	H	K	F	W	R	V	D	D	D	S	D	I	G	T	S	G	I	N	A	A	L	Q	P	G	E	K	D	I	G	Q	E	L	D	L	V	V	T	K	Y	F	K	.	.	.	.	Q	G
Template Known Secondary structure		T				S	S	S													.	.	.	.	T	T	T													S	S	T	T	S						S							T	T																	S	.	.	.	.	S	S
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.																																																				.	.	.	.
Template SS confidence
		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.					.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.					440	.
		425															.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	F	K	L	H	F	T	E	Y	D	N	H	S	D	I	P	S	W	G	G	G	Y	G	N	I	F	Q	D	E	R	D	V	K	F	M	V	I	A	P	F	T	I
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	L	P	A	S	X	S	Q	Y	V	D	E	P	S	A	L	I	R	F	R	G	G	L	F	K	P	G	D	A	Y	G	P	G	.	.	.	.	.	.	.	.	T	D	S	T	X	H	R	A	F	V	D	F	I	W	R	F
Template Known Secondary structure					T	T	S	G	G	G	G	T		S	S	S													T	T	S		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	S		S
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		442	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.									.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490