Job Description P75733 Confidence 93.13% Date Thu Jan 5 12:13:33 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 312 % Identity 15% Template c3nsgA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:outer membrane protein f; PDBTitle: crystal structure of ompf, an outer membrane protein from salmonella2 typhi Resolution 2.79 Å

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		40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	L	T	G	G	I	Y	Y	W	Q	R	E	R	D	R	K	D	V	T	D	G	D	K	Y	K	T	N	L	S	H	S	T	W	N	A	N	L	D	F	Q	S	G	Y	A	A	D	M	F	G	L	D	I	A	A	F	T	A	I	E	M	A	E	N	G	D	S	S	H	P	N	E	I	A	F	S	K	S	N	K	A
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	L	Y	G	K	A	V	G	R	H	V	W	T	T	T	G	D	S	.	.	.	.	.	.	.	K	N	A	D	Q	T	Y	A	Q	I	G	F	K	G	E	T	Q	.	.	.	.	.	I	N	T	D	L	T	G	F	G	Q	W	E	Y	R	T	K	A	D	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																S	T	T		.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	S	S	S	S														S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.								30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.						.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.
		120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.		.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.
Predicted Secondary structure																												.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	D	E	D	W	S	G	D	K	S	G	I	S	L	Y	K	A	A	A	K	F	K	Y	G	P	V	.	W	A	R	A	G	Y	I	Q	P	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	T	L	L	A	P	H	W	S	F	M	P	G	T	Y	Q	G	A	E	A	G	A	N	F	D
Query Conservation																												.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																							.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	E	G	E	Q	Q	N	S	N	L	V	R	L	A	F	A	G	L	K	Y	A	E	V	G	S	I	D	Y	G	R	N	Y	G	I	V	Y	D	V	E	S	Y	T	D	X	A	P	Y	F	S	G	E	T	W	G	G	A	Y	T	D	N	Y	X	T	S	R	A	G	G	L	L	T	Y	R	N	S	D	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	T	T			S	T	T													T	T	T											T	T						T	T			S	S	S	S	S	S		S	T	T	T	S	S	S	S	S	T	T	S	S											S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Template SS confidence
						67	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	G	D	A	G	A	L	S	F	S	Y	M	W	T	N	E	Y	K	A	P	W	H	L	E	M	D	E	F	Y	Q	N	D	K	T	T	K	V	D	Y	L	H	S	F	G	A	K	Y	D	F	K	N	N	F	V	L	E	A	A	F	G	Q	A	E	G	Y	I	D	Q	Y	F	A	K	A	S	Y	K	F	D	I	A
Query Conservation
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	G	L	V	D	G	L	S	F	G	I	Q	Y	Q	G	K	N	Q	D	N	H	S	I	N	S	Q	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	V	G	Y	T	X	A	Y	E	.	F	D	G	F	G	V	T	A	A	Y	S	N	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S	S		S	S											B		S	S	S		G	G	G		B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S										.		T	T											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170											.	.	.	.	.	.	.	.	.	180		.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	S	P	L	T	T	S	Y	Q	F	Y	G	T	R	D	K	V	D	D	R	S	V	N	D	L	Y	D	G	T	A	W	L	Q	A	L	T	F	G	Y	R	A	A	D	V	V	D	L	R	L	E	G	T	W	V	K	A	D	G	Q	Q	G	Y	F	L	Q	R	M	T	P	T	Y	A	S	S	N	G	R	L	D	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	R	T	N	D	Q	Q	D	R	D	G	N	G	D	R	A	E	S	R	A	V	G	A	K	Y	D	A	.	.	.	N	N	V	Y	L	A	A	V	Y	A	E	T	R	N	X	S	I	V	E	N	T	V	T	D	T	V	E	X	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	T	T	S	S	S	S	S			S														.	.	.	T	T											S	S							T	T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
														194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220				.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	W	D	N	R	S	D	F	N	A	N	G	E	K	A	V	F	F	G	A	M	Y	D	L	K	N	W	N	L	P	G	F	A	I	G	A	S	Y	V	Y	A	W	D	A	K	P	A	T	W	Q	S	N	P	D	A	Y	Y	D	K	N	R	T	I	E	E	S	A	Y	S	L	D	A	V	Y	T	I	Q	D	G	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	N	K	T	Q	N	L	E	V	V	A	Q	Y	Q	F	.	.	.	.	D	F	G	L	R	P	A	I	S	Y	V	Q	S	K	G	K	Q	L	N	G	A	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	L	A	K	Y	I	Q	A	G	A	T	Y	Y	F	N	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.		S														.	.	.	.	T	T	S														S		T	T	T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Template SS confidence
											249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.					.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.										.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	K	G	T	M	F	K	L	H	F	T	E	Y	D	N	H	S	D	I	P	S	W	G	G	G	Y	G	N	I	F	Q	D	E	R	D	V	K	F	M	V	I	A	P	F
Query Conservation
Alig confidence		.																					.	.	.	.	.
Template Conservation		.																					.	.	.	.	.
Template Sequence		.	K	N	X	N	V	W	V	D	Y	R	F	N	L	L	D	E	N	D	Y	S	.	.	.	.	.	S	S	Y	V	G	T	D	D	Q	A	A	V	G	I	T	Y	Q	F
Template Known Secondary structure		.	S	S																S	S		.	.	.	.	.	T	T	T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure		.																					.	.	.	.	.
Template SS confidence
			304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.						.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.