Job Description P75733 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:13:33 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 381 % Identity 14% Template c3jtyB_ PDB info PDB header:transport protein Chain: B: PDB Molecule:benf-like porin; PDBTitle: crystal structure of a benf-like porin from pseudomonas fluorescens2 pf-5 Resolution 2.58 Å

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		34	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	F	I	D	D	S	T	L	T	G	G	I	Y	Y	W	Q	R	E	R	D	R	K	D	V	T	D	G	D	K	Y	K	T	N	L	S	H	S	T	W	N	A	N	L	D	F	Q	S	G	Y	A	A	D	M	F	G	L	D	I	A	A	F	T	A	I	E	M	A	E	N	G	D	S	S	H	P	N	E	I	A	F
Query Conservation
Alig confidence																														.	.	.																																																	.
Template Conservation																														.	.	.																																																	.
Template Sequence		G	F	L	E	D	A	Q	A	N	L	T	L	R	N	F	Y	F	N	R	N	F	T	N	P	T	K	A	Q	.	.	.	G	K	A	E	E	W	T	Q	S	F	I	L	D	A	K	S	G	F	T	Q	G	T	V	G	F	G	M	D	V	L	G	L	Y	S	L	K	L	D	G	G	K	G	T	G	G	T	Q	L	.
Template Known Secondary structure			T	T	T	T																			T	T	S	S		.	.	.																				S	S	S																			T	T	S			S	S	S	.
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.																																																	.
Template SS confidence
		32	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.				60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.
		114	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	K	S	N	K	A	Y	D	E	D	W	S	G	D	K	S	G	I	S	L	Y	K	A	A	A	K	F	K	Y	G	P	V	W	A	R	A	G	Y	I	Q	P	T	G	Q	T	L	L	A	P	H	W	S	F	M	P	G	T	Y	Q	G	A	E	A	G	A	N	F	D	Y	G	D	A	G	A	L	S	F	S	Y	M
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	L	P	A	D	N	F	G	R	L	G	V	A	F	K	A	R	L	S	Q	T	E	V	K	V	G	E	W	M	P	V	L	P	I	L	R	S	D	D	G	R	S	L	P	Q	T	F	R	G	G	Q	I	T	S	K	.	.	.	.	E	I	A	G	L	T	L	Y	G	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S					S														T	T													T	T						S	S	S	S													.	.	.	.		S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.
Template SS confidence
												108	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.					.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
		194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.		.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.		.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
Predicted Secondary structure																				.																							.
Query SS confidence																				.																							.
Query Sequence		W	T	N	E	Y	K	A	P	W	H	L	E	M	D	E	F	Y	Q	.	N	D	K	T	T	K	V	D	Y	L	H	S	F	G	A	K	Y	D	F	K	N	N	.	F	V	L	E	A	A	F	G	Q	A	E	G	Y	I	D	Q	Y	F	A	K	A	S	Y	K	F	D	I	A	G	S	P	L	T	T	S	Y	Q	F
Query Conservation																				.																							.
Alig confidence																				.																							.
Template Conservation
Template Sequence		Q	F	R	A	N	S	P	R	D	D	S	S	M	S	D	M	S	M	F	G	K	A	A	F	T	S	D	R	F	N	F	Q	G	A	E	Y	A	F	N	D	K	R	T	Q	I	A	L	W	N	A	Q	L	K	D	I	Y	S	Q	Q	F	I	N	L	I	H	S	Q	P	L	G	D	W	T	L	G	A	N	L	G	F
Template Known Secondary structure									T	T		S	S		B					T	T							S												T	T	T	T											T	T	T															S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	G	T	R	D	K	V	D	D	R	S	V	N	D	L	Y	D	G	T	A	W	L	Q	A	L	T	F	G	Y	R	A	A	D	V	V	D	L	R	L	E	G	T	W	V	K	A	D	G	Q	Q	G	Y	F	L	Q	R	M	T	P	T	Y	A	S	S	N	G	R	L	D	I	W	W	D	N	R	S	D	F	N	A
Query Conservation
Alig confidence																													.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	Y	G	K	E	D	G	S	A	R	A	G	D	M	E	N	R	T	W	S	G	L	F	S	A	K	Y	.	.	.	.	.	G	G	N	T	F	Y	V	G	L	Q	K	L	T	G	D	S	A	W	M	R	V	.	.	.	.	.	.	.	.	N	G	T	S	G	G	T	L	A	N	D	S	Y	N	A	S	Y	D	N
Template Known Secondary structure								T	T		T	T																	.	.	.	.	.	T	T													S	S					B	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T				T	T	S	T	T			S	S					S
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.						.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.									.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	G	E	K	A	V	F	F	G	A	M	Y	D	L	K	N	W	N	L	P	G	F	A	I	G	A	S	Y	V	Y	A	W	D	A	K	P	A	T	W	Q	S	N	P	D	A	Y	Y	D	K	N	R	T	I	E	E	S	A	Y	S	L	D	A	V	Y	T	I	Q	D	G	R	A	K	G	T	M	F	K	L	H	F
Query Conservation
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	K	E	K	S	W	Q	V	R	H	D	Y	N	F	A	A	L	G	V	P	G	L	T	L	M	N	R	Y	I	S	G	S	N	V	H	T	A	T	V	S	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	W	G	R	E	S	E	V	A	Y	T	V	Q	S	G	T	L	K	N	L	N	L	K	W	R	N
Template Known Secondary structure		T	T												T	T	T	T	T		T	T																T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															S	S	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		326	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.												.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
		432	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	E	Y	D	N	H	S	D	I	P	S	W	G	G	G	Y	G	N	I	F	Q	D	E	R	D	V	K	F	M	V	I	A	P	F	T	I
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	T	M	R	R	D	F	S	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	E	F	D	E	N	R	L	I	I	S	Y	P	L	S	L
Template Known Secondary structure							S	S		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		395	.	.	.	.	400	.	.	.												.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.