Job Description P75733 Confidence 63.02% Date Thu Jan 5 12:13:33 GMT 2012 Rank 20 Aligned Residues 300 % Identity 15% Template c3a2rX_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: X: PDB Molecule:outer membrane protein ii; PDBTitle: crystal structure of outer membrane protein porb from neisseria2 meningitidis Resolution 2.30 Å

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		39	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	T	L	T	G	G	I	Y	Y	W	Q	R	E	R	D	R	K	D	V	T	D	G	D	K	Y	K	T	N	L	S	H	S	T	W	N	A	N	L	D	F	Q	S	G	Y	A	A	D	M	F	G	L	D	I	A	A	F	T	A	I	E	M	A	E	N	G	D	S	S	H	P	N	E	I	A	F	S	K	S	N	K
Query Conservation
Alig confidence																																															.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	T	I	K	A	G	V	E	V	S	R	V	K	D	A	G	T	Y	K	A	Q	G	G	K	S	K	T	A	T	Q	I	A	D	F	G	S	K	I	G	F	K	G	Q	E	D	.	.	.	L	G	N	G	M	K	A	I	W	Q	L	E	Q	K	A	S	I	A	G	T	N	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																T	T	T			S	G	G	G	B																						.	.	.		S	S	S													T	T	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50				.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.
		119	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.									.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.										.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	Y	D	E	D	W	S	G	D	K	S	G	I	S	L	Y	K	A	A	A	K	F	K	Y	G	P	V	W	A	R	A	G	Y	I	Q	P	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	T	L	L	A	P	H	W	S	F	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	G	T	Y	Q	G	A	E	A	G	A	N	F	D
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																			.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	G	N	R	Q	S	F	I	G	L	K	G	G	F	G	T	V	R	A	G	N	L	N	T	V	L	K	D	S	G	D	N	V	N	A	W	E	S	G	S	N	T	E	D	V	L	G	L	G	T	I	G	R	V	E	S	R	E	I	S	V	R	Y	D	S	P	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S		S	S								T	T																G	G	G	T							G	G	G	T	T	T	T	S						T	T													.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																			.	.
Template SS confidence
														74	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	G	D	A	G	A	L	S	F	S	Y	M	W	T	N	E	Y	K	A	P	W	H	L	E	M	D	E	F	Y	Q	N	D	K	T	T	K	V	D	Y	L	H	S	F	G	A	K	Y	D	F	K	N	N	F	V	L	E	A	A	F	G	Q	A	E	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																																.	.	.	.	.	.										.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.																																.	.	.	.	.	.										.
Template Sequence		.	.	V	F	A	G	F	S	G	S	V	Q	Y	V	P	R	D	N	A	N	D	V	D	K	Y	K	H	T	K	S	S	R	E	.	.	.	.	.	.	S	Y	H	A	G	L	K	Y	E	.	N	A	G	F	F	G	Q	Y	A	G	S	F	A	K	Y	A	D	L	N	T	D	A	E	R	V	A	V	N	T	A	N
Template Known Secondary structure		.	.		B	T	T															S	T	T	S	S	S	T	T	S					.	.	.	.	.	.										.		T	T																	T	T	S		B			T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.																																.	.	.	.	.	.										.
Template SS confidence
				140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170							.	.	.	.	.	.	.	.	.		180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210
						247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	I	D	Q	Y	F	A	K	A	S	Y	K	F	D	I	A	G	S	P	L	T	T	S	Y	Q	F	Y	G	T	R	D	K	V	D	D	R	S	V	N	D	L	Y	D	G	T	A	W	L	Q	A	L	T	F	G	Y	R	A	A	D	V	V	D	L	R	L	E	G	T	W	V	K	A	D	G	Q	Q	G
Query Conservation		.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																																																							.	.	.
Template Conservation																																																												.	.	.
Template Sequence		A	H	P	V	K	D	Y	Q	V	H	R	V	V	A	G	Y	D	A	N	D	L	Y	V	S	V	A	G	Q	Y	E	A	A	K	N	N	E	V	G	S	I	K	G	K	K	H	E	Q	T	Q	V	A	A	T	A	A	Y	R	F	.	.	.	G	N	V	T	P	R	V	S	Y	A	H	G	F	K	A	K	V	N	G
Template Known Secondary structure																				T	T																S	S	S	T	T	T	T																B	.	.	.	T	T																T	T
Template Predicted Secondary structure																																																												.	.	.
Template SS confidence
		211	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.				.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	F	L	Q	R	M	T	P	T	Y	A	S	S	N	G	R	L	D	I	W	W	D	N	R	S	D	F	N	A	N	G	E	K	A	V	F	F	G	A	M	Y	D	L	K	N	W	N	L	P	G	F	A	I	G	A	S	Y	V	Y	A	W	D	A	K	P	A	T	W	Q	S	N	P	D	A	Y	Y	D	K	N	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	K	D	A	N	Y	Q	Y	D	Q	V	I	V	G	A	D	Y	D	F	S	.	.	.	.	K	R	T	S	A	L	V	S	A	G	W	L	K	Q	G	K	G	A	G	K	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				G	G	G													S	S	.	.	.	.	S	S													S	S	T	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																										288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.					.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	I	E	E	S	A	Y	S	L	D	A	V	Y	T	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.
Template Conservation		.	.
Template Sequence		.	.	E	Q	T	A	S	M	V	G	L	R	H	K	F
Template Known Secondary structure		.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.
Template SS confidence
				329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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