Job Description P75733 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:13:33 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 360 % Identity 18% Template c2y0hA_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:probable porin; PDBTitle: crystal structure of pseudomonas aeruginosa opdl Resolution 2.20 Å

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		36	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	D	D	S	T	L	T	G	G	I	Y	Y	W	Q	R	E	R	D	R	K	D	V	T	D	G	D	K	Y	K	T	N	L	S	H	S	T	W	N	A	N	L	D	F	Q	S	G	Y	A	A	D	M	F	G	L	D	I	A	A	F	T	A	I	E	M	A	E	N	G	D	S	S	H	P	N	E	I	A	F	S	K
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	A	D	S	S	A	H	L	D	L	R	N	F	Y	Q	L	R	D	Y	R	Q	S	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	A	G	N	W	S	Q	G	F	V	L	R	L	Q	S	G	F	T	G	G	P	L	G	F	G	L	D	A	T	G	L	L	G	V	K	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T																				.	.	.	.	.	.	.	.																			S	S	S																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.									.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60
		116	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	N	K	A	Y	D	E	D	W	S	G	D	K	S	G	I	S	L	Y	K	A	A	A	K	F	K	Y	G	P	V	W	A	R	A	G	Y	I	Q	P	T	G	Q	T	L	L	A	P	H	W	S	F	M	P	G	T	Y	Q	G	A	E	A	G	A	N	F	D	Y	G	D	A	G	A	L	S	F	S	Y	M	W	T
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	D	D	Y	S	H	L	G	L	T	A	K	L	R	Y	S	Q	T	Q	L	Q	V	G	I	L	M	P	Q	L	P	V	A	F	R	D	D	V	R	L	L	P	Q	T	F	D	G	A	L	L	T	S	S	.	.	.	.	E	I	E	G	L	T	L	T	A	G	Q	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	T	T													T	T						S	S	S	S													.	.	.	.		S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.
Template SS confidence
													86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.					.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150
		196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.		.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.
Query SS confidence																																																																						.
Query Sequence		N	E	Y	K	A	P	W	H	L	E	M	D	E	F	Y	Q	N	D	K	T	T	K	V	D	Y	L	H	S	F	G	A	K	Y	D	F	K	N	N	F	V	L	E	A	A	F	G	Q	A	E	G	Y	I	D	Q	Y	F	A	K	A	S	Y	K	F	D	I	A	G	S	.	P	L	T	T	S	Y	Q	F	Y	G	T
Query Conservation																																																																						.
Alig confidence																.																																																						.
Template Conservation																.
Template Sequence		W	K	S	R	T	R	E	S	D	D	M	Y	I	M	.	G	R	D	K	A	H	A	S	D	E	F	N	L	A	G	A	T	Y	A	F	T	P	R	L	S	A	S	Y	Y	Y	G	Q	L	K	D	I	Y	R	Q	H	Y	L	G	L	L	H	T	L	P	L	G	E	G	L	S	L	R	S	D	L	R	Y	F	D	S
Template Known Secondary structure												B		B	T	.	T	S		T	T	S		B	S											S	S	S	S											T	T	T															S	T	T
Template Predicted Secondary structure																.
Template SS confidence
		151	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.		.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		275	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	D	K	V	D	D	R	S	V	N	D	L	Y	D	G	T	A	W	L	Q	A	L	T	F	G	Y	R	A	A	D	V	V	D	L	R	L	E	G	T	W	V	K	A	D	G	Q	Q	G	Y	F	L	Q	R	M	T	P	T	Y	A	S	S	N	G	R	L	D	I	W	W	D	N	R	S	D	F	N	A	N	G	E
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	E	D	G	A	A	I	S	G	P	V	D	N	R	N	L	N	A	M	L	T	L	R	A	.	.	.	.	.	G	A	H	A	F	G	I	G	V	Q	K	M	I	G	N	D	A	F	P	V	L	.	.	.	.	.	.	.	.	N	G	Y	T	T	P	Y	V	A	N	L	M	A	Y	Q	T	F	T	R	P	Q	E
Template Known Secondary structure					T	T		T	T																	.	.	.	.	.	T	T												S	S	S					B	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T		B				T	T			S	S			S		S	T	T
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.						.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.									.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		355	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	A	V	F	F	G	A	M	Y	D	L	K	N	W	N	L	P	G	F	A	I	G	A	S	Y	V	Y	A	W	D	A	K	P	A	T	W	Q	S	N	P	D	A	Y	Y	D	K	N	R	T	I	E	E	S	A	Y	S	L	D	A	V	Y	T	I	Q	D	G	R	A	K	G	T	M	F	K	L	H	F	T	E	Y
Query Conservation
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	S	W	Q	L	R	Y	D	Y	D	F	A	G	L	G	L	P	G	L	N	L	M	T	R	Y	V	Q	G	R	D	I	D	R	G	A	G	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	S	E	W	E	R	N	T	D	L	S	Y	V	I	Q	S	G	P	L	K	S	V	A	L	K	W	R	N	I	T	Y
Template Known Secondary structure													T	T	T	T		T	T																S	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	S	S	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.											.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		435	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	N	H	S	D	I	P	S	W	G	G	G	Y	G	N	I	F	Q	D	E	R	D	V	K	F	M	V	I	A	P	F	T	I	F
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	S	R	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	L	D	E	N	R	F	I	V	N	Y	T	L	K	L	W
Template Known Secondary structure				S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		370	.	.	.	.													.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.