Job Description P75733 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:13:33 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 365 % Identity 18% Template c2qtkB_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: B: PDB Molecule:probable porin; PDBTitle: crystal structure of the outer membrane protein opdk from2 pseudomonas aeruginosa Resolution 2.80 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		35	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	I	D	D	S	T	L	T	G	G	I	Y	Y	W	Q	R	E	R	D	R	K	D	V	T	D	G	D	K	Y	K	T	N	L	S	H	S	T	W	N	A	N	L	D	F	Q	S	G	Y	A	A	D	M	F	G	L	D	I	A	A	F	T	A	I	E	M	A	E	N	G	D	S	S	H	P	N	E	I	A	F	S
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	L	E	D	A	K	T	D	L	V	L	R	N	Y	Y	F	N	R	D	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	V	D	E	W	A	Q	G	F	I	L	K	F	S	S	G	Y	T	P	G	T	V	G	V	G	L	D	A	I	G	L	F	G	V	K	L	N	N	S	E	L	L	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S	S																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			S	S	S	S																		S	S	S	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.												.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.
		115	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	S	N	K	A	Y	D	E	D	W	S	G	D	K	S	G	I	S	L	Y	K	A	A	A	K	F	K	Y	G	P	V	W	A	R	A	G	Y	I	Q	P	T	G	Q	T	L	L	A	P	H	W	S	F	M	P	G	T	Y	Q	G	A	E	A	G	A	N	F	D	Y	G	D	A	G	A	L	S	F	S	Y	M	W
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	H	A	A	D	N	Y	G	R	V	G	V	A	A	K	L	R	V	S	A	S	E	L	K	I	G	E	M	L	P	D	I	P	L	L	R	Y	D	D	G	R	L	L	P	Q	T	F	R	G	F	A	V	V	S	R	.	.	.	.	E	L	P	G	L	A	L	Q	A	G	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.						S														S	S													T	T						S	S	S	S													.	.	.	.		S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.
Template SS confidence
											81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.					.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.
		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.		.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.		.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.
Predicted Secondary structure																			.																					.
Query SS confidence																			.																					.
Query Sequence		T	N	E	Y	K	A	P	W	H	L	E	M	D	E	F	Y	Q	.	N	D	K	T	T	K	V	D	Y	L	H	S	F	G	A	K	Y	D	F	K	.	N	N	F	V	L	E	A	A	F	G	Q	A	E	G	Y	I	D	Q	Y	F	A	K	A	S	Y	K	F	D	I	A	G	S	P	L	T	T	S	Y	Q	F	Y
Query Conservation																			.																					.
Alig confidence																			.																					.
Template Conservation
Template Sequence		F	D	A	V	S	L	R	N	S	A	D	M	Q	D	L	S	A	W	S	A	P	T	Q	K	S	D	G	F	N	Y	A	G	A	E	Y	R	F	N	R	E	R	T	Q	L	G	L	W	H	G	Q	L	E	D	V	Y	R	Q	S	Y	A	N	L	L	H	K	Q	R	V	G	D	W	T	L	G	A	N	L	G	L	F
Template Known Secondary structure								T	T		S	S		B				B	T	T		T	T	S			S												T	T	T	T											T	T	T															T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	T	R	D	K	V	D	D	R	S	V	N	D	L	Y	D	G	T	A	W	L	Q	A	L	T	F	G	Y	R	A	A	D	V	V	D	L	R	L	E	G	T	W	V	K	A	D	G	Q	Q	G	Y	F	L	Q	R	M	T	P	T	Y	A	S	S	N	G	R	L	D	I	W	W	D	N	R	S	D	F	N	A	N
Query Conservation
Alig confidence																												.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	D	R	D	D	G	A	A	R	A	G	E	I	D	S	H	T	V	Y	G	L	F	S	A	G	I	.	.	.	.	.	G	L	H	T	F	Y	L	G	L	Q	K	V	G	G	D	S	G	W	Q	S	V	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	S	S	G	R	S	M	G	N	D	M	F	N	G	N	F	T	N	A
Template Known Secondary structure							T	T		T	T																	.	.	.	.	.	T	T													S	S					B	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T			G	G	G	S	T	T		B	T	T	B				S	B
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.						.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.									.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	E	K	A	V	F	F	G	A	M	Y	D	L	K	N	W	N	L	P	G	F	A	I	G	A	S	Y	V	Y	A	W	D	A	K	P	A	T	W	Q	S	N	P	D	A	Y	Y	D	K	N	R	T	I	E	E	S	A	Y	S	L	D	A	V	Y	T	I	Q	D	G	R	A	K	G	T	M	F	K	L	H	F	T
Query Conservation
Alig confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	E	R	S	W	Q	V	R	Y	D	Y	D	F	V	G	L	G	W	P	G	L	I	G	M	V	R	Y	G	H	G	S	N	A	T	T	K	A	G	S	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	W	E	R	D	V	E	L	G	Y	T	V	Q	S	G	P	L	A	R	L	N	V	R	L	N	H	A
Template Known Secondary structure		T												G	G	G	G	T		T	T														B		S	S		S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															S	S	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.												340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	Y	D	N	H	S	D	I	P	S	W	G	G	G	Y	G	N	I	F	Q	D	E	R	D	V	K	F	M	V	I	A	P	F	T
Query Conservation
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	N	R	R	S	F	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	F	D	Q	T	R	L	V	V	S	Y	P	L	S
Template Known Secondary structure						S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		368	.	370	.	.	.	.													.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.