Job Description P75733 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:13:33 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 373 % Identity 21% Template c2odjA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:porin d; PDBTitle: crystal structure of the outer membrane protein oprd from pseudomonas2 aeruginosa Resolution 2.90 Å

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		23	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	F	M	A	M	P	E	A	R	A	E	G	F	I	D	D	S	T	L	T	G	G	I	Y	Y	W	Q	R	E	R	D	R	K	D	V	T	D	G	D	K	Y	K	T	N	L	S	H	S	T	W	N	A	N	L	D	F	Q	S	G	Y	A	A	D	M	F	G	L	D	I	A	A	F	T	A	I	E	M	A	E	N
Query Conservation
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
Template Sequence		G	X	F	V	S	D	Q	A	E	A	K	G	F	I	E	D	S	S	L	D	L	L	L	R	N	Y	Y	F	N	R	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	R	V	D	W	T	Q	G	F	L	T	T	Y	E	S	G	F	T	Q	G	T	V	G	F	G	V	D	A	F	G	Y	L	G	L	K	L	.
Template Known Secondary structure				S				T	T	S				S	S	S	B																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			S	S	S																.
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.												.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.
		103	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	D	S	S	H	P	N	E	I	A	F	S	K	S	N	K	A	Y	D	E	D	W	S	G	D	K	S	G	I	S	L	Y	K	A	A	A	K	F	K	Y	G	P	V	W	A	R	A	G	Y	I	Q	P	T	G	Q	T	L	L	A	P	H	W	S	F	M	P	G	T	Y	Q	G	A	E	A	G	A	N	F	D	Y
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	T	D	Y	S	R	A	G	G	A	V	K	V	R	I	S	K	T	X	L	K	W	G	E	X	Q	P	T	A	P	V	F	A	A	G	G	S	R	L	F	P	Q	T	A	T	G	F	Q	L	Q	S	S	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	T	T												S	T	T	B						S	S	S													.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.
Template SS confidence
																										74	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.
		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
Predicted Secondary structure																																																																																	.
Query SS confidence																																																																																	.
Query Sequence		G	D	A	G	A	L	S	F	S	Y	M	W	T	N	E	Y	K	A	P	W	H	L	E	M	D	E	F	Y	Q	N	D	K	T	T	K	V	D	Y	L	H	S	F	G	A	K	Y	D	F	K	N	N	F	V	L	E	A	A	F	G	Q	A	E	G	Y	I	D	Q	Y	F	A	K	A	S	Y	K	F	D	I	A	.
Query Conservation																																																																																	.
Alig confidence		.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.
Template Conservation		.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	E	F	E	G	L	D	L	E	A	G	H	F	T	E	E	L	Y	A	T	Y	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	T	A	K	S	A	D	F	I	G	G	R	Y	A	I	T	D	N	L	S	A	S	L	Y	G	A	E	L	E	D	I	Y	R	Q	Y	Y	L	N	S	N	Y	T	I	P	L	A	S
Template Known Secondary structure		.		S	T	T															T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S											S	S	S	S											T	T	T																T
Template Predicted Secondary structure		.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.											.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	S	P	L	T	T	S	Y	Q	F	Y	G	T	R	D	K	V	D	D	R	S	V	N	D	L	Y	D	G	T	A	W	L	Q	A	L	T	F	G	Y	R	A	A	D	V	V	D	L	R	L	E	G	T	W	V	K	A	D	G	Q	Q	G	Y	F	L	Q	R	M	T	P	T	Y	A	S	S	N	G	R	L	D	I
Query Conservation
Alig confidence																																							.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	Q	S	L	G	F	D	F	N	I	Y	R	T	N	D	E	G	K	A	K	A	G	D	I	S	N	T	T	W	S	L	A	A	A	Y	T	L	.	.	.	.	.	D	A	H	T	F	T	L	A	Y	Q	K	V	H	G	D	Q	P	F	D	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	F	G	S	I	F	L	A
Template Known Secondary structure		T																T	T		S	S																	.	.	.	.	.	T	T												S	S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.							S	S	T
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.						.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.										.	.	.	.	.	.	.	290	.
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.			.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.	.
Query SS confidence																																																										.	.
Query Sequence		W	W	D	N	R	S	D	F	N	A	N	G	E	K	A	V	F	F	G	A	M	Y	D	L	K	N	W	N	L	P	G	F	A	I	G	A	S	Y	V	Y	A	W	D	A	K	P	A	T	W	Q	S	N	P	D	A	Y	.	.	Y	D	K	N	R	T	I	E	E	S	A	Y	S	L	D	A	V	Y	T	I	Q	D
Query Conservation																																																										.	.
Alig confidence																																																										.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	S	V	Q	Y	S	D	F	N	G	P	G	E	K	S	W	Q	A	R	Y	D	L	N	L	A	S	Y	G	V	P	G	L	T	F	X	V	R	Y	I	N	G	K	D	I	D	G	T	K	X	S	D	N	N	V	G	Y	K	N	Y	G	Y	G	E	D	G	K	H	H	E	T	N	L	E	A	K	Y	V	V	Q	S
Template Known Secondary structure		T			S	S						T	T												T	T	S	S	S		T	T																T	T			S	S		T	T	T	S	S	S				S	S																S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
		420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	R	A	K	G	T	M	F	K	L	H	F	T	E	Y	D	N	H	S	D	I	P	S	W	G	G	G	Y	G	N	I	F	Q	D	E	R	D	V	K	F	M	V	I	A	P	F	T	I	F
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	P	A	K	D	L	S	F	R	I	R	Q	A	W	H	R	A	N	A	D	Q	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	Q	N	E	F	R	L	I	V	D	Y	P	L	S	I	L
Template Known Secondary structure		S	T	T	T	T														T	T	T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	B
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.										.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420