Job Description P75733 Confidence 95.43% Date Thu Jan 5 12:13:33 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 352 % Identity 11% Template c2o4vA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:porin p; PDBTitle: an arginine ladder in oprp mediates phosphate specific transfer across2 the outer membrane Resolution 1.94 Å

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		40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	L	T	G	G	I	Y	Y	W	Q	R	E	R	D	R	K	D	V	T	D	G	D	K	Y	K	T	N	L	S	H	S	T	W	N	A	N	L	D	F	Q	S	G	Y	A	A	D	M	F	G	L	D	I	A	A	F	T	A	I	E	M	A	E	N	G	D	S	S	H	P	N	E	I	A	F	S	K	S	N	K	A
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.																						.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.																						.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	L	G	G	R	L	Q	A	D	Y	G	R	F	D	G	Y	Y	T	N	N	G	N	.	.	.	T	A	D	A	A	Y	F	R	R	A	Y	L	E	F	G	G	T	A	Y	R	D	.	W	K	Y	Q	I	N	Y	D	L	S	R	N	V	G	N	D	S	A	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																	T	T	B	S	S	S	S	.	.	.																			T	T	T	.									T	T			S	S	B	T	T	T	B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.																						.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.				.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.		.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.
		120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.		.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.
Query SS confidence																											.
Query Sequence		Y	D	E	D	W	S	G	D	K	S	G	I	S	L	Y	K	A	A	A	K	F	K	Y	G	P	.	V	W	A	R	A	G	Y	I	Q	P	T	G	Q	T	L	L	A	P	H	W	S	F	M	P	G	T	Y	Q	G	A	E	A	G	A	N	F	D	Y	G	D	A	G	A	L	S	F	S	Y	M	W	T	N	E	Y
Query Conservation																											.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	E	A	S	V	T	Y	T	G	F	N	P	V	N	L	K	F	G	R	F	Y	T	D	F	G	L	E	K	A	T	S	S	K	W	V	T	A	L	E	R	N	L	T	Y	D	I	A	D	W	V	N	D	N	V	G	T	G	I	Q	A	S	S	V	V	G	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T	T	T	T	S																	S		T	T	T		S	S	S	S			G	G	G	G	G	S	G	G	G	G			S											T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
															93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		199	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.			230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.									.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	A	P	W	H	L	E	M	D	E	F	Y	Q	N	D	K	T	T	K	V	D	Y	L	H	S	F	G	A	K	Y	D	.	.	F	K	N	N	F	V	L	E	A	A	F	G	Q	A	E	G	Y	I	D	Q	Y	F	A	K	A	S	Y	K	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	I	A	G	S	P	L	T	T	S
Query Conservation																																	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	A	F	L	S	G	S	V	F	S	E	N	N	N	D	T	D	G	D	S	V	K	R	Y	N	L	R	G	V	F	A	P	L	H	E	P	G	N	V	V	H	L	G	L	Q	Y	A	Y	R	D	L	E	D	S	A	V	D	T	R	I	R	P	R	M	G	M	R	G	V	S	T	N	G	G	N	D	A	G	S	N
Template Known Secondary structure		T														B	T	T	S																		T	T															T	T	B						B				T	T		G	G	G	S		S	S	B				G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		269	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	Q	F	Y	G	T	R	D	K	V	D	D	R	S	V	N	D	L	Y	D	G	T	A	W	L	Q	A	L	T	F	G	Y	R	A	A	D	V	V	D	L	R	L	E	G	T	W	V	K	A	D	G	Q	Q	G	Y	F	L	Q	R	M	T	P	T	Y	A	S	S	N	G	R	L	D	I	W	W	D	N	R	S	D
Query Conservation
Alig confidence																																.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	N	R	G	L	F	G	G	S	S	A	V	E	G	L	W	K	D	D	S	V	W	G	L	E	G	A	W	A	L	.	.	.	.	.	G	A	F	S	A	Q	A	E	Y	L	R	R	T	V	K	A	E	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		B						B						T	T	S																.	.	.	.	.	T	T																T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.						270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
		349	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	N	A	N	G	E	K	A	V	F	F	G	A	M	Y	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	N	W	N	L	P	G	F	A	I	G	A	S	Y	V	Y	A	W	D	A	K	P	A	T	W	Q	S	N	P	D	A	Y	Y	D	K	N	R	T	I	E	E	S	A	Y
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.
Template Sequence		R	E	D	L	K	A	S	G	Y	Y	A	Q	L	A	Y	T	L	T	G	E	P	R	L	Y	K	L	D	G	A	K	F	D	T	I	K	P	E	N	K	E	I	G	A	W	E	L	F	Y	R	Y	D	S	I	K	V	E	D	D	N	I	V	V	D	S	.	.	.	A	T	R	E	V	G	D	A	K	G	K	T	H
Template Known Secondary structure																		T	T								T	T	T	T								S		T	T	T																	T	T			S			.	.	.	S	S	B		S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.
Template SS confidence
		289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.				.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
		410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	L	D	A	V	Y	T	I	Q	D	G	R	A	K	G	T	M	F	K	L	H	F	T	E	Y	D	N	H	S	D	I	P	S	W	G	G	G	Y	G	N	I	F	Q	D	E	R	D	V	K	F	M	V	I	A	P	F
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	L	G	V	N	W	Y	A	N	.	.	.	.	E	A	V	K	V	S	A	N	Y	V	K	A	K	T	D	K	I	S	N	A	N	G	D	.	.	.	.	.	.	D	S	G	D	G	L	V	M	R	L	Q	Y	V	F
Template Known Secondary structure										S	.	.	.	.	S	S														S	B			T	T			.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		366	.	.	.	370	.	.	.	.					.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.							.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.