Job Description P24230 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:41:25 GMT 2012 Rank 17 Aligned Residues 328 % Identity 22% Template c3tmiA_ PDB info PDB header:hydrolase/rna Chain: A: PDB Molecule:atp-dependent rna helicase ddx58; PDBTitle: structural basis for rna recognition and activation of rig-i Resolution 2.90 Å

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		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.						.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340
Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																					.	.	.	.	.
Query Sequence		P	F	K	P	T	G	A	Q	A	R	V	V	A	E	I	E	R	D	M	A	L	D	V	P	M	M	R	L	V	Q	G	D	V	G	S	G	K	T	L	V	A	A	L	A	A	L	R	A	I	A	H	.	.	.	.	.	G	K	Q	V	A	L	M	A	P	T	E	L	L	A	E	Q	H	A	N	N	F	R	N	W
Query Conservation																																																					.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	F	K	P	R	N	Y	Q	L	E	L	A	L	P	A	M	.	.	.	.	.	.	K	G	K	N	T	I	I	C	A	P	T	G	C	G	K	T	F	V	S	L	L	I	C	E	H	H	L	K	K	F	P	Q	G	Q	K	G	K	V	V	F	F	A	N	Q	I	P	V	Y	E	Q	Q	K	S	V	F	S	K	Y
Template Known Secondary structure												T	T					.	.	.	.	.	.	T	T									T	T	S																T	S		T	T										S	S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.							.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
		341	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.							.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	A	P	L	G	I	E	V	G	W	L	A	G	K	Q	K	G	K	A	R	L	A	Q	Q	E	A	I	A	S	G	Q	V	Q	M	I	V	G	T	H	A	I	F	Q	E	Q	V	Q	.	.	.	.	.	.	F	N	G	L	A	L	V	I	I	D	E	Q	H	R	F	G	V	H	Q	R	L	A	L	W	E	K	G
Query Conservation																																																	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.
Template Sequence		F	E	R	H	G	Y	R	V	T	G	I	S	G	A	T	A	E	N	V	P	V	E	Q	I	V	E	.	.	.	.	N	N	D	I	I	I	L	T	P	Q	I	L	V	N	N	L	K	K	G	T	I	P	S	L	S	I	F	T	L	M	I	F	D	E	C	H	N	T	S	K	Q	H	P	Y	N	M	I	M	F	N
Template Known Secondary structure			T	T	T	T								T	T	T		S	S	S								.	.	.	.	T		S															T	T	S	S			G	G	G		S						T	G	G	G	S	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.
Template SS confidence
		314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.					340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		415	.								.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.												.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.							.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	Q	.	.	.	.	.	.	.	Q	G	F	H	P	H	Q	L	I	M	T	A	T	P	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	T	L	A	M	T	A	Y	A	D	L	D	T	S	V	I	D	E	L	.	.	.	.	.	.	P	P	G	R	T	P	V	T	T	V	A	I	P	D	T	R	R	T	D
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	L	D	Q	K	L	G	G	S	S	G	P	L	P	Q	V	I	G	L	T	A	S	V	G	V	G	D	A	K	N	T	D	E	A	L	D	Y	I	C	K	L	C	A	S	L	D	A	S	V	I	A	T	V	K	H	N	L	E	E	L	E	Q	V	V	Y	K	P	Q	K	F	F	R	K	V	E	S	R	I	S	D
Template Known Secondary structure						T	T	S	S			S										S					T	T		S	S															T	T		S							S							T	T	S														S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	I	D	R	V	H	H	A	C	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	F	K	Y	I	I	A	Q	L	M	R	D	T	E	S	L	A	K	R	I	C	K	D	L	E	N	F	G	T	Q	K	Y	E	Q	W	I	V	T	V	Q	K	A	C	M	V	D	K	D	E	E	S	R	I	C	K	A	L	F	L	Y	T	S	H	L	R	K	Y	N	D	A	L	I	I	S	E	H	A	R	M	K
Template Known Secondary structure		T																					S							S													G	G	G				S	S		T																										S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																																																	481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	E	G	R	Q	A	Y	W	V	C	T	L	I	E	E	S	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.
Template Conservation																																																																																.	.
Template Sequence		D	A	L	D	Y	L	K	D	F	F	S	N	V	R	A	A	G	F	D	E	I	E	Q	D	L	T	Q	R	F	E	E	K	L	Q	E	L	E	S	V	S	R	D	P	S	N	E	N	P	K	L	E	D	L	C	F	I	L	Q	E	E	Y	H	L	N	P	E	T	I	T	I	L	F	V	K	T	R	A	L	.	.
Template Known Secondary structure															T	T	T											T	T	S	S	S							S	S	S	S		S	S				T	T																T	T								S					.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Template SS confidence
		562	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		498	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.											.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	L	E	A	Q	A	A	E	A	T	W	E	E	L	K	L	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	E	L	N	V	G	L	V	H	G	R	M	K	P	A	E	K	Q	A	V	M	A	S	F	K	Q	G	E	L	H	L	L	V	A	T	T	V	I	E	V	G	V	D	V	P	N	A	S	L	M	I	I
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																																																		.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	V	D	A	L	K	N	W	I	E	G	N	P	K	L	S	F	L	K	P	G	I	L	T	G	R	G	K	T	N	Q	N	T	G	M	T	L	P	A	Q	K	C	I	L	D	A	F	K	A	D	.	H	N	I	L	I	A	T	S	V	A	D	E	G	I	D	I	A	Q	C	N	L	V	I	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.										S	S	T	T			S									S				S	S	S														T	S				.		S										S								S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																																		.
Template SS confidence
								640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.		.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.
		568	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	N	P	E	R	L	G	L	A	Q	L	H	Q	L	R	G	R	V	G	R	G	A	V	A	S	H	C	V	L	L	Y	K	T	P	L	S	K	T	A	Q	I	R	L	Q	V	L	R	D
Query Conservation
Alig confidence							.																	.	.
Template Conservation							.																	.	.
Template Sequence		Y	E	Y	V	G	.	N	V	I	K	M	I	Q	T	R	G	R	G	R	A	R	G	.	.	S	K	C	F	L	L	T	S	N	A	G	V	I	E	K	E	Q	I	N	M	Y	K	E	K
Template Known Secondary structure			S				.									T	T	S	S		S	S		.	.								S	S	S
Template Predicted Secondary structure							.																	.	.
Template SS confidence
		715	.	.	.	.		720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.			.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.