Job Description P24230 Confidence 99.73% Date Thu Jan 5 11:41:25 GMT 2012 Rank 113 Aligned Residues 293 % Identity 18% Template c2vsfA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:dna repair helicase rad3 related protein; PDBTitle: structure of xpd from thermoplasma acidophilum Resolution 2.9 Å

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		291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.		.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.																.
Predicted Secondary structure																							.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	R	L	V	Q	G	D	V	G	S	G	K	T	L	V	A	A	L	A	A	L	.	R	A	I	A	H	G	K	Q	V	A	L	M	A	P	T	E	L	L	A	E	Q	H	A	N	N	F	R	N	W	F	A	P	L	G	I	E	V	G	W	L	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K
Query Conservation																							.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	V	A	L	E	S	P	T	G	S	G	K	T	I	M	A	L	K	S	A	L	Q	Y	S	S	E	R	K	L	K	V	L	Y	L	V	R	T	N	S	Q	E	E	Q	V	I	K	E	L	R	S	L	S	S	T	M	K	I	R	A	I	P	M	Q	G	R	V	N	M	C	I	L	Y	R	M	V	D	D	L	H	E
Template Known Secondary structure									S	S	S	S	T	T						T	T		S	S	T	T	T	T	S								S	S																T	T	S															S	T								S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		24	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
		355	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.																																																								.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	K	G	K	A	R	L	A	Q	Q	E	A	I	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	Q	V	Q	M	I	V	G	T	H
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	N	A	E	S	L	A	K	F	C	N	M	K	K	R	E	V	M	A	G	N	E	A	A	C	P	Y	F	N	F	K	I	R	S	D	E	T	K	R	F	L	F	D	E	L	P	T	A	E	E	F	Y	D	Y	G	E	R	N	N	V	C	P	Y	E	S	M	K	A	A	L	P	D	A	D	I	V	I	A	P	Y
Template Known Secondary structure																					T		G	G	G	S	T	T		S	G	G	G	G											T															T											G	G	G		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.
		380	.	.	.											.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Query Sequence		A	I	F	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Q	V	Q	F	N	G	L	A	L	V	I	I	D	E	Q	H	R	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	H	Q	R	L	A	L	W	E	K	G	Q	.
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation
Template Sequence		A	Y	F	L	N	R	S	V	A	E	K	F	L	S	H	W	G	V	S	R	N	Q	I	V	I	I	L	D	E	A	H	N	L	P	D	I	G	R	S	I	G	S	F	R	I	S	V	E	S	L	N	R	A	D	R	E	A	Q	A	Y	G	D	P	E	L	S	Q	K	I	H	V	S	D	L	I	E	M	I	R	S
Template Known Secondary structure					T	S															S	T	T						T	T	G	G	G																												T	T			B	S	S	S	S		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		184	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	Q	S	M	V	S	E	R	C	G	K	G	D	V	R	I	R	F	Q	E	F	M	E	Y	M	R	I	M	N	K	R	S	E	R	E	I	R	S	L	L	N	Y	L	Y	L	F	G	E	Y	V	E	N	E	K	E	K	V	G	K	V	P	F	S	Y	C	S	S	V	A	S	R	I	I	A	F	S	D	Q	D
Template Known Secondary structure												S	S	S																		T																												T	S																		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.
																													416	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Q	G	F	H	P	H	Q	L	I	M	T	A	T	P	I	P	R	T	L	A	M	T	A	Y	A	D	L	D	T	S	V	I	D	E	L	P	P	G	R	T	P	V	T	T	V	A	I	P	D	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	E	K	Y	A	A	I	L	S	P	E	D	G	G	Y	M	Q	A	A	C	L	D	P	S	G	I	L	E	V	L	K	E	S	K	T	I	H	M	S	G	T	L	D	P	F	D	F	Y	S	D	I	T	G	F	E	I	P	F	K	K	I	G	E	I	F	P	P	E	N	R	Y	I	A	Y	Y	D	G	V	S	S
Template Known Secondary structure		T	T	T								S	T	T										T					G	G	G	G	G	S							S				S									T									S					G	G	G							S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		344	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
									466	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	T	R	R	T	D	I	I	D	R	V	H	H	A	C	I	T	E	G	R	Q	A	Y	W	V	C	T	L	I	E	E	S	E	L	L	E	A	Q	A	A	E	A	T	W	E	E	L	K	L	A	L	P	E	L	N	V	G	L	V	H	G	R	M	K	P	A	E	K	Q	A	V	M	A	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.
Template Sequence		K	Y	D	T	L	D	E	K	E	L	D	R	M	A	T	V	I	E	D	I	I	L	K	V	K	K	N	T	I	V	Y	F	P	S	Y	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	M	D	R	V	E	N	R	V	.	.	.	.	.	S	F	E	H	M	K	E	Y	R	G	I	D	Q	K	E	L	Y	S	M	L	K	K
Template Known Secondary structure		S	S	S	S																						S							S	S				.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.		S							T	T
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.
Template SS confidence
		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460									.	.	.	.	.	.	.	.						.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490
		539	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.			.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	K	Q	G	E	L	H	L	L	V	A	T	T	.	.	V	I	E	V	G	V	D	V	P	N	A	S	L	M	I	I	E	N	P	E	R	L	G	L	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	L	H	Q	L	R	G	R	V	G	R	G
Query Conservation															.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.								.	.									.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.																		.	.	.
Template Sequence		F	R	R	D	H	.	G	T	I	F	A	V	S	G	G	R	L	S	E	G	N	E	L	.	.	.	E	M	I	I	L	A	G	L	P	F	P	R	P	D	A	I	N	R	S	L	F	D	Y	Y	E	R	K	Y	G	K	G	W	E	Y	S	V	V	Y	P	T	A	I	K	I	R	Q	E	I	G	R	L	I	R	S
Template Known Secondary structure					S		.							T	T	S	G	G	G						.	.	.						S	S						S														T	T	S							T																		S
Template Predicted Secondary structure							.																		.	.	.
Template SS confidence
		491	.	.	.	.		.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.				.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.
		589	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	V	A	S	H	C	V	L	L	Y	K	T
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	E	D	T	G	A	C	V	I	L	D	K
Template Known Secondary structure		S	S										T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		572	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.