Job Description P24230 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:41:25 GMT 2012 Rank 35 Aligned Residues 385 % Identity 18% Template c2d7dA_ PDB info PDB header:hydrolase/dna Chain: A: PDB Molecule:uvrabc system protein b; PDBTitle: structural insights into the cryptic dna dependent atp-ase2 activity of uvrb Resolution 2.10 Å

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		265	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	P	F	K	P	T	G	A	Q	A	R	V	V	A	E	I	E	R	D	M	A	L	D	V	P	M	M	R	L	V	Q	G	D	V	G	S	G	K	T	L	V	A	A	L	A	A	L	R	A	I	A	H	G	K	Q	V	A	L	M	A	P	T	E	L	L	A	E	Q	H	A	N	N	F	R	N	W	F	A	P	L
Query Conservation
Alig confidence																											.																								.	.	.
Template Conservation																											.																								.	.	.
Template Sequence		S	K	Y	Q	P	Q	G	D	Q	P	K	A	I	E	K	L	V	K	G	I	Q	E	G	K	K	.	H	Q	T	L	L	G	A	T	G	T	G	K	T	F	T	V	S	N	L	I	K	E	V	.	.	.	N	K	P	T	L	V	I	A	H	N	K	T	L	A	G	Q	L	Y	S	E	F	K	E	F	F	P	N	N
Template Known Secondary structure			S					T	T														T	T		S	.								T	T	S														.	.	.									S	S																T	T	S
Template Predicted Secondary structure																											.																								.	.	.
Template SS confidence
		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.		.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.				.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
		345	.	.	.																								.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.					.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.
Query Sequence		G	I	E	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	W	L	A	G	K	Q	K	G	K	A	R	L	A	Q	Q	E	A	I	A	S	G	Q	V	Q	M	I	V	G	T	H	A	I	F	Q	E	Q	V	Q	.	.	.	.	F	N	G	L	A	L	V	I	I	D
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	V	E	Y	F	V	S	Y	Y	D	Y	Y	Q	P	E	A	Y	V	P	Q	T	D	T	F	I	E	K	D	A	S	I	N	D	E	I	D	K	L	R	H	S	A	T	S	A	L	F	E	R	R	D	V	I	I	I	A	S	V	S	C	I	Y	G	L	G	S	P	E	E	Y	R	E	M	V	V	S	L	R	T	E
Template Known Secondary structure																				T	T	T	T																												S								G	G	G	G	S		B															T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	Q	H	R	F	G	V	H	Q	R	L	A	L	W	E	K	G	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	E	I	E	R	N	E	L	L	R	K	L	V	D	I	Q	Y	A	R	N	D	I	D	F	Q	R	G	T	F	R	V	R	G	D	V	V	E	I	F	P	A	S	R	D	E	H	C	V	R	V	E	F	F	G	D	E	I	E	R	I	R	E	V	D	A	L	T	G	E	I	L	G	D	R	D	H	V	A	I	F
Template Known Secondary structure			B													T	T					S	S	S			T	T						T	T							T	T		S	S								S	S	S	B									T	T	T								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	A	S	H	F	V	T	R	A	E	K	M	E	K	A	I	Q	N	I	E	K	E	L	E	E	Q	L	K	V	M	H	E	N	G	K	L	L	E	A	Q	R	L	E	Q	R	T	R	Y	D	L	E	M	M	R	E	M	G	F	C	S	G	I	E	N	Y	S	R	H	L	T	L	R	P	P	G	S	T	P	Y	T
Template Known Secondary structure			S	S	S	S																												T	T																							S			T	T	G	G	G	G					T	T			T	T				B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
																																																											416	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Q	G	F	H	P	H	Q	L	I	M	T	A	T	P	I	P	R	T	L	A	M	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Template Conservation																																																																											.	.	.	.
Template Sequence		L	L	D	Y	F	P	D	D	F	M	I	V	V	D	E	S	H	V	T	I	P	Q	V	R	G	M	F	N	G	D	Q	A	R	K	Q	V	L	V	D	H	G	F	R	L	P	S	A	L	D	N	R	P	L	R	F	E	E	F	E	K	H	M	H	N	I	V	Y	V	S	A	T	P	G	.	.	.	.	P	Y	E
Template Known Secondary structure		G	G	G	G	S		S	S							T																									T	T	S	S		G	G	G	G	G	S											T		S							S	S			.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.
Template SS confidence
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.					.	.	400
		439	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	Y	A	D	L	D	T	S	V	I	D	E	L	P	P	G	R	T	P	V	T	T	V	A	I	P	D	T	R	R	T	D	I	I	D	R	V	H	H	A	C	I	T	E	G	R	Q	A	Y	W	V	C	T	L	I	E	E	S	E	L	L	E	A	Q	A	A	E	A	T	W	E	E	L	K	L	A	L	P	E	L
Query Conservation
Alig confidence																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	E	H	T	D	E	M	V	E	Q	I	I	R	P	T	G	L	L	D	P	L	I	D	V	R	P	I	E	G	Q	I	D	D	L	I	G	E	I	Q	A	R	I	E	R	N	E	R	V	L	V	T	T	L	T	K	K	M	S	E	D	L	T	D	Y	L	K	E	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I
Template Known Secondary structure						S	S								T	T												S	T	T														T	T	T								S	S														T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.											.	470
		519	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.					.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.	.
Query Sequence		N	V	G	L	V	H	G	R	M	K	P	A	E	K	Q	A	V	M	A	S	F	K	Q	G	E	L	H	L	L	V	A	T	T	V	I	E	V	G	V	D	V	P	N	A	S	L	M	I	I	E	N	P	E	R	.	.	.	.	L	G	L	A	Q	L	H	Q	L	R	G	R	V	G	R	G	A	V	A	S	H	C
Query Conservation																																																								.	.	.	.
Alig confidence																																																								.	.	.	.																			.
Template Conservation																																																																														.
Template Sequence		K	V	N	Y	L	H	S	E	I	K	T	L	E	R	I	E	I	I	R	D	L	R	L	G	K	Y	D	V	L	V	G	I	N	L	L	R	E	G	L	D	I	P	E	V	S	L	V	A	I	L	D	A	D	K	E	G	F	L	R	S	E	R	S	L	I	Q	T	I	G	R	A	A	R	N	A	E	.	G	R	V
Template Known Secondary structure								T	T																T	S		S					S				S	T	T				T	T							T	T	T	T			T	T	T	T	S										T	T	T	T	S	T	T	.
Template Predicted Secondary structure																																																																														.
Template SS confidence
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.		.	.	.
		595	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	L	L	Y	K	T	P	L	S	K	T	A	Q	I	R	L	Q	V	L	R	D	S	N	D	G	F	V	I	A	Q	K	D	L	E	I	R	G	P	G	E	L	L	G	T	R	Q	T	G	N	A	E	F	K	V	A	D	L	L	R	D	Q	A	M	I	P	E	V	Q	R	L	A	R	H	I	H	E	R	Y	P	Q
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.
Template Sequence		I	M	Y	A	D	K	I	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	S	M	E	I	A	I	N	E	T	K	R	R	R	E	Q	Q	E	R	F	N	E	E	H	G	I	T	P	K	T	I	N	K	K	E	R	Q	.	K	V	V	E	Q	M	E	H	E	M	K	E	A	A	K	A	L	D	F
Template Known Secondary structure						S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									T													.																T	T
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.
Template SS confidence
		550	.	.	.	.	.	.	.																.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.		.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.
		675	.	.	.	.	680	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	A	K	A	L	I	E	R	W	M
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	R	A	A	E	L	R	D	L	L
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		645	.	.	.	.	650	.	.	.	.