Job Description P24230 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:41:25 GMT 2012 Rank 42 Aligned Residues 350 % Identity 17% Template c1tf2A_ PDB info PDB header:protein transport Chain: A: PDB Molecule:preprotein translocase seca subunit; PDBTitle: crystal structure of seca:adp in an open conformation from2 bacillus subtilis Resolution 2.90 Å

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		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	L	L	A	H	N	L	S	M	L	A	L	R	A	G	A	Q	R	F	H	A	Q	P	L	S	A	N	D	T	L	K	N	K	L	L	A	A	L	P	F	K	P	T	G	A	Q	A	R	V	V	A	E	I	E	R	D	M	A	L	D	V	P	M	M	R	L	V	Q	G	D	V	G	S	G	K	T	L	V	A
Query Conservation
Alig confidence																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	A	L	K	H	K	T	I	E	F	K	E	R	L	E	K	G	A	T	T	D	D	L	L	V	E	A	F	A	V	V	R	E	A	S	R	R	V	T	G	M	F	P	F	K	V	Q	L	M	G	G	V	A	L	H	D	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	I	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	T	S
Template Known Secondary structure																		T																							S																T	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S						T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		39	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.									.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.
Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Query SS confidence																																																																														.	.	.	.
Query Sequence		A	L	A	A	L	R	A	I	A	H	G	K	Q	V	A	L	M	A	P	T	E	L	L	A	E	Q	H	A	N	N	F	R	N	W	F	A	P	L	G	I	E	V	G	W	L	A	G	K	Q	K	G	K	A	R	L	A	Q	Q	E	A	I	A	S	G	Q	V	Q	M	I	V	G	T	H	A	I	F	.	.	.	.
Query Conservation																																																																														.	.	.	.
Alig confidence																																																												.	.	.	.	.	.													.	.	.	.
Template Conservation																																																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	L	P	V	Y	L	N	A	L	T	G	K	G	V	H	V	V	T	V	N	E	Y	L	A	S	R	D	A	E	Q	M	G	K	I	F	E	F	L	G	L	T	V	G	L	N	L	N	S	M	S	K	D	E	K	R	E	A	Y	.	.	.	.	.	.	A	A	D	I	T	Y	S	T	N	N	E	L	G	F	D	Y
Template Known Secondary structure										T	T	S	S							S	S																		T	T								T	T										T	.	.	.	.	.	.	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		111	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.							.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
										383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	Q	E	Q	V	Q	F	N	G	L	A	L	V	I	I	D	E	Q	H	R	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	H	Q	R	L	A	L	W	E	K	G	Q	Q	Q	G	F	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	R	D	N	M	V	L	Y	K	E	Q	M	V	Q	R	P	L	H	F	A	V	I	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	Q	A	A	K	S	T	K	L	Y	V	Q	A	N	A	F	V	R	T	L	K	A	E	K	D	Y	T	Y	D	I	K	T	K	A	V	Q	L	T	E	E
Template Known Secondary structure					T	T		S	S	G	G	G													T						T	T	S	T	T								S	S															T	T			S	S	S	S					S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	M	T	K	A	E	K	A	F	G	I	D	N	L	F	D	V	K	H	V	A	L	N	H	H	I	N	Q	A	L	K	A	H	V	A	M	Q	K	D	V	D	Y	V	V	E	D	G	Q	V	V	I	V	D	S	F	T	G	R	L	M	K	G	R	R	Y	S	E	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	L	E
Template Known Secondary structure										T	T		S		S	S	S	G	G	G																T			B	T	T	T					T	T					B		T	T	T			B		T	T				T	T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		265	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
																						421	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.			.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	H	Q	L	I	M	T	A	T	P	I	P	R	T	L	A	M	T	A	Y	A	D	L	D	T	S	V	I	D	E	L	P	P	G	R	T	.	.	P	V	T	T	V	A	I	P	D	T	R	R	T	D	I	I	D	R	V	H	H	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	Q	N	E	S	M	T	L	A	T	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	E	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	E	E	F	R	N	I	Y	N	M	Q	V	V	T	I	P	T	N	R	P	V	V	R	D	D	R	P	D	L	I	Y	R	T	M	E	G	K	F	K	A	V	A	E	D	V	A	Q
Template Known Secondary structure																			T	T	S	S							S			G	G	G																		S	S													S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		345	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.
		479	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	I	T	E	G	R	Q	A	Y	W	V	C	T	L	I	E	E	S	E	L	L	E	A	Q	A	A	E	A	T	W	E	E	L	K	L	A	L	P	E	L	N	V	G	L	V	H	G	R	M	K	P	A	E	K	Q	A	V	M	A	S	F	K	Q	G	E	L	H	L	L	V	A	T	T	V	I	E	V	G	V	D
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.												.	.																											.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.												.	.																											.	.
Template Sequence		R	Y	M	T	G	Q	P	V	L	V	G	T	V	A	V	E	T	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E	L	I	S	K	L	L	K	N	K	.	.	G	I	P	H	Q	V	L	N	A	K	N	H	E	R	E	A	Q	I	I	E	E	A	G	Q	K	G	.	.	A	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D
Template Known Secondary structure						T								S	S				.	.	.	.	.	.	.	.										T	T	.	.	T								S	S	S										T	S	S	S	T	T	.	.							T	T	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.												.	.																											.	.
Template SS confidence
		425	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.									.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.			.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.			.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
		559				560	.	.	.						.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.					.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.					.	.	.	.	.
Query Sequence		V	.	.	.	P	N	A	S	.	.	.	.	.	L	M	I	I	E	N	P	E	R	L	G	L	A	Q	L	H	Q	L	R	G	R	V	G	R	G	A	V	A	S	H	C	V	L	L	Y	K	T	P	L	S
Query Conservation			.	.	.					.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.					.	.	.	.	.										.
Template Conservation																								.
Template Sequence		I	K	L	G	E	G	V	K	E	L	G	G	L	A	V	V	G	T	E	R	H	E	.	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	D	P	G	I	T	Q	F	Y	L	S	M	E	D	E
Template Known Secondary structure						T	T		G	G	G	T	S						S	S			S	.	S									T	T	S	S		S	S											T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																								.
Template SS confidence
		493	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.		.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.