Job Description P32712 Confidence 99.20% Date Thu Jan 5 11:50:34 GMT 2012 Rank 88 Aligned Residues 141 % Identity 18% Template c3ulqA_ PDB info PDB header:gene regulation/transcription activator Chain: A: PDB Molecule:response regulator aspartate phosphatase f; PDBTitle: crystal structure of the anti-activator rapf complexed with the2 response regulator coma dna binding domain Resolution 2.30 Å

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		32	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.							.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	Q	A	V	R	A	E	Y	Q	R	Q	R	D	P	L	H	Q	F	A	S	Q	Q	T	P	E	A	Q	L	Q	A	L	Q	D	K	I	R	A	N	P	Q	N	S	.	.	.	.	.	.	E	Q	W	A	L	L	G	E	Y	Y	L	W	Q	N	D	Y	S	N	S	L	L	A	Y	R	Q	A	L	Q	L	R	G	E
Query Conservation																																												.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	L	T	G	L	L	E	Y	Y	F	N	F	F	R	G	M	Y	E	L	D	Q	R	E	Y	L	S	A	I	K	F	F	K	K	A	E	S	K	L	I	F	V	K	D	R	I	E	K	A	E	F	F	F	K	M	S	E	S	Y	Y	Y	M	K	Q	T	Y	F	S	M	D	Y	A	R	Q	A	Y	E	I	Y	K	E
Template Known Secondary structure																						T	T														T	T	G	G	G																					T	T																		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
		106	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	E	A	Y	N	I	R	L	L	Q	C	H	S	L	F	A	T	N	F	L	D	L	K	Q	Y	E	D	A	I	S	H	F	Q	K	A	Y	S	M	A	E	A	E	K	Q	P	Q	L	M	G	R	T	L	Y	N	I	G	L	C	K	N	S	Q	S	Q	Y	E	D	A	I	P	Y	F	K	R	A	I	A	V	F	E
Template Known Secondary structure			S	T	T																		T	T																			T	T																			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
																																																			109	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Y	A	A	L	A	T	V	L	Y	Y	Q	A	S	Q	H	M	T	A	Q	T	R	A	M	I	D	K	A	L	A	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.
Template Conservation																																																																														.
Template Sequence		E	S	N	I	L	P	S	L	P	Q	A	Y	F	L	I	T	Q	I	H	Y	K	L	G	K	I	D	K	A	H	E	Y	H	S	K	G	M	A	Y	S	Q	K	A	G	D	V	I	Y	L	S	E	F	E	F	L	K	S	L	Y	L	S	G	P	D	E	E	A	I	Q	G	F	F	D	F	L	E	S	.	K	M	L
Template Known Secondary structure			T	T		G	G	G															T	T																				T																T	S	S																.	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																														.
Template SS confidence
		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.		330	.	.
		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	S	N	E	I	T	A	L	M	L	L	A	S	D	A	F	M	Q	A	N	Y	A	Q	A	I	E	L	W	Q	K	V	M	D	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Y	A	D	L	E	D	F	A	I	D	V	A	K	Y	Y	H	E	R	K	N	F	Q	K	A	S	A	Y	F	L	K	V	E	Q	V
Template Known Secondary structure																			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		333	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Please cite: Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server
Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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