Job Description P32712 Confidence 99.84% Date Thu Jan 5 11:50:34 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 162 % Identity 23% Template c2y4tA_ PDB info PDB header:chaperone Chain: A: PDB Molecule:dnaj homolog subfamily c member 3; PDBTitle: crystal structure of the human co-chaperone p58(ipk) Resolution 3.00 Å

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		37	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	Y	Q	R	Q	R	D	P	L	H	Q	F	A	S	Q	Q	T	P	E	A	Q	L	Q	A	L	Q	D	K	I	R	A	N	P	Q	N	S	E	Q	W	A	L	L	G	E	Y	Y	L	W	Q	N	D	Y	S	N	S	L	L	A	Y	R	Q	A	L	Q	L	R	G	E	N	A	E	L	Y	A	A	L	A	T	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	D	V	E	K	H	L	E	L	G	K	K	L	L	A	A	G	Q	L	A	D	A	L	S	Q	F	H	A	A	V	D	G	D	P	D	N	Y	I	A	Y	Y	R	R	A	T	V	F	L	A	M	G	K	S	K	A	A	L	P	D	L	T	K	V	I	Q	L	K	M	D	F	T	A	A	R	L	Q	R	G	H	L
Template Known Secondary structure																	T	T																	T	T															T	T																	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		35	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.
		117	.	.	120	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	Y	Y	Q	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	L	K	Q	G	K	L	D	E	A	E	D	D	F	K	K	V	L	K	S	N	P	S	E	N	E	E	K	E	A	Q	S	Q	L	I	K	S	D	E	M	Q	R	L	R	S	Q	A	L	N	A	F	G	S	G	D	Y	T	A	A	I	A	F	L	D	K	I	L	E	V	C	V	W	D	A	E	L	R	E	L	R
Template Known Secondary structure					T	T														T	S																																		T																	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		115	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	E	C	F	I	K	E	G	E	P	R	K	A	I	S	D	L	K	A	A	S	K	L	K	N	D	N	T	E	A	F	Y	K	I	S	T	L	Y	Y	Q	L	G	D	H	E	L	S	L	S	E	V	R	E	C	L	K	L	D	Q	D	H	K	R	C	F	A	H	Y	K	Q	V	K	K	L	N	K	L	I	E	S
Template Known Secondary structure								T	T		G	G	G	G													S															T	T																	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.
																																														123	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	H	M	T	A	Q	T	R	A	M	I	D	K	A	L	A	L	D	S	N	E	I	T	A	L	M	L	L	A	S	D	A	F	M	Q	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	E	E	L	I	R	D	G	R	Y	T	D	A	T	S	K	Y	E	S	V	M	K	T	E	P	S	I	A	E	Y	T	V	R	S	K	E	R	I	C	H	C	F	S	K	D	E	K	P	V	E	A	I	R	V	C	S	E	V	L	Q	M	E	P	D	N	V	N	A	L	K	D	R	A	E	A	Y	L	I	E	E
Template Known Secondary structure									T																		S	S																	T	T	T																	T	T															T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		275	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	Y	A	Q	A	I	E	L	W	Q	K	V	M	D	L	N	S	P	R	V	N	R	T	Q	L	V	E	S	I	N	M	A	K	L	L	Q	R	R	L	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		M	Y	D	E	A	I	Q	D	Y	E	T	A	Q	E	H	N	E	N	D	Q	Q	I	R	E	G	L	E	K	A	Q	R	L	L	K	Q	S	Q	K	R	D
Template Known Secondary structure															T	T	S	S	S																				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		355	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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