Job Description P37339 Confidence 99.42% Date Thu Jan 5 11:55:20 GMT 2012 Rank 123 Aligned Residues 362 % Identity 14% Template c1sezA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial; PDBTitle: crystal structure of protoporphyrinogen ix oxidase Resolution 2.90 Å

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	F	V	I	I	G	G	G	I	I	G	M	S	T	A	M	Q	L	I	D	V	Y	P	D	A	R	I	A	L	L	E	K	E	S	A	P	A	C	H	Q	T	G	H	N	S	G	V	I	H	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.
Template Sequence		R	V	A	V	I	G	A	G	V	S	G	L	A	A	A	Y	K	L	K	I	H	.	.	G	L	N	V	T	V	F	E	A	E	G	K	A	G	G	K	L	R	S	V	S	Q	D	G	L	I	W	D	E	G	A	N	T	X	T	E	S	E	G	D	V	T	F	L	I	D	S	L	G	L	R	E	K	Q	Q	F	P
Template Known Secondary structure									S												T	T	.	.	S								S	S	S	S	S		S	S							T	T					S	S				B				S										T	T		G	G	G
Template Predicted Secondary structure																							.	.
Template SS confidence
		15	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.			.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.
																	53	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	Y	Y	T	P	G	S	L	K	A	Q	F	C	L	A	G	N	R	A	T	K	A	F	C	D	Q	N	G	I	R	Y	D	N	C	G	K	M	L	V	A	T	S	D	L	E	M	E	R	M	R	A	L	W	E	R	T	A	A	N	G	I	E	R	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	S	Q	N	K	R	Y	I	A	R	N	G	T	P	V	L	L	P	S	N	P	I	D	L	I	K	S	N	F	L	S	T	G	S	K	L	Q	X	L	L	E	P	I	L	W	S	H	E	S	V	S	G	F	F	Q	R	H	F	G	K	E	V	V	D	Y	L	I	D	P	F	V	A	G	T	C	G	G	D	P	D
Template Known Secondary structure		S	S								S	S	S	S						S	S							S	S	S	S										T									B																T	T										S			G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
		118	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	L	N	A	D	E	L	R	E	R	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	N	I	T	G	L	G	G	I	F	V	P	S	S	G	I	V	S	Y	R	D	V	T	A	A	M	A	K	I	F	Q	S	R	G	G	E	I	I	Y	N	A	E	V	S	G	L
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.													.	.
Template Conservation																																																			.	.	.													.	.
Template Sequence		S	L	S	X	H	H	S	F	P	E	L	W	N	L	E	K	R	F	G	S	V	I	L	G	A	I	R	S	K	L	S	K	T	S	A	N	K	K	R	Q	R	G	S	F	S	F	L	G	G	.	.	.	X	Q	T	L	T	D	A	I	C	K	D	L	.	.	R	E	D	E	L	R	L	N	S	R	V	L	E	L
Template Known Secondary structure		G	S	B															T	S										T	T					S			S	T	T		S		B			T	T		.	.	.	T									T	T	S	.	.		T	T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.													.	.
Template SS confidence
		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.				.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.			.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
		175	.	.	.	.	180	.	.	.	.												.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.									.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	E	H	K	N	G	V	V	I	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	R	Q	G	G	E	Y	E	A	S	T	L	I	S	C	S	G	L	M	A	D	R	L	.	.	.	.	.	.	.	.	V	K	M	L	G	L	E	P	G	F	I	I	C	P	F	R	G	E	Y	F	R	L	A	P	E	H	N	Q
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	C	S	C	T	E	D	S	A	I	D	S	W	S	I	I	S	A	S	P	H	K	R	Q	S	E	E	E	S	F	D	A	V	I	X	T	A	P	L	C	D	V	K	S	X	K	I	A	K	R	G	N	P	F	L	L	N	F	I	P	E	V	D	Y	V	P	L	S	V	V	I	T	T	F	K	R	E	N	V	K
Template Known Secondary structure						S	S	S	S	S	S								B		S	S	S	S		B						S						S							T	S				S	S	S	S	B				T	T	S																	G	G	G	B	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		268	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	V	N	H	L	I	Y	P	I	P	D	P	A	M	P	F	L	G	V	H	L	T	R	M	I	D	G	S	V	T	V	G	P	N	A	V	L	A	F	K	R	E	G	Y	R	K	R	D	F	S	F	S	D	T	L	E	I	L	G	S	S	G	I	R	R	V	L	Q	N	H	L	R	S	G	L	G	E	M	K	N
Query Conservation
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	E	G	F	G	V	L	V	P	S	K	E	Q	Q	H	G	L	K	T	L	G	T	L	F	S	S	X	X	F	P	D	R	A	P	N	N	V	Y	L	Y	T	T	F	V	G	G	S	R	N	R	E	L	A	K	A	S	R
Template Known Secondary structure		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S						G	G	G	G	G	G	T			S	S										G	G	G	S		T	T										S	T	T		G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		348																						.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.												.	.	.	.	.	.	.	.	370	.		.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Query Sequence		S	L	C	K	S	G	Y	L	R	L	V	Q	K	Y	C	P	R	L	S	L	S	D	L	Q	P	W	P	A	G	V	R	A	Q	A	V	S	P	D	G	K	L	I	D	D	F	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	V	T	T	P	R	T	I	H	T	.	C	N	A	P	S	P	A	A	T	S	A	I
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Conservation																													.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	E	L	K	E	I	V	T	S	D	L	K	Q	L	L	G	A	E	G	E	P	T	Y	V	N	H	L	.	.	.	.	.	.	.	Y	W	S	K	A	F	P	L	Y	G	H	N	Y	D	S	V	L	D	A	I	D	K	X	E	K	N	L	P	G	L	F	Y	A	G	N	H	R	G	G	L	S	V	G	K	A	L
Template Known Secondary structure																		B		S			S	S					.	.	.	.	.	.	.											T	T															S	T	T						S	S	S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		407	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.								.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	I	G	A	H	I	V	S	K	V	Q	T	L	L	A	S
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	S	G	C	N	A	A	D	L	V	I	S	Y	L	E	S
Template Known Secondary structure																S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.