Job Description P37339 Confidence 99.61% Date Thu Jan 5 11:55:20 GMT 2012 Rank 66 Aligned Residues 366 % Identity 11% Template c1h83A_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:polyamine oxidase; PDBTitle: structure of polyamine oxidase in complex with2 1,8-diaminooctane Resolution 1.9 Å

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		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.		.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.
Predicted Secondary structure																										.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	V	I	I	G	G	G	I	I	G	M	S	T	A	M	Q	L	I	D	V	Y	P	D	A	.	R	I	A	L	L	E	K	E	S	A	P	A	C	H	Q	T	G	H	N	S	G	V	I	H	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																										.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.			.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.
Template Sequence		V	I	V	V	G	A	G	M	S	G	I	S	A	A	K	R	L	S	E	A	.	.	G	I	T	D	L	L	I	L	E	A	T	D	H	I	G	G	R	M	H	K	T	N	F	A	G	I	N	V	E	L	G	A	N	W	V	E	G	V	N	G	G	K	M	N	P	I	W	P	I	V	N	S	T	L	K	L	R	N
Template Known Secondary structure								B													T	.	.	T									S	S	S	S	S	B	T	T	S						T	T					S	S								S	S	S	S			T							T	T	S
Template Predicted Secondary structure																						.	.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.			.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
																53	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.																.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	Y	Y	T	P	G	S	L	K	A	Q	F	C	L	A	G	N	R	A	T	K	A	F	C	D	Q	N	G	I	R	Y	D	N	C	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	M	L	V	A	T	S	D	L	E	M	E	R	M	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	R	S	D	F	D	Y	L	A	Q	N	V	Y	K	E	D	G	G	V	Y	D	E	D	Y	V	Q	K	R	I	E	L	A	D	S	V	E	E	M	G	E	K	L	S	A	T	L	H	A	S	G	R	D	D	M	S	I	L	A	M	Q	R	L	N	E	H	Q	P	N	G	P	A	T	P	V	D	M	V	V	D	Y
Template Known Secondary structure							T	T	G	G	G					S	S	S	S	B																										T	S		T	T	S	T	T			B										T	S	S	S	S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.						.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.	.	.
Query Sequence		A	L	W	E	R	T	A	A	N	G	I	E	R	E	W	L	N	A	D	E	L	R	E	R	E	P	N	I	T	G	L	G	G	I	F	V	P	S	S	G	I	V	S	Y	R	D	V	T	A	A	M	A	K	I	F	Q	S	R	.	.	.	.	.	G	G	E	I	I	Y	N	A	E	V	S	G	L	N	E	H	K
Query Conservation																																																												.	.	.	.	.
Alig confidence																																																												.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	K	F	D	Y	E	F	A	E	P	P	R	V	T	S	L	Q	N	T	V	P	L	A	T	F	S	D	F	G	D	D	V	Y	F	V	A	D	Q	R	G	Y	E	A	V	V	Y	Y	L	A	G	Q	Y	L	K	T	D	D	K	S	G	K	I	V	D	P	R	L	Q	L	N	K	V	V	R	E	I	K	Y	S	P
Template Known Secondary structure				T					S	S		G	G	G	B	B	S	T	T	T	S	S									S								T	T		T	T									T	T	S		B		T	T	T			B			T	T			S	S										S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.											.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	G	V	V	I	R	T	R	Q	G	G	E	Y	E	A	S	T	L	I	S	C	S	G	L	M	A	D	R	L	V	K	M	L	G	L	E	P	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	I	I	C	P	F	R	G	E	Y	F	R	L	A	P	E	H	N	Q	I	V	N	H	L	I	Y	P	I	P	D	P	A
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	G	V	T	V	K	T	E	D	N	S	V	Y	S	A	D	Y	V	M	V	S	A	S	L	G	V	L	Q	S	D	L	I	Q	F	K	P	K	L	P	T	W	K	V	R	A	I	Y	Q	F	D	M	A	V	Y	T	K	I	F	L	K	F	P	R	K	F	W	P	E	G	K	G	R	E	F	F	L	Y	A	S	S
Template Known Secondary structure		S							T	T	S						S						S							T	T	S	S				S													S													S	S			S			S	T	T		S							S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	P	F	L	G	V	H	L	T	R	M	I	D	G	S	V	T	V	G	P	N	A	V	L	A	F	K	R	E	G	Y	R	K	R	D	F	S	F	S	D	T	L	E	I	L	G	S	S	G	I	R	R	V	L	Q	N	H	L	R	S	G	L	G	E	M	K	N	S	L	C	K	S	G	Y	L	R	L	V	Q	K
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	Y	G	V	W	Q	E	F	E	K	Q	Y	P	D	A	N	V	L	L	V	T	V	T	D	E	E	S	R	R	I	E	Q	Q	S	D	E	Q	T	K	A	E	I	M	Q	V	L	R	K
Template Known Secondary structure		S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	S							T	T	T	S	T	T																		T	S
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		325	.																														.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.											.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.				.	.	.	.	.	.	.		.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.								.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.								.
Query Sequence		Y	C	P	R	L	S	L	S	D	L	Q	P	W	P	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	R	A	Q	A	V	S	P	D	G	K	L	I	D	D	F	L	F	V	T	T	P	R	T	I	H	T	.	.	.	C	N	A	P	S	P	A	.	A	T	S	A	I	P	I	G	A	H	I	V	S	K	V	Q
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.								.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.								.
Template Conservation
Template Sequence		M	F	P	G	K	D	V	P	D	A	T	D	I	L	V	P	R	W	W	S	D	R	F	Y	K	G	T	F	S	N	W	P	V	G	V	N	R	Y	E	Y	D	Q	L	R	A	P	V	G	R	V	Y	F	T	G	E	H	T	S	E	H	Y	N	G	Y	V	H	G	A	Y	L	S	G	I	D	S	A	E	I	L	I
Template Known Secondary structure				T	T	S						S							T	T	T		T	T	T	S	S	S					B	T	T													B	T	T					S	G	G	G		T	T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
		395	.	.	.	.	400
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	L	L	A	S	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		N	C	A	Q	K	K
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		456	.	.	.	460	.